216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2667 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  77.55 
 
 		 501 aa  731    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  100 
 
 		 462 aa  915    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  71.49 
 
 		 529 aa  647    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  69.18 
 
 		 490 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  63.5 
 
 		 478 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  63.07 
 
 		 478 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  64.15 
 
 		 488 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  49.35 
 
 		 480 aa  393  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  48.28 
 
 		 515 aa  374  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  45.57 
 
 		 477 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  46.47 
 
 		 483 aa  366  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  44.04 
 
 		 489 aa  360  2e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  46.22 
 
 		 545 aa  356  5e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  41.47 
 
 		 471 aa  355  7.999999999999999e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  43.14 
 
 		 471 aa  350  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  44.44 
 
 		 472 aa  348  8e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  42.54 
 
 		 488 aa  332  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.59 
 
 		 548 aa  317  2e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  39.26 
 
 		 500 aa  275  9e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  39.44 
 
 		 467 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  38.15 
 
 		 472 aa  265  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  38.46 
 
 		 477 aa  262  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  37.68 
 
 		 525 aa  261  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  39.35 
 
 		 471 aa  257  4e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.69 
 
 		 499 aa  256  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  36.05 
 
 		 452 aa  256  7e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  37.2 
 
 		 507 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  37.63 
 
 		 507 aa  253  7e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  36.46 
 
 		 474 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  38.41 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  39.09 
 
 		 506 aa  249  7e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  34.62 
 
 		 486 aa  241  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  37.93 
 
 		 472 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  36.85 
 
 		 465 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  37.53 
 
 		 499 aa  239  5e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  36.64 
 
 		 433 aa  238  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  32.69 
 
 		 500 aa  238  2e-61  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  35.78 
 
 		 474 aa  236  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  35.59 
 
 		 519 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.04 
 
 		 503 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  35.55 
 
 		 522 aa  233  7.000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.4 
 
 		 499 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  34.18 
 
 		 503 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  34.18 
 
 		 472 aa  217  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  34 
 
 		 534 aa  217  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  33.8 
 
 		 534 aa  216  9e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  36.07 
 
 		 449 aa  210  5e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  34.59 
 
 		 536 aa  208  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  32.18 
 
 		 552 aa  178  2e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  36.87 
 
 		 562 aa  158  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.05 
 
 		 473 aa  144  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  25.64 
 
 		 473 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.41 
 
 		 469 aa  100  4e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.32 
 
 		 527 aa  93.2  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  27.65 
 
 		 495 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  25.22 
 
 		 487 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  25.84 
 
 		 437 aa  91.3  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  27.19 
 
 		 432 aa  90.9  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  22.09 
 
 		 541 aa  90.5  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  26.95 
 
 		 492 aa  90.1  7e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  29.83 
 
 		 527 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  28.82 
 
 		 528 aa  87  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  24.74 
 
 		 479 aa  86.3  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  27.43 
 
 		 495 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  25.75 
 
 		 476 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  26.69 
 
 		 449 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  26.37 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  25.38 
 
 		 471 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  31 
 
 		 506 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  25.43 
 
 		 472 aa  79.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  25.81 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  24.52 
 
 		 471 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  27.58 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  25.49 
 
 		 498 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  25.87 
 
 		 527 aa  77.4  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  23.74 
 
 		 472 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  24.2 
 
 		 472 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  24.89 
 
 		 472 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  23.93 
 
 		 473 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  26.27 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  26.02 
 
 		 593 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  24.31 
 
 		 459 aa  70.1  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 		 424 aa  70.1  0.00000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  24.64 
 
 		 527 aa  70.1  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  25.7 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  24.64 
 
 		 540 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  24.31 
 
 		 406 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  26.3 
 
 		 417 aa  68.2  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3175  DNA-directed DNA polymerase  25.3 
 
 		 392 aa  68.6  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1834  hypothetical protein  27.69 
 
 		 478 aa  67.4  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000159073 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  25.59 
 
 		 498 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  23.46 
 
 		 472 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  24.63 
 
 		 492 aa  67  0.0000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1175  hypothetical protein  28.21 
 
 		 532 aa  67  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.24995  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  29.27 
 
 		 422 aa  67  0.0000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  25.59 
 
 		 483 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1192  hypothetical protein  28.21 
 
 		 529 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1202  hypothetical protein  28.21 
 
 		 529 aa  66.6  0.0000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.344019  normal  0.0467691 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  23.49 
 
 		 486 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  23.54 
 
 		 491 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>