More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_2142 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  94.33 
 
 
429 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  94.57 
 
 
407 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  100 
 
 
408 aa  731    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  95.01 
 
 
379 aa  689    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  90.08 
 
 
392 aa  646    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  100 
 
 
383 aa  732    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  94.35 
 
 
405 aa  677    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  100 
 
 
361 aa  733    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  89.77 
 
 
403 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  89.49 
 
 
404 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  89.49 
 
 
400 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  89.49 
 
 
404 aa  623  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  89.49 
 
 
400 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  89.49 
 
 
400 aa  623  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  88.3 
 
 
406 aa  624  1e-177  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  65.04 
 
 
362 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  63.92 
 
 
357 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  62.75 
 
 
357 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  62.71 
 
 
369 aa  449  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  68.47 
 
 
364 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  58.86 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  58.86 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  59.14 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  57.79 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  57.88 
 
 
352 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  56.29 
 
 
353 aa  391  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  58.81 
 
 
353 aa  391  1e-107  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  55.56 
 
 
348 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  58.29 
 
 
349 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  55.59 
 
 
353 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  57.14 
 
 
349 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  56.16 
 
 
354 aa  384  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  55.22 
 
 
358 aa  382  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  51.28 
 
 
355 aa  363  2e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  51 
 
 
355 aa  363  2e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  50.14 
 
 
364 aa  355  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  50.88 
 
 
358 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
360 aa  345  5e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  48.99 
 
 
358 aa  344  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  50.74 
 
 
357 aa  340  2e-92  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  50.29 
 
 
359 aa  339  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  50.14 
 
 
352 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  50.15 
 
 
358 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  50 
 
 
359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  50.29 
 
 
359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  49.29 
 
 
352 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  50.72 
 
 
352 aa  337  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  50.15 
 
 
359 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  49.55 
 
 
359 aa  334  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
358 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
358 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  50.15 
 
 
358 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  53.41 
 
 
353 aa  331  1e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  48.68 
 
 
357 aa  330  2e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  48.81 
 
 
352 aa  329  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  50.15 
 
 
355 aa  329  5.0000000000000004e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  48.53 
 
 
349 aa  325  1e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  48.31 
 
 
356 aa  322  6e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  47.14 
 
 
356 aa  322  8e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  50.95 
 
 
353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  46.92 
 
 
379 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  47.49 
 
 
353 aa  320  3e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  317  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  48.52 
 
 
360 aa  316  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  46.86 
 
 
372 aa  316  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  316  5e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  47.4 
 
 
351 aa  316  5e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
352 aa  315  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  47.4 
 
 
351 aa  316  5e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  316  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
352 aa  315  5e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  49.57 
 
 
352 aa  315  7e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  315  8e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  315  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  48.84 
 
 
352 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  47.4 
 
 
351 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  47.11 
 
 
351 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  47.09 
 
 
354 aa  311  7.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  44.29 
 
 
350 aa  311  9e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  47.11 
 
 
351 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  47.11 
 
 
351 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  47.11 
 
 
351 aa  311  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  47.11 
 
 
351 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  46.4 
 
 
352 aa  309  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  48.66 
 
 
359 aa  305  6e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  47.34 
 
 
356 aa  302  5.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  50.74 
 
 
355 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  48.84 
 
 
304 aa  296  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  48.66 
 
 
378 aa  296  3e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  46.17 
 
 
378 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  46.17 
 
 
378 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  46.75 
 
 
359 aa  292  5e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  51.04 
 
 
380 aa  292  6e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  46.13 
 
 
363 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  48.38 
 
 
359 aa  290  2e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  45.29 
 
 
358 aa  289  7e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  45.63 
 
 
373 aa  288  9e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  46.92 
 
 
354 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  47.77 
 
 
378 aa  283  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
365 aa  283  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>