More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2005 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  87.66 
 
 		 488 aa  769    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  84.31 
 
 		 478 aa  769    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  100 
 
 		 478 aa  946    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  58.46 
 
 		 501 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  62.85 
 
 		 462 aa  535  1e-151  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  62.39 
 
 		 490 aa  531  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  60.33 
 
 		 529 aa  534  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  46.46 
 
 		 477 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  48.32 
 
 		 480 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  45.64 
 
 		 483 aa  383  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  47.86 
 
 		 515 aa  379  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  44.97 
 
 		 489 aa  378  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  46.76 
 
 		 545 aa  365  1e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  42.41 
 
 		 471 aa  363  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  41.72 
 
 		 471 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  43.39 
 
 		 472 aa  346  4e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  42.34 
 
 		 488 aa  336  5.999999999999999e-91  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.32 
 
 		 548 aa  314  1.9999999999999998e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  41.13 
 
 		 525 aa  282  9e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  41.51 
 
 		 500 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  39.29 
 
 		 507 aa  276  6e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  41.51 
 
 		 467 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  39.79 
 
 		 472 aa  273  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.76 
 
 		 499 aa  272  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  38.69 
 
 		 474 aa  269  7e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  38.3 
 
 		 507 aa  268  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.85 
 
 		 499 aa  266  4e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  40.29 
 
 		 506 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  33.89 
 
 		 500 aa  264  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  38.6 
 
 		 522 aa  263  6e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  36.68 
 
 		 519 aa  262  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  37.29 
 
 		 486 aa  260  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  36.76 
 
 		 474 aa  259  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.21 
 
 		 503 aa  258  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  36.42 
 
 		 477 aa  257  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  41.42 
 
 		 471 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  36.62 
 
 		 452 aa  255  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  38.8 
 
 		 472 aa  246  6e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  37.5 
 
 		 465 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  38.54 
 
 		 472 aa  233  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  35.11 
 
 		 499 aa  232  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  36.02 
 
 		 503 aa  231  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  35.19 
 
 		 472 aa  223  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  34.62 
 
 		 534 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  34.22 
 
 		 534 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  36.66 
 
 		 449 aa  217  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  34.41 
 
 		 433 aa  211  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  33.96 
 
 		 536 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  31.86 
 
 		 552 aa  180  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.72 
 
 		 473 aa  162  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  36.06 
 
 		 562 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  27.16 
 
 		 473 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  27.41 
 
 		 492 aa  115  3e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  27.31 
 
 		 469 aa  110  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.06 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  26.32 
 
 		 479 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  28.05 
 
 		 432 aa  100  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  26.56 
 
 		 506 aa  98.6  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  27.25 
 
 		 495 aa  97.1  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  22.71 
 
 		 467 aa  95.9  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  23.94 
 
 		 541 aa  94  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0035  hypothetical protein  22.61 
 
 		 484 aa  94  6e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  26.68 
 
 		 487 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  28.38 
 
 		 523 aa  90.5  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  31.09 
 
 		 528 aa  90.1  8e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  27.39 
 
 		 540 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  27.24 
 
 		 495 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  26.89 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.33 
 
 		 484 aa  87.8  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  26.8 
 
 		 437 aa  86.3  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  26.53 
 
 		 459 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  25.66 
 
 		 476 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.81 
 
 		 472 aa  83.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.1 
 
 		 473 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  23.46 
 
 		 487 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  25.87 
 
 		 498 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  27.59 
 
 		 472 aa  81.3  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  27.35 
 
 		 476 aa  80.9  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  26.91 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  26.91 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  25.92 
 
 		 486 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  26.12 
 
 		 459 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  26.91 
 
 		 491 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.25 
 
 		 467 aa  78.2  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  25.22 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  25.35 
 
 		 472 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  33.33 
 
 		 527 aa  77  0.0000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  26.56 
 
 		 488 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  26.51 
 
 		 491 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  26.56 
 
 		 488 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  24.89 
 
 		 471 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  26.33 
 
 		 492 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  28.73 
 
 		 410 aa  76.6  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  24.6 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  26.92 
 
 		 406 aa  76.6  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  25.35 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  26.16 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  32.13 
 
 		 422 aa  75.5  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  25.21 
 
 		 489 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  30.43 
 
 		 467 aa  74.3  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>