More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3621 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
385 aa  778    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  64.6 
 
 
386 aa  495  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  64.94 
 
 
481 aa  451  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  55.87 
 
 
426 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  53.14 
 
 
425 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  55.44 
 
 
412 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  49.87 
 
 
397 aa  369  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  48.16 
 
 
384 aa  351  1e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  50.26 
 
 
399 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  43.12 
 
 
407 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  42.49 
 
 
409 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  40.78 
 
 
409 aa  301  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  48.59 
 
 
409 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  47.67 
 
 
380 aa  300  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  49.61 
 
 
418 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  42.56 
 
 
393 aa  300  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  46.97 
 
 
410 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.62 
 
 
385 aa  298  1e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  46.95 
 
 
430 aa  297  2e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  45.43 
 
 
399 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 
409 aa  293  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  46.74 
 
 
420 aa  294  2e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  41.45 
 
 
411 aa  294  2e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  48.58 
 
 
418 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  48.58 
 
 
418 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  49.57 
 
 
419 aa  291  1e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  41.36 
 
 
425 aa  291  1e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  44.36 
 
 
408 aa  291  2e-77  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  42.45 
 
 
408 aa  290  4e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  39.48 
 
 
409 aa  289  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  48.99 
 
 
419 aa  288  1e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  43.88 
 
 
389 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  40.21 
 
 
413 aa  286  4e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  42.6 
 
 
410 aa  286  4e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  48.42 
 
 
363 aa  285  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  46.96 
 
 
354 aa  282  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  48.22 
 
 
369 aa  281  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  46 
 
 
359 aa  280  4e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  41.88 
 
 
408 aa  279  5e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  44.92 
 
 
410 aa  279  6e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  42.48 
 
 
417 aa  278  8e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  47.32 
 
 
356 aa  276  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.25 
 
 
415 aa  276  5e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  46.17 
 
 
415 aa  276  6e-73  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  46.98 
 
 
424 aa  276  6e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  42.48 
 
 
360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  40.62 
 
 
390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  45 
 
 
422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  40.89 
 
 
391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  44.21 
 
 
402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  44.73 
 
 
432 aa  273  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  44.85 
 
 
417 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  42.77 
 
 
371 aa  272  9e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  43.36 
 
 
358 aa  271  1e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  39.58 
 
 
390 aa  271  2e-71  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  43.36 
 
 
359 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  48.05 
 
 
355 aa  270  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  38.34 
 
 
410 aa  270  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  42.82 
 
 
431 aa  269  5e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  44.33 
 
 
417 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.94 
 
 
408 aa  269  7e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  42.6 
 
 
413 aa  268  1e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  44.33 
 
 
449 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  48.81 
 
 
466 aa  267  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.06 
 
 
414 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  41.3 
 
 
436 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  45.3 
 
 
378 aa  265  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  41.21 
 
 
395 aa  264  2e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 
406 aa  264  2e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  45.11 
 
 
359 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  44.5 
 
 
430 aa  263  4.999999999999999e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 
372 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  43.98 
 
 
417 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  43.08 
 
 
407 aa  260  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  43.84 
 
 
363 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  40.53 
 
 
418 aa  260  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.44 
 
 
407 aa  260  3e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  42.08 
 
 
375 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  41.11 
 
 
429 aa  259  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  40.05 
 
 
430 aa  259  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  41.36 
 
 
435 aa  259  8e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  40.15 
 
 
429 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  42.67 
 
 
435 aa  258  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  39.58 
 
 
385 aa  258  2e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  43.14 
 
 
385 aa  257  2e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  45.35 
 
 
378 aa  257  2e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  41.01 
 
 
429 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  44.74 
 
 
396 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  43.86 
 
 
365 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  45.67 
 
 
374 aa  257  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  44.38 
 
 
378 aa  257  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  44.1 
 
 
381 aa  257  3e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  42.69 
 
 
373 aa  257  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  42.52 
 
 
359 aa  257  3e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 
378 aa  257  3e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  42.22 
 
 
423 aa  256  4e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  38.66 
 
 
385 aa  256  4e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  41.8 
 
 
429 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  41.11 
 
 
432 aa  256  7e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  44.31 
 
 
359 aa  255  1.0000000000000001e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>