More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1732 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  100 
 
 		 490 aa  972    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  71.22 
 
 		 529 aa  667    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  63.26 
 
 		 501 aa  634  1e-180  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  69.18 
 
 		 462 aa  616  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  61.8 
 
 		 478 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  61.59 
 
 		 478 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  62.04 
 
 		 488 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  51.12 
 
 		 480 aa  439  9.999999999999999e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  46.84 
 
 		 515 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  44.27 
 
 		 489 aa  391  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  45.14 
 
 		 483 aa  385  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  45.62 
 
 		 545 aa  386  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  45.42 
 
 		 477 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  41.31 
 
 		 471 aa  360  3e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  41.86 
 
 		 471 aa  358  8e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  43.24 
 
 		 472 aa  351  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.05 
 
 		 548 aa  349  5e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  42.69 
 
 		 488 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  38.4 
 
 		 477 aa  288  1e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  36.27 
 
 		 474 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  39.54 
 
 		 467 aa  272  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  39.12 
 
 		 500 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  36.64 
 
 		 507 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.28 
 
 		 499 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  36.64 
 
 		 507 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  38.02 
 
 		 506 aa  266  8.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  38.46 
 
 		 472 aa  264  2e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  34.21 
 
 		 486 aa  263  4e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  35.21 
 
 		 474 aa  262  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  37.25 
 
 		 522 aa  261  2e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  34.89 
 
 		 452 aa  258  2e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  38.14 
 
 		 472 aa  256  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.47 
 
 		 499 aa  256  7e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  39.34 
 
 		 471 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  36.04 
 
 		 525 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  35.64 
 
 		 499 aa  251  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  36.8 
 
 		 465 aa  247  4e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  33.81 
 
 		 519 aa  246  8e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  32.99 
 
 		 500 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  37.53 
 
 		 472 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.58 
 
 		 503 aa  244  3e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  34.82 
 
 		 472 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  35.5 
 
 		 433 aa  229  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  37.15 
 
 		 449 aa  227  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  34.89 
 
 		 503 aa  226  9e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  33.53 
 
 		 534 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  33.13 
 
 		 534 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  31.86 
 
 		 552 aa  196  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  32.8 
 
 		 536 aa  190  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.42 
 
 		 473 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  35.79 
 
 		 562 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  27.43 
 
 		 473 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  25.93 
 
 		 506 aa  120  7.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.21 
 
 		 527 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  26.04 
 
 		 469 aa  114  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  25.83 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  25.16 
 
 		 492 aa  107  5e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  27.22 
 
 		 495 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  26.29 
 
 		 479 aa  97.1  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  26.36 
 
 		 472 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  25.15 
 
 		 476 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  29.57 
 
 		 528 aa  94.7  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.38 
 
 		 472 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  25.97 
 
 		 472 aa  94.4  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  26.6 
 
 		 495 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  25.57 
 
 		 471 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  25.79 
 
 		 449 aa  90.5  6e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  24.67 
 
 		 471 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  25.16 
 
 		 431 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  29.33 
 
 		 527 aa  89  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  24.71 
 
 		 472 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  28.75 
 
 		 527 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  26.67 
 
 		 491 aa  87.4  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  21.35 
 
 		 541 aa  87.4  5e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  26.19 
 
 		 498 aa  86.7  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  26.52 
 
 		 432 aa  86.3  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  24.02 
 
 		 473 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  26.46 
 
 		 491 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  26.46 
 
 		 491 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  25.81 
 
 		 523 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  21.05 
 
 		 484 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  26.26 
 
 		 488 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  26.26 
 
 		 488 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  29.95 
 
 		 467 aa  83.2  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  26.26 
 
 		 491 aa  83.2  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  26.11 
 
 		 527 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  24.89 
 
 		 437 aa  82  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  26.11 
 
 		 540 aa  82.4  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  24.39 
 
 		 593 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  24.54 
 
 		 471 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  25.32 
 
 		 472 aa  79  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  25.92 
 
 		 483 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  25.92 
 
 		 498 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  24.09 
 
 		 459 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  24.95 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  25.92 
 
 		 463 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  23.94 
 
 		 495 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  26.21 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  21.73 
 
 		 487 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  24.19 
 
 		 492 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>