88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2101 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2101  hypothetical protein  100 
 
 		 684 aa  1379    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1864  hypothetical protein  32.35 
 
 		 763 aa  161  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  26.43 
 
 		 589 aa  103  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  25.92 
 
 		 593 aa  100  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  30.8 
 
 		 467 aa  97.4  8e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.19 
 
 		 472 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  32.57 
 
 		 472 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  33.03 
 
 		 472 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  33.94 
 
 		 473 aa  90.5  9e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  32.57 
 
 		 472 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  32.19 
 
 		 471 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  29.26 
 
 		 473 aa  87.4  8e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  25.68 
 
 		 476 aa  86.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  31.19 
 
 		 479 aa  86.3  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  31.38 
 
 		 487 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  30.13 
 
 		 471 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  29.41 
 
 		 471 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0035  hypothetical protein  26.07 
 
 		 484 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  29.46 
 
 		 476 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  28.51 
 
 		 472 aa  77.4  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003015  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.46 
 
 		 467 aa  73.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.600573  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  29.2 
 
 		 459 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  28.9 
 
 		 467 aa  72.4  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  29.41 
 
 		 486 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  28.94 
 
 		 492 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  28.76 
 
 		 459 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  25.48 
 
 		 484 aa  67  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  26.87 
 
 		 431 aa  62.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1533  hypothetical protein  29.02 
 
 		 466 aa  62  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0110393  normal  0.601822 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  28.27 
 
 		 432 aa  61.2  0.00000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  24.66 
 
 		 506 aa  60.8  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  25.41 
 
 		 536 aa  60.5  0.00000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  28.57 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.11 
 
 		 473 aa  59.7  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2299  hypothetical protein  42.25 
 
 		 505 aa  57  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.94 
 
 		 527 aa  57.4  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  27.11 
 
 		 525 aa  56.6  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  29.26 
 
 		 437 aa  56.2  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.79 
 
 		 499 aa  55.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  28.21 
 
 		 495 aa  54.7  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  22.59 
 
 		 552 aa  54.3  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  38.89 
 
 		 469 aa  53.9  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.79 
 
 		 503 aa  53.5  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1870  hypothetical protein  27.19 
 
 		 440 aa  53.9  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  25.34 
 
 		 528 aa  53.9  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1545  hypothetical protein  27.19 
 
 		 470 aa  53.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402889 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  31.3 
 
 		 472 aa  53.1  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  34.48 
 
 		 472 aa  52.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1834  hypothetical protein  30.99 
 
 		 478 aa  52.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000159073 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  22.41 
 
 		 487 aa  52  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  23.98 
 
 		 449 aa  51.6  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2902  hypothetical protein  28.14 
 
 		 547 aa  51.2  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.107212 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  26.55 
 
 		 491 aa  51.2  0.00007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4537  hypothetical protein  30.65 
 
 		 445 aa  50.4  0.00009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23157  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  26.32 
 
 		 488 aa  50.8  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  26.32 
 
 		 488 aa  50.8  0.00009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  26.55 
 
 		 491 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  26.55 
 
 		 491 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  26.55 
 
 		 491 aa  50.4  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  25.86 
 
 		 463 aa  50.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  26.32 
 
 		 491 aa  50.4  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2671  hypothetical protein  32.43 
 
 		 460 aa  50.1  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.101016 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  26.22 
 
 		 498 aa  49.7  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.85 
 
 		 499 aa  49.7  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1766  hypothetical protein  27.65 
 
 		 469 aa  49.7  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.569912  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  25.78 
 
 		 495 aa  49.3  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0517  hypothetical protein  28.18 
 
 		 405 aa  49.7  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1966  hypothetical protein  27.65 
 
 		 469 aa  49.7  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.630688  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  26.53 
 
 		 492 aa  48.9  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2201  hypothetical protein  35.71 
 
 		 555 aa  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.242183 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  25.33 
 
 		 495 aa  47.8  0.0007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  25.33 
 
 		 483 aa  47.4  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  24.56 
 
 		 433 aa  47.4  0.0009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  26.32 
 
 		 523 aa  46.6  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  25 
 
 		 534 aa  47  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  25.33 
 
 		 498 aa  46.6  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  25.44 
 
 		 534 aa  47.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4895  hypothetical protein  27.93 
 
 		 443 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.275823 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  25.45 
 
 		 472 aa  45.8  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0618  hypothetical protein  26.47 
 
 		 392 aa  45.4  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254373 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  31.94 
 
 		 478 aa  45.8  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  26.92 
 
 		 545 aa  45.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  34.25 
 
 		 541 aa  45.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  25.24 
 
 		 540 aa  44.7  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  25.24 
 
 		 527 aa  45.1  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  27.63 
 
 		 500 aa  44.3  0.007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  24.8 
 
 		 548 aa  44.3  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2249  hypothetical protein  26.2 
 
 		 569 aa  44.3  0.009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0732725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>