More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1679 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  100 
 
 
385 aa  797    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  55.35 
 
 
404 aa  442  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  55.56 
 
 
394 aa  435  1e-121  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  55.03 
 
 
393 aa  424  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  51.59 
 
 
380 aa  416  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 
416 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  52.27 
 
 
385 aa  403  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  42.55 
 
 
391 aa  276  3e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 
393 aa  272  6e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 
386 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  41.76 
 
 
390 aa  271  2e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  41.16 
 
 
390 aa  268  1e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  39.03 
 
 
397 aa  265  1e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.11 
 
 
425 aa  262  6e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.8 
 
 
399 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.69 
 
 
426 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 
425 aa  241  1e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 
415 aa  240  4e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  36.94 
 
 
384 aa  238  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  36.32 
 
 
419 aa  238  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  37.93 
 
 
412 aa  237  3e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  38.14 
 
 
385 aa  236  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  37.98 
 
 
408 aa  236  5.0000000000000005e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 
399 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.1 
 
 
385 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  34.3 
 
 
402 aa  234  3e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 
360 aa  232  7.000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  37.25 
 
 
374 aa  231  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  35.49 
 
 
418 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3247  DNA-directed DNA polymerase  34.63 
 
 
459 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 
402 aa  230  3e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  38.75 
 
 
481 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  37.43 
 
 
368 aa  230  4e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  34.47 
 
 
410 aa  229  4e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  35.49 
 
 
418 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  37.39 
 
 
364 aa  229  6e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  36.19 
 
 
356 aa  229  8e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  35.96 
 
 
395 aa  229  9e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  35.23 
 
 
418 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 
360 aa  225  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  38.4 
 
 
378 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  38.4 
 
 
378 aa  224  1e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 
406 aa  224  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  35.75 
 
 
409 aa  224  3e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.55 
 
 
399 aa  224  3e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 
385 aa  222  9e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  35.06 
 
 
424 aa  222  9e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 
410 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  38.22 
 
 
369 aa  222  9.999999999999999e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  33.71 
 
 
419 aa  220  3e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 
358 aa  220  3e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  37.71 
 
 
371 aa  220  3e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  37.35 
 
 
359 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  38.62 
 
 
364 aa  220  3.9999999999999997e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.13 
 
 
389 aa  219  6e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  36.28 
 
 
355 aa  219  6e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.75 
 
 
414 aa  219  7e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 
408 aa  219  7.999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  31.69 
 
 
417 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  34.45 
 
 
413 aa  217  2e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  34.47 
 
 
419 aa  216  4e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  34.53 
 
 
430 aa  216  5e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  33.69 
 
 
409 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  35.1 
 
 
354 aa  216  8e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0687  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 
444 aa  215  9e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000344848  hitchhiker  0.00527115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 
430 aa  214  9.999999999999999e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 
420 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.54 
 
 
409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  32.98 
 
 
408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.28 
 
 
409 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  33.09 
 
 
466 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  36.47 
 
 
359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  37.94 
 
 
359 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  35.24 
 
 
360 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  33.68 
 
 
408 aa  211  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  33.51 
 
 
407 aa  211  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  34.37 
 
 
361 aa  212  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  37.43 
 
 
353 aa  212  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  34.37 
 
 
408 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  32.63 
 
 
435 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  34.37 
 
 
383 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  36.36 
 
 
369 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  32.97 
 
 
436 aa  210  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  34.26 
 
 
392 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.34 
 
 
454 aa  209  6e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  36.95 
 
 
363 aa  209  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  37.03 
 
 
356 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  33.33 
 
 
367 aa  208  1e-52  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  33.99 
 
 
379 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  37.03 
 
 
356 aa  208  1e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.98 
 
 
415 aa  207  2e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  35.18 
 
 
371 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  36.05 
 
 
367 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  35.36 
 
 
369 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  37.13 
 
 
385 aa  206  4e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  36.09 
 
 
375 aa  206  7e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1555  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 
422 aa  206  7e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558973  normal  0.0210398 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  35.47 
 
 
357 aa  206  7e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  33.8 
 
 
405 aa  206  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3175  DNA-directed DNA polymerase  34.31 
 
 
392 aa  205  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>