188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_21280 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_21280  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 		 553 aa  1065    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00165363  normal  0.165468 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2039  hypothetical protein  53.81 
 
 		 581 aa  526  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.566112  normal  0.522751 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1440  hypothetical protein  58.42 
 
 		 549 aa  430  1e-119  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2288  DNA-repair protein  49.36 
 
 		 562 aa  421  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3467  DNA-repair protein  48.71 
 
 		 528 aa  369  1e-101  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  normal  0.0126488 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3240  hypothetical protein  48.98 
 
 		 524 aa  352  1e-95  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.488053  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1747  hypothetical protein  42.83 
 
 		 536 aa  336  5.999999999999999e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  41.95 
 
 		 527 aa  334  3e-90  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3156  UMUC domain protein DNA-repair protein  43.48 
 
 		 510 aa  328  2.0000000000000001e-88  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000974062  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0994  hypothetical protein  41.19 
 
 		 527 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1186  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.41 
 
 		 549 aa  306  7e-82  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00000707508  normal  0.0119021 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15750  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.43 
 
 		 589 aa  306  8.000000000000001e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0334276  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2945  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  39.28 
 
 		 505 aa  300  4e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000000598538  decreased coverage  0.00000434939 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  41.96 
 
 		 527 aa  298  1e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1192  hypothetical protein  42.72 
 
 		 529 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1202  hypothetical protein  42.72 
 
 		 529 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.344019  normal  0.0467691 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1175  hypothetical protein  42.72 
 
 		 532 aa  294  3e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.24995  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4898  hypothetical protein  42.41 
 
 		 531 aa  290  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.834206  normal  0.0834013 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1523  hypothetical protein  42.16 
 
 		 522 aa  286  5e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1896  putative DNA-directed DNA polymerase  38.25 
 
 		 520 aa  264  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.582074  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5241  hypothetical protein  38.25 
 
 		 535 aa  249  1e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0112063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  29.06 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4046  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  22.95 
 
 		 495 aa  63.2  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  27.12 
 
 		 408 aa  62  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  30.19 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  28.8 
 
 		 392 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  27.35 
 
 		 408 aa  59.7  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  25 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  33.49 
 
 		 394 aa  58.5  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03909  deoxycytidyl transferase (Eurofung)  22.96 
 
 		 1139 aa  57.8  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.310555 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 403 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 406 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  29.87 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4251  hypothetical protein  34.78 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.380401 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0243  ImpB/MucB/SamB family protein  26.58 
 
 		 409 aa  57.4  0.0000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  30.21 
 
 		 419 aa  57.4  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  24.69 
 
 		 593 aa  57  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  24.74 
 
 		 399 aa  57  0.0000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  28.44 
 
 		 352 aa  56.6  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  29.2 
 
 		 356 aa  57  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  31.22 
 
 		 422 aa  55.8  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  26.83 
 
 		 352 aa  55.8  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  23.27 
 
 		 409 aa  56.2  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  30.35 
 
 		 360 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  28.94 
 
 		 429 aa  55.5  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  32.06 
 
 		 385 aa  54.7  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  24.29 
 
 		 589 aa  54.7  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  28.57 
 
 		 408 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  28.57 
 
 		 383 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  30.7 
 
 		 431 aa  54.3  0.000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  27 
 
 		 435 aa  54.3  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  28.57 
 
 		 361 aa  53.9  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  27.8 
 
 		 375 aa  53.9  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  28.25 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1740  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.59 
 
 		 393 aa  53.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  22.13 
 
 		 358 aa  53.5  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  26.36 
 
 		 369 aa  53.5  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  28.71 
 
 		 507 aa  53.5  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  28.38 
 
 		 437 aa  53.5  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  26.03 
 
 		 371 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  29.91 
 
 		 420 aa  52.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2021  DNA polymerase IV  32 
 
 		 357 aa  52.4  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  28.51 
 
 		 399 aa  52.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  22.28 
 
 		 409 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  27.73 
 
 		 430 aa  52  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  27.92 
 
 		 429 aa  52  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  25.6 
 
 		 409 aa  52  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  25.23 
 
 		 345 aa  52  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  25.29 
 
 		 431 aa  52  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  24.9 
 
 		 431 aa  51.6  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  26.67 
 
 		 352 aa  51.2  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  27.9 
 
 		 349 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  30.8 
 
 		 407 aa  51.6  0.00004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  26.5 
 
 		 355 aa  51.2  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  27.97 
 
 		 407 aa  51.2  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  24.86 
 
 		 529 aa  51.2  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  25.69 
 
 		 408 aa  50.8  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  24.66 
 
 		 410 aa  50.8  0.00006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1612  putative DNA-directed DNA polymerase  27.57 
 
 		 517 aa  50.8  0.00006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  25.21 
 
 		 369 aa  50.8  0.00006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  28.99 
 
 		 431 aa  50.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  25.48 
 
 		 413 aa  50.4  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  22.77 
 
 		 407 aa  50.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  28 
 
 		 425 aa  50.4  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  27.15 
 
 		 356 aa  50.4  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  27.7 
 
 		 413 aa  50.1  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  27.19 
 
 		 359 aa  50.1  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  27.97 
 
 		 405 aa  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  25.96 
 
 		 353 aa  49.7  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  29.39 
 
 		 425 aa  50.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  26.73 
 
 		 390 aa  49.7  0.0001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  26.45 
 
 		 429 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  26.21 
 
 		 432 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  25.79 
 
 		 374 aa  49.3  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  27.47 
 
 		 349 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  25.81 
 
 		 406 aa  49.3  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>