More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1616 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  100 
 
 		 409 aa  841    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  64.62 
 
 		 407 aa  536  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  60.84 
 
 		 409 aa  529  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  61.58 
 
 		 409 aa  527  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  62.35 
 
 		 410 aa  523  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  63.46 
 
 		 408 aa  521  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  60.59 
 
 		 409 aa  514  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  59.37 
 
 		 411 aa  512  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  64.13 
 
 		 413 aa  501  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  58.97 
 
 		 410 aa  503  1e-141  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  42.74 
 
 		 395 aa  300  3e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  41.53 
 
 		 412 aa  299  6e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  42.12 
 
 		 399 aa  296  3e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 		 425 aa  293  5e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 		 384 aa  290  4e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 397 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40.36 
 
 		 386 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  43.42 
 
 		 385 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  43.5 
 
 		 481 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  39.69 
 
 		 410 aa  279  6e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  41.93 
 
 		 400 aa  278  9e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  40.16 
 
 		 410 aa  278  9e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  40.31 
 
 		 395 aa  270  5e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 399 aa  269  5e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  39.85 
 
 		 418 aa  268  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  39.59 
 
 		 418 aa  266  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 		 426 aa  265  7e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.16 
 
 		 419 aa  264  2e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  39.85 
 
 		 402 aa  265  2e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.69 
 
 		 408 aa  263  3e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  39.85 
 
 		 418 aa  263  4e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  39.59 
 
 		 409 aa  263  4.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  37.24 
 
 		 417 aa  260  3e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  39.55 
 
 		 380 aa  260  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 		 419 aa  259  5.0000000000000005e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  39.09 
 
 		 422 aa  259  8e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  38.14 
 
 		 399 aa  256  5e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 420 aa  256  6e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.82 
 
 		 415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2364  DNA-directed DNA polymerase  39.39 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.259486  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  41.06 
 
 		 363 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 424 aa  253  5.000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  40.47 
 
 		 378 aa  253  5.000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  36.25 
 
 		 399 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  40.17 
 
 		 371 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  36.26 
 
 		 414 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  36.79 
 
 		 417 aa  249  5e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  40.29 
 
 		 385 aa  248  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.83 
 
 		 393 aa  248  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.21 
 
 		 363 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.26 
 
 		 354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  36.53 
 
 		 423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 430 aa  244  3e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  37.81 
 
 		 423 aa  244  3e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  40.92 
 
 		 368 aa  242  9e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  35.66 
 
 		 425 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.12 
 
 		 414 aa  241  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  37.85 
 
 		 372 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  39.88 
 
 		 378 aa  239  9e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  36.27 
 
 		 417 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 408 aa  238  1e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  36.13 
 
 		 391 aa  237  2e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  39.11 
 
 		 355 aa  238  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  34.1 
 
 		 408 aa  237  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  38.68 
 
 		 359 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  36.27 
 
 		 449 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  39.48 
 
 		 356 aa  236  6e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 390 aa  235  9e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  36.79 
 
 		 430 aa  235  9e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 		 406 aa  235  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  39 
 
 		 365 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  39.77 
 
 		 396 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 		 381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  36.99 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  37.86 
 
 		 364 aa  234  2.0000000000000002e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.84 
 
 		 378 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  35.71 
 
 		 414 aa  234  3e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.84 
 
 		 378 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.45 
 
 		 413 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  38.95 
 
 		 408 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 415 aa  233  6e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  38.95 
 
 		 383 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22180  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.06 
 
 		 432 aa  233  6e-60  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000141857  normal  0.0200421 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  38.95 
 
 		 361 aa  233  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  35.49 
 
 		 417 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  35.09 
 
 		 432 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.82 
 
 		 390 aa  231  1e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  36.62 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  38.61 
 
 		 392 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  38.67 
 
 		 369 aa  232  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 412 aa  231  2e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  38.1 
 
 		 357 aa  231  2e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  40.51 
 
 		 443 aa  231  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  35.7 
 
 		 423 aa  230  4e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  39 
 
 		 359 aa  230  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  38.99 
 
 		 384 aa  229  6e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>