281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3997 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_3997  hypothetical protein  100 
 
 		 499 aa  979    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0176  hypothetical protein  52.81 
 
 		 433 aa  441  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0055  hypothetical protein  44.8 
 
 		 536 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.845742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0108  putative DNA repair enzyme  44.61 
 
 		 534 aa  385  1e-105  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0727599 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1458  putative DNA repair enzyme  44.42 
 
 		 534 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3231  putative DNA repair enzyme  44.04 
 
 		 552 aa  363  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2530  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.77 
 
 		 548 aa  300  5e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397333 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  38.64 
 
 		 522 aa  280  6e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2801  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  40.22 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.236313 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3766  hypothetical protein  37.74 
 
 		 486 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  39.05 
 
 		 507 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1332  hypothetical protein  40.62 
 
 		 472 aa  269  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  35.69 
 
 		 529 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4575  hypothetical protein  40.4 
 
 		 500 aa  260  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.782674  normal  0.448511 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  37.67 
 
 		 507 aa  259  7e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3891  putative nucleotidyltransferase protein  35.17 
 
 		 471 aa  257  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1559  hypothetical protein  36.7 
 
 		 477 aa  257  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.293786 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4290  hypothetical protein  39 
 
 		 506 aa  256  8e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  37.63 
 
 		 477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5035  hypothetical protein  41.98 
 
 		 467 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.0411477 
 
 
-
 
NC_004310  BR0070  hypothetical protein  35.52 
 
 		 483 aa  251  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4462  hypothetical protein  38.51 
 
 		 525 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  37.23 
 
 		 471 aa  251  2e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5093  hypothetical protein  43.14 
 
 		 471 aa  249  7e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5202  hypothetical protein  37.74 
 
 		 474 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.45217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5158  putative nucleotidyltransferase protein  36.27 
 
 		 474 aa  247  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0080  hypothetical protein  35.38 
 
 		 489 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  36.36 
 
 		 503 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.73 
 
 		 499 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1072  hypothetical protein  37.2 
 
 		 488 aa  239  9e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.289779 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  39.74 
 
 		 472 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3808  hypothetical protein  37.37 
 
 		 465 aa  238  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3469  hypothetical protein  37.24 
 
 		 480 aa  237  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.757841 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  35.08 
 
 		 472 aa  237  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  36.52 
 
 		 545 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  32.68 
 
 		 500 aa  233  8.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2667  hypothetical protein  37.53 
 
 		 462 aa  233  9e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1120  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  35.8 
 
 		 515 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.881049 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  33.97 
 
 		 519 aa  229  6e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5394  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.24 
 
 		 503 aa  229  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.280036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  37.2 
 
 		 472 aa  226  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1732  hypothetical protein  35.64 
 
 		 490 aa  226  9e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0965901  hitchhiker  0.00613419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2256  hypothetical protein  33.4 
 
 		 501 aa  224  3e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.09 
 
 		 499 aa  220  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2005  hypothetical protein  35.11 
 
 		 478 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1902  hypothetical protein  35.42 
 
 		 478 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2013  hypothetical protein  41.88 
 
 		 562 aa  206  8e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.22343 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3564  hypothetical protein  35.25 
 
 		 488 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.677515 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1537  hypothetical protein  31.98 
 
 		 472 aa  199  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1830  hypothetical protein  38.37 
 
 		 449 aa  182  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1326  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.76 
 
 		 473 aa  140  7.999999999999999e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3150  hypothetical protein  28.57 
 
 		 471 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2598  hypothetical protein  27.05 
 
 		 506 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0974  hypothetical protein  26 
 
 		 473 aa  123  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02090  hypothetical protein  30.32 
 
 		 472 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4840  hypothetical protein  29.19 
 
 		 471 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55600  hypothetical protein  28.11 
 
 		 471 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.325851 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2739  hypothetical protein  28.31 
 
 		 472 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203149  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2794  hypothetical protein  28.31 
 
 		 487 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42838  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1094  hypothetical protein  30.25 
 
 		 437 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.095311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2522  hypothetical protein  28.43 
 
 		 476 aa  114  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.855778 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0113  hypothetical protein  28.15 
 
 		 491 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0509  hypothetical protein  28.15 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0691  hypothetical protein  28.15 
 
 		 491 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.494486  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2379  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  29.03 
 
 		 469 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.286987  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3118  hypothetical protein  28.31 
 
 		 472 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0526  hypothetical protein  28.15 
 
 		 491 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2599  hypothetical protein  28.31 
 
 		 472 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.938894 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2903  hypothetical protein  27.87 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1475  hypothetical protein  27.87 
 
 		 488 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4524  hypothetical protein  28.79 
 
 		 528 aa  111  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1935  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  27.88 
 
 		 473 aa  108  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4129  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.22 
 
 		 527 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2427  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  28.2 
 
 		 472 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02867  hypothetical protein  24.51 
 
 		 467 aa  102  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6157  hypothetical protein  28.11 
 
 		 498 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.594108  normal  0.405129 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2838  hypothetical protein  27.68 
 
 		 463 aa  99.8  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2887  hypothetical protein  28.85 
 
 		 495 aa  99.4  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.524264  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0203  hypothetical protein  25.68 
 
 		 487 aa  99.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276332 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0444  hypothetical protein  29.31 
 
 		 491 aa  99  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.404806  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2214  hypothetical protein  27.47 
 
 		 483 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2827  hypothetical protein  27.47 
 
 		 498 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0608535  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1743  hypothetical protein  27.49 
 
 		 432 aa  98.2  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1383  hypothetical protein  27.01 
 
 		 593 aa  97.1  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573523  normal  0.0118968 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1941  hypothetical protein  26.29 
 
 		 479 aa  96.3  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0469275 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0618  hypothetical protein  28.47 
 
 		 392 aa  95.9  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0254373 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2745  hypothetical protein  27.89 
 
 		 495 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2165  hypothetical protein  32.62 
 
 		 492 aa  89  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.255686  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6830  hypothetical protein  26 
 
 		 459 aa  89  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6270  hypothetical protein  26.02 
 
 		 492 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.656674 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2733  hypothetical protein  28.03 
 
 		 441 aa  87.4  5e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.340285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00039  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  22.11 
 
 		 484 aa  86.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000511104  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2387  hypothetical protein  26.17 
 
 		 476 aa  86.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.434046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3165  hypothetical protein  25.26 
 
 		 589 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.907765 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6870  hypothetical protein  26.42 
 
 		 459 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2299  hypothetical protein  27.44 
 
 		 505 aa  85.5  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4622  hypothetical protein  26.6 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0814384  normal  0.0497308 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4489  hypothetical protein  26.6 
 
 		 527 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0757544  normal  0.599232 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1226  hypothetical protein  27.05 
 
 		 431 aa  83.2  0.000000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6768  hypothetical protein  26.42 
 
 		 486 aa  83.6  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>