116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3156 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3156  UMUC domain protein DNA-repair protein  100 
 
 		 510 aa  986    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000974062  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  49.81 
 
 		 527 aa  446  1.0000000000000001e-124  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1175  hypothetical protein  52.78 
 
 		 532 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.24995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1192  hypothetical protein  52.78 
 
 		 529 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1202  hypothetical protein  52.78 
 
 		 529 aa  429  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.344019  normal  0.0467691 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1747  hypothetical protein  49.25 
 
 		 536 aa  421  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  50.76 
 
 		 527 aa  419  1e-116  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1523  hypothetical protein  51.14 
 
 		 522 aa  416  9.999999999999999e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4898  hypothetical protein  49.72 
 
 		 531 aa  396  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.834206  normal  0.0834013 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3467  DNA-repair protein  51.87 
 
 		 528 aa  395  1e-109  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  normal  0.0126488 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3240  hypothetical protein  50.38 
 
 		 524 aa  380  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.488053  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2945  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  46.51 
 
 		 505 aa  368  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000000598538  decreased coverage  0.00000434939 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2288  DNA-repair protein  45.34 
 
 		 562 aa  322  9.999999999999999e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15750  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.43 
 
 		 589 aa  321  1.9999999999999998e-86  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0334276  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0994  hypothetical protein  41.42 
 
 		 527 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21280  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.64 
 
 		 553 aa  293  5e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00165363  normal  0.165468 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2039  hypothetical protein  39.89 
 
 		 581 aa  281  2e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.566112  normal  0.522751 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1896  putative DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 520 aa  279  7e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.582074  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1440  hypothetical protein  43.14 
 
 		 549 aa  273  7e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5241  hypothetical protein  39.34 
 
 		 535 aa  244  3e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0112063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1186  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.21 
 
 		 549 aa  240  4e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00000707508  normal  0.0119021 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  28.75 
 
 		 529 aa  77.4  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  28.47 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  27.12 
 
 		 409 aa  73.2  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  27 
 
 		 409 aa  69.7  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1612  putative DNA-directed DNA polymerase  28.93 
 
 		 517 aa  69.7  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  30.67 
 
 		 408 aa  67  0.0000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  28.75 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  28.75 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  28.75 
 
 		 408 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  25.56 
 
 		 501 aa  60.8  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  28.44 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  27.04 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4054  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  23.55 
 
 		 526 aa  56.2  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  26.99 
 
 		 407 aa  55.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  25.74 
 
 		 409 aa  54.3  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  27.1 
 
 		 420 aa  54.3  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  26.64 
 
 		 362 aa  53.9  0.000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  26.14 
 
 		 357 aa  54.3  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  24.44 
 
 		 410 aa  53.9  0.000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  26.92 
 
 		 525 aa  53.5  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  28.62 
 
 		 422 aa  53.5  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4046  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  22.9 
 
 		 495 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  24.74 
 
 		 462 aa  52.4  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  29.38 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  27.24 
 
 		 392 aa  52  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  25.53 
 
 		 357 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  28.39 
 
 		 411 aa  51.2  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  25.14 
 
 		 380 aa  51.6  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.34 
 
 		 433 aa  51.2  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.06 
 
 		 454 aa  51.2  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  26.52 
 
 		 478 aa  50.8  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  27.3 
 
 		 507 aa  50.8  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  27.66 
 
 		 408 aa  50.8  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.25 
 
 		 484 aa  50.4  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  26.79 
 
 		 472 aa  49.3  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  21.5 
 
 		 354 aa  49.3  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  25.37 
 
 		 436 aa  49.7  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  25.07 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  26.01 
 
 		 490 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  28.32 
 
 		 405 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  28.79 
 
 		 507 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  27.27 
 
 		 499 aa  48.9  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  27.32 
 
 		 390 aa  48.5  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  24.57 
 
 		 589 aa  48.5  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2368  DNA-directed DNA polymerase  31.06 
 
 		 445 aa  48.1  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2466  UMUC domain protein DNA-repair protein  31.09 
 
 		 476 aa  48.1  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.666562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  25.87 
 
 		 425 aa  47.8  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3205  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.32 
 
 		 527 aa  47.8  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.663167  normal  0.015197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4251  hypothetical protein  32.66 
 
 		 395 aa  47.8  0.0005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.380401 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  25.9 
 
 		 478 aa  47.8  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  25.71 
 
 		 415 aa  47.8  0.0005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5725  hypothetical protein  27.24 
 
 		 468 aa  47  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  25.77 
 
 		 354 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  25.38 
 
 		 354 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3095  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 454 aa  46.6  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  26.35 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3155  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 452 aa  46.2  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945689  normal  0.349155 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 406 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  25.38 
 
 		 354 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  24.84 
 
 		 480 aa  46.2  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  24.34 
 
 		 409 aa  46.6  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  26.23 
 
 		 369 aa  46.2  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.73 
 
 		 499 aa  46.2  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 404 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  23.24 
 
 		 433 aa  45.8  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  27.15 
 
 		 545 aa  45.8  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  24.54 
 
 		 477 aa  45.8  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 400 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 400 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  27.58 
 
 		 400 aa  45.8  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  28.16 
 
 		 390 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  28.17 
 
 		 429 aa  45.8  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  24.58 
 
 		 399 aa  46.2  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  20.94 
 
 		 499 aa  45.8  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  27.23 
 
 		 426 aa  45.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  22.99 
 
 		 385 aa  44.7  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3115  DNA polymerase IV  32.52 
 
 		 452 aa  44.7  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.259823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  22.93 
 
 		 408 aa  44.7  0.004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  29.1 
 
 		 429 aa  44.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>