More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3235 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 380 aa  788    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  62.03 
 
 		 404 aa  505  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  52.99 
 
 		 416 aa  429  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  51.59 
 
 		 385 aa  416  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  51.06 
 
 		 385 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  50.4 
 
 		 394 aa  404  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  50.66 
 
 		 393 aa  404  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  39.58 
 
 		 391 aa  265  8.999999999999999e-70  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  39.05 
 
 		 390 aa  265  1e-69  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 		 390 aa  263  3e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 397 aa  263  3e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 		 425 aa  263  4e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  37.95 
 
 		 425 aa  253  3e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.2 
 
 		 412 aa  249  7e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.94 
 
 		 393 aa  249  8e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.37 
 
 		 399 aa  245  9e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 426 aa  241  2e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  36.94 
 
 		 386 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  33.86 
 
 		 408 aa  229  5e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.51 
 
 		 399 aa  228  1e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 408 aa  227  3e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37.31 
 
 		 389 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  36.51 
 
 		 385 aa  224  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  34.84 
 
 		 402 aa  224  2e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  35.11 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  34.64 
 
 		 385 aa  220  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  34.54 
 
 		 408 aa  220  3e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  33.96 
 
 		 429 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  35.45 
 
 		 385 aa  219  5e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  35.84 
 
 		 481 aa  219  5e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  34.31 
 
 		 429 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  32.54 
 
 		 417 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  36.29 
 
 		 410 aa  218  1e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 424 aa  216  5e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  34.23 
 
 		 420 aa  216  5e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  32.09 
 
 		 410 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  34.97 
 
 		 399 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  32.73 
 
 		 415 aa  214  9.999999999999999e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  36.26 
 
 		 364 aa  213  2.9999999999999995e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  34.2 
 
 		 430 aa  212  9e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 418 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 418 aa  212  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  35.54 
 
 		 419 aa  211  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3247  DNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 		 459 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  34.22 
 
 		 429 aa  210  3e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  33.25 
 
 		 407 aa  209  6e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  32.98 
 
 		 409 aa  209  6e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  36.29 
 
 		 374 aa  209  6e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  32.89 
 
 		 432 aa  209  6e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  33.16 
 
 		 436 aa  209  6e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  31.68 
 
 		 406 aa  209  9e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  33.07 
 
 		 417 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  33.69 
 
 		 435 aa  207  2e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  33.87 
 
 		 407 aa  207  2e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  32.99 
 
 		 418 aa  208  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  32.02 
 
 		 384 aa  207  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  35.39 
 
 		 369 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  34.55 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  34.84 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  32.9 
 
 		 395 aa  207  3e-52  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.74 
 
 		 414 aa  207  3e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  31.73 
 
 		 407 aa  206  6e-52  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  34.29 
 
 		 402 aa  206  6e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 		 419 aa  206  7e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  36.08 
 
 		 418 aa  205  9e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  36.24 
 
 		 432 aa  205  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  32.98 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  34.46 
 
 		 409 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  34.4 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 429 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  33.16 
 
 		 429 aa  204  3e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  35.23 
 
 		 466 aa  204  3e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  32.8 
 
 		 422 aa  203  4e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  33.16 
 
 		 417 aa  203  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  34.76 
 
 		 380 aa  203  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  33.77 
 
 		 417 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  31.94 
 
 		 435 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  31.87 
 
 		 395 aa  202  9e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  33.77 
 
 		 449 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  37.33 
 
 		 369 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  35.69 
 
 		 359 aa  202  9.999999999999999e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.24 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  35.09 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  35.84 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  34.52 
 
 		 436 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  34 
 
 		 356 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  35.48 
 
 		 364 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  35.84 
 
 		 378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  36.39 
 
 		 363 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  34.62 
 
 		 373 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  35.59 
 
 		 354 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  31.09 
 
 		 413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 		 375 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.63 
 
 		 415 aa  198  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  35.69 
 
 		 371 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  33.77 
 
 		 413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  35.38 
 
 		 357 aa  197  3e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 414 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  36.12 
 
 		 369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 		 408 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>