109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00039 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 		 484 aa  1009    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0035  hypothetical protein  31.21 
 
 		 484 aa  242  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  27.7 
 
 		 467 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  27.96 
 
 		 467 aa  205  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  25.15 
 
 		 473 aa  147  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  25.59 
 
 		 469 aa  132  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  23.91 
 
 		 487 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  23.89 
 
 		 476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  23.19 
 
 		 471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  23.42 
 
 		 473 aa  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  22.78 
 
 		 471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  22.2 
 
 		 472 aa  99.8  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  22.63 
 
 		 472 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  22.17 
 
 		 479 aa  95.1  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  21.38 
 
 		 492 aa  94.7  4e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  23.76 
 
 		 472 aa  94.7  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  21.6 
 
 		 471 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  23.83 
 
 		 477 aa  92.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  22.78 
 
 		 472 aa  91.3  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  22.58 
 
 		 472 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  22.12 
 
 		 536 aa  89  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  22.62 
 
 		 432 aa  88.6  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  20.93 
 
 		 471 aa  87.4  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  21.6 
 
 		 534 aa  87  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  22.11 
 
 		 499 aa  86.3  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.21 
 
 		 499 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.21 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  22.55 
 
 		 541 aa  83.2  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  21.46 
 
 		 477 aa  82.4  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  20.82 
 
 		 534 aa  80.9  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  20.94 
 
 		 515 aa  80.9  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  19.2 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.49 
 
 		 499 aa  80.9  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  22.4 
 
 		 433 aa  80.5  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0517  hypothetical protein  22.96 
 
 		 405 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  21.26 
 
 		 472 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  20.46 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  23.11 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  22.65 
 
 		 500 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  21.33 
 
 		 478 aa  77  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  20.96 
 
 		 472 aa  76.3  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  20.5 
 
 		 478 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  21.79 
 
 		 523 aa  75.9  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  20.33 
 
 		 545 aa  75.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  22.64 
 
 		 474 aa  74.7  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  20.73 
 
 		 525 aa  75.1  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  22.24 
 
 		 486 aa  74.7  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  22.58 
 
 		 489 aa  73.9  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.18 
 
 		 548 aa  73.9  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  20.64 
 
 		 472 aa  73.6  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  20.04 
 
 		 507 aa  73.6  0.000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1864  hypothetical protein  22.22 
 
 		 763 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  20.96 
 
 		 519 aa  72.8  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  21.46 
 
 		 472 aa  72.8  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  27.59 
 
 		 501 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  20.45 
 
 		 488 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  19.68 
 
 		 507 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  21.55 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  21.08 
 
 		 506 aa  70.5  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  22.86 
 
 		 483 aa  69.7  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  22.37 
 
 		 522 aa  69.7  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  23.12 
 
 		 471 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  22.31 
 
 		 467 aa  68.2  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  19.96 
 
 		 474 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  21.67 
 
 		 472 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  21.8 
 
 		 488 aa  67.4  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  21.95 
 
 		 503 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  22.03 
 
 		 467 aa  66.2  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  24.32 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  21.46 
 
 		 527 aa  63.9  0.000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  21.46 
 
 		 540 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  19.12 
 
 		 500 aa  63.5  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  20.92 
 
 		 490 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2101  hypothetical protein  24.6 
 
 		 684 aa  63.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  20.36 
 
 		 527 aa  61.6  0.00000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  22.22 
 
 		 529 aa  61.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.99 
 
 		 503 aa  60.5  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  22.16 
 
 		 552 aa  59.3  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2299  hypothetical protein  21.44 
 
 		 505 aa  59.7  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  25.95 
 
 		 462 aa  57.8  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1870  hypothetical protein  20.71 
 
 		 440 aa  57  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1834  hypothetical protein  21.99 
 
 		 478 aa  55.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000159073 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  26.15 
 
 		 562 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1545  hypothetical protein  20.71 
 
 		 470 aa  56.6  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402889 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  19.01 
 
 		 445 aa  55.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  18.34 
 
 		 492 aa  54.7  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1766  hypothetical protein  19.89 
 
 		 469 aa  53.9  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.569912  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  20.21 
 
 		 449 aa  53.5  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  21.07 
 
 		 593 aa  53.5  0.000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1966  hypothetical protein  19.6 
 
 		 469 aa  53.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.630688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  21.78 
 
 		 476 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2945  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  25.65 
 
 		 505 aa  52.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000000598538  decreased coverage  0.00000434939 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  22.77 
 
 		 527 aa  51.2  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  22.27 
 
 		 449 aa  50.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3156  UMUC domain protein DNA-repair protein  21.25 
 
 		 510 aa  50.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000974062  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  18.12 
 
 		 459 aa  50.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  18.56 
 
 		 459 aa  50.1  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  18.2 
 
 		 495 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4895  hypothetical protein  22.06 
 
 		 443 aa  48.9  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.275823 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  22.26 
 
 		 452 aa  49.3  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>