187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3766 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  100 
 
 		 486 aa  960    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  65.91 
 
 		 522 aa  610  1e-173  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  64.38 
 
 		 452 aa  595  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  63.79 
 
 		 507 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  63.17 
 
 		 507 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  59.7 
 
 		 474 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  64.32 
 
 		 465 aa  550  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  54.97 
 
 		 472 aa  516  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  54.64 
 
 		 503 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  53.38 
 
 		 474 aa  495  1e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  49.79 
 
 		 472 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  49.79 
 
 		 500 aa  409  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  47.79 
 
 		 472 aa  398  1e-109  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  49.15 
 
 		 467 aa  398  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  46.31 
 
 		 519 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  49.58 
 
 		 471 aa  389  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  46.78 
 
 		 472 aa  378  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  44.65 
 
 		 525 aa  333  4e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.78 
 
 		 548 aa  317  4e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  38.82 
 
 		 471 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  38.66 
 
 		 483 aa  291  1e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  37.9 
 
 		 489 aa  291  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  38.53 
 
 		 471 aa  290  4e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  39.75 
 
 		 480 aa  287  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  40 
 
 		 477 aa  286  5.999999999999999e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  37.74 
 
 		 499 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.36 
 
 		 499 aa  284  3.0000000000000004e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.58 
 
 		 499 aa  283  5.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  36.11 
 
 		 500 aa  281  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  36.85 
 
 		 477 aa  277  4e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.54 
 
 		 503 aa  269  7e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  35.11 
 
 		 545 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  38.05 
 
 		 506 aa  267  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  35.86 
 
 		 515 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  37.71 
 
 		 478 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  37.14 
 
 		 433 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  34 
 
 		 529 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  37.81 
 
 		 478 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  32.81 
 
 		 501 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  34.69 
 
 		 488 aa  244  3e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  35.59 
 
 		 490 aa  243  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  37.7 
 
 		 488 aa  236  8e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  34.62 
 
 		 462 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  34.05 
 
 		 562 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  33.33 
 
 		 534 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  33.33 
 
 		 534 aa  232  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  32.29 
 
 		 472 aa  228  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  38.53 
 
 		 449 aa  225  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  34.05 
 
 		 536 aa  223  8e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  31.76 
 
 		 552 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.65 
 
 		 473 aa  179  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  29.48 
 
 		 469 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  29.29 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  30.8 
 
 		 437 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  28.1 
 
 		 471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  30 
 
 		 495 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  26.92 
 
 		 471 aa  126  7e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  28.36 
 
 		 491 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  28.36 
 
 		 491 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  28.79 
 
 		 527 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  28.79 
 
 		 540 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  28.36 
 
 		 491 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  28.36 
 
 		 488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  28.36 
 
 		 488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  28.36 
 
 		 491 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  29.79 
 
 		 495 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  27.35 
 
 		 498 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  24.84 
 
 		 489 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  24.4 
 
 		 506 aa  113  8.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  25.47 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.9 
 
 		 527 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  24.69 
 
 		 487 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  26.9 
 
 		 472 aa  107  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  26.14 
 
 		 476 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.16 
 
 		 473 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  24.74 
 
 		 473 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  27.29 
 
 		 528 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  27.81 
 
 		 498 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  27.81 
 
 		 483 aa  104  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  27.82 
 
 		 495 aa  103  7e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  25.72 
 
 		 471 aa  103  7e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  27.81 
 
 		 463 aa  103  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  28.6 
 
 		 449 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  27.93 
 
 		 523 aa  101  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  26.17 
 
 		 479 aa  99  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  26.03 
 
 		 491 aa  98.6  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  22.7 
 
 		 467 aa  96.7  9e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  28.43 
 
 		 492 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  27.36 
 
 		 486 aa  95.5  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  22.73 
 
 		 467 aa  94.7  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  24.08 
 
 		 472 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  24.08 
 
 		 472 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  24.09 
 
 		 472 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  26.51 
 
 		 459 aa  90.9  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  27 
 
 		 459 aa  90.5  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.27 
 
 		 472 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  26.55 
 
 		 476 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  26.64 
 
 		 432 aa  88.2  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  26.04 
 
 		 445 aa  85.9  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2902  hypothetical protein  28.05 
 
 		 547 aa  85.1  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.107212 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>