149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3469 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  100 
 
 
480 aa  926    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  47.09 
 
 
501 aa  426  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  51.94 
 
 
490 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  48.94 
 
 
471 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  48.74 
 
 
477 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  50.21 
 
 
515 aa  402  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  49.78 
 
 
462 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  51.24 
 
 
488 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  47.41 
 
 
529 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  51.26 
 
 
478 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  49.37 
 
 
478 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  47 
 
 
489 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  46.38 
 
 
483 aa  382  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  46.23 
 
 
471 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  48.95 
 
 
545 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  45.59 
 
 
488 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.74 
 
 
548 aa  368  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  46.35 
 
 
472 aa  358  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  47.48 
 
 
467 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  47.48 
 
 
500 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  39.58 
 
 
474 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  44.54 
 
 
472 aa  301  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  45.28 
 
 
471 aa  300  4e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  42.2 
 
 
507 aa  295  9e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  39.75 
 
 
486 aa  295  1e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  45.34 
 
 
472 aa  290  4e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  41.58 
 
 
507 aa  289  8e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  39.61 
 
 
452 aa  285  2.0000000000000002e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  39.71 
 
 
474 aa  285  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  40.96 
 
 
525 aa  281  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  41.67 
 
 
465 aa  273  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  38.75 
 
 
522 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  42.03 
 
 
472 aa  273  5.000000000000001e-72  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.65 
 
 
499 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  38.68 
 
 
519 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  38.4 
 
 
477 aa  264  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  41.58 
 
 
449 aa  263  6.999999999999999e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  33.19 
 
 
500 aa  260  4e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  38.07 
 
 
472 aa  259  9e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  38.63 
 
 
499 aa  251  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.53 
 
 
503 aa  249  6e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  39.17 
 
 
506 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  36.81 
 
 
503 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  38.48 
 
 
433 aa  240  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.49 
 
 
499 aa  238  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  36.36 
 
 
552 aa  232  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  37.5 
 
 
534 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  37.5 
 
 
534 aa  224  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  36.75 
 
 
536 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  37.18 
 
 
562 aa  166  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.58 
 
 
473 aa  155  1e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  30.15 
 
 
469 aa  130  8.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  30.04 
 
 
459 aa  128  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  29.84 
 
 
492 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  30.77 
 
 
437 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  29.63 
 
 
459 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  30.92 
 
 
492 aa  121  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.27 
 
 
527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  26.79 
 
 
593 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  29.63 
 
 
486 aa  118  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  25.85 
 
 
589 aa  117  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  28.69 
 
 
487 aa  117  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  30.17 
 
 
495 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  32.41 
 
 
528 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01908  hypothetical protein  31.38 
 
 
523 aa  110  6e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.223055 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  28.03 
 
 
476 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  26.04 
 
 
506 aa  107  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  28.63 
 
 
471 aa  107  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  29.23 
 
 
471 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  30.93 
 
 
491 aa  103  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  30.93 
 
 
491 aa  103  9e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0476  hypothetical protein  29.75 
 
 
495 aa  103  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.181741  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  29.06 
 
 
471 aa  103  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  30.47 
 
 
491 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  30.47 
 
 
488 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  30.47 
 
 
488 aa  102  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  29.02 
 
 
495 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  27.16 
 
 
473 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  30.93 
 
 
491 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  29.06 
 
 
540 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  29.59 
 
 
432 aa  100  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  29.06 
 
 
527 aa  100  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  23.48 
 
 
467 aa  97.1  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  30.45 
 
 
498 aa  96.7  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.35 
 
 
472 aa  96.7  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  28.78 
 
 
491 aa  93.6  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  27.29 
 
 
479 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  25.21 
 
 
487 aa  93.2  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  28.6 
 
 
472 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  28.6 
 
 
472 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  27.61 
 
 
473 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  28.81 
 
 
483 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  28.81 
 
 
498 aa  89.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3205  hypothetical protein  28.89 
 
 
449 aa  87.8  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102672  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  28.6 
 
 
463 aa  87.4  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  28.51 
 
 
472 aa  86.7  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  27.29 
 
 
472 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1029  aspartate decarboxylase  20.76 
 
 
541 aa  84.3  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1971  hypothetical protein  26.37 
 
 
489 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0829  hypothetical protein  30.88 
 
 
467 aa  81.6  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.692902  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>