151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2739 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  94.7 
 
 		 472 aa  861    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  94.7 
 
 		 472 aa  862    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  100 
 
 		 472 aa  932    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  86.02 
 
 		 472 aa  781    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  66.03 
 
 		 473 aa  587  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  63.56 
 
 		 487 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  63.85 
 
 		 471 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  63.1 
 
 		 476 aa  567  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  61.23 
 
 		 471 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  60.89 
 
 		 471 aa  545  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  54.09 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  50.53 
 
 		 472 aa  401  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  37.92 
 
 		 467 aa  206  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  38.16 
 
 		 437 aa  200  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  36.09 
 
 		 432 aa  196  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  32.22 
 
 		 473 aa  194  3e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  34.68 
 
 		 492 aa  189  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  33.54 
 
 		 479 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2299  hypothetical protein  33.66 
 
 		 505 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  28.27 
 
 		 467 aa  159  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  26.47 
 
 		 506 aa  153  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.54 
 
 		 467 aa  152  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  32.17 
 
 		 491 aa  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  31.47 
 
 		 492 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  31.72 
 
 		 486 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  31.97 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  31.97 
 
 		 491 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  31.25 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  31.76 
 
 		 488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  31.76 
 
 		 488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  31.76 
 
 		 491 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  32.45 
 
 		 495 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  30.79 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1834  hypothetical protein  33.81 
 
 		 478 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000159073 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.61 
 
 		 527 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  31.1 
 
 		 445 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  31.9 
 
 		 495 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  30.35 
 
 		 528 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2902  hypothetical protein  30.91 
 
 		 547 aa  136  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.107212 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  31.95 
 
 		 483 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  31.95 
 
 		 498 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  32.3 
 
 		 589 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  29.11 
 
 		 487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  31.95 
 
 		 463 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  30.94 
 
 		 491 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  31.83 
 
 		 593 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  29.92 
 
 		 536 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  29.96 
 
 		 495 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  31.07 
 
 		 498 aa  128  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  28.31 
 
 		 499 aa  126  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0035  hypothetical protein  25.2 
 
 		 484 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  29.25 
 
 		 489 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1533  hypothetical protein  30.87 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110393  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.07 
 
 		 548 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  27.95 
 
 		 534 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  29.1 
 
 		 523 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0618  hypothetical protein  29.97 
 
 		 392 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254373 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  27.57 
 
 		 534 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  27.79 
 
 		 540 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  27.79 
 
 		 527 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  28.12 
 
 		 472 aa  117  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  30.99 
 
 		 441 aa  117  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  23.54 
 
 		 499 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  29.14 
 
 		 483 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.88 
 
 		 473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1545  hypothetical protein  31.45 
 
 		 470 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402889 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  28.72 
 
 		 472 aa  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  23.85 
 
 		 503 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  30.32 
 
 		 431 aa  110  5e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  27.88 
 
 		 525 aa  110  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1870  hypothetical protein  31.88 
 
 		 440 aa  110  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  28.42 
 
 		 500 aa  108  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  27.29 
 
 		 477 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  27.56 
 
 		 433 aa  106  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1966  hypothetical protein  31.28 
 
 		 469 aa  106  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.630688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1766  hypothetical protein  31.28 
 
 		 469 aa  106  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.569912  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0517  hypothetical protein  29.87 
 
 		 405 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  22.33 
 
 		 484 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  24.85 
 
 		 507 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  26.3 
 
 		 472 aa  103  7e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  27.69 
 
 		 489 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  26.91 
 
 		 472 aa  102  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  27.91 
 
 		 545 aa  101  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  27.43 
 
 		 476 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  28.08 
 
 		 467 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  29.64 
 
 		 506 aa  100  6e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  24.14 
 
 		 519 aa  100  6e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  26.11 
 
 		 471 aa  99  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  23.44 
 
 		 486 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  25.11 
 
 		 471 aa  98.2  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.82 
 
 		 499 aa  97.4  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  26.08 
 
 		 507 aa  96.7  8e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4895  hypothetical protein  31.99 
 
 		 443 aa  95.9  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.275823 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  25 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  22.77 
 
 		 500 aa  94.7  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  23.21 
 
 		 541 aa  94.4  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.45 
 
 		 515 aa  93.6  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  28.66 
 
 		 471 aa  92  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  24.8 
 
 		 529 aa  92  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  24.89 
 
 		 474 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>