More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4549 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  100 
 
 
419 aa  815    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  63 
 
 
402 aa  468  9.999999999999999e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1021  DNA polymerase IV  62.31 
 
 
401 aa  445  1.0000000000000001e-124  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.6656  normal  0.0517924 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  60.55 
 
 
407 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  60.5 
 
 
424 aa  442  1e-123  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  57.87 
 
 
413 aa  435  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  61.06 
 
 
407 aa  432  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  61.31 
 
 
407 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  61.31 
 
 
407 aa  427  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  56.89 
 
 
405 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  49.62 
 
 
421 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  49.48 
 
 
428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0380  DNA-directed DNA polymerase  52.29 
 
 
358 aa  287  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154021  decreased coverage  0.00759765 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  46.33 
 
 
409 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  43.3 
 
 
399 aa  269  8.999999999999999e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 
408 aa  265  1e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 
399 aa  264  2e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  45.74 
 
 
430 aa  256  5e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 
393 aa  256  6e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  43.26 
 
 
415 aa  256  7e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.39 
 
 
418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  43.78 
 
 
410 aa  253  6e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  43.98 
 
 
419 aa  252  7e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  42.31 
 
 
408 aa  252  9.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  45.69 
 
 
420 aa  251  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  42.96 
 
 
418 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  44.02 
 
 
466 aa  251  2e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 
418 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.97 
 
 
414 aa  245  8e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  43.73 
 
 
431 aa  244  1.9999999999999999e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  41.84 
 
 
410 aa  243  3.9999999999999997e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  43.14 
 
 
419 aa  243  5e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  37.44 
 
 
385 aa  242  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40.49 
 
 
425 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  40.89 
 
 
412 aa  240  4e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  41.01 
 
 
426 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 
397 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  43.44 
 
 
402 aa  239  9e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  40.24 
 
 
430 aa  238  1e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  40.82 
 
 
400 aa  238  2e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  42.7 
 
 
356 aa  238  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  36.32 
 
 
385 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  42.29 
 
 
380 aa  236  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  41.11 
 
 
378 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.38 
 
 
363 aa  236  8e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  40.83 
 
 
395 aa  235  1.0000000000000001e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  39.33 
 
 
369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  42.62 
 
 
381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 
359 aa  233  6e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  38.75 
 
 
385 aa  232  8.000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  40.53 
 
 
424 aa  230  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.15 
 
 
415 aa  229  5e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  42.57 
 
 
378 aa  229  7e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  42.57 
 
 
378 aa  229  7e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  41.84 
 
 
385 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 
359 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  39.01 
 
 
445 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 
371 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 
422 aa  227  3e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  39.01 
 
 
445 aa  226  5.0000000000000005e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40.87 
 
 
386 aa  226  6e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 
358 aa  226  7e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 
406 aa  226  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  41.37 
 
 
417 aa  225  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  37.5 
 
 
453 aa  225  1e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  36.89 
 
 
364 aa  224  2e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  38.22 
 
 
363 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.99 
 
 
354 aa  224  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  38.17 
 
 
425 aa  224  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  35.82 
 
 
359 aa  224  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  42.49 
 
 
407 aa  223  4.9999999999999996e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  37.78 
 
 
408 aa  223  6e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  38.81 
 
 
396 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  36.15 
 
 
359 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 
834 aa  221  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.7 
 
 
378 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  39.67 
 
 
349 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  37.44 
 
 
384 aa  219  5e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  38.78 
 
 
365 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  40.47 
 
 
353 aa  219  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  42.86 
 
 
362 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 
373 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  38.02 
 
 
429 aa  218  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  35.55 
 
 
408 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  39.78 
 
 
354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  40.5 
 
 
373 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  37.66 
 
 
430 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  35.57 
 
 
372 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  36.13 
 
 
367 aa  217  2.9999999999999998e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  46 
 
 
349 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  42.41 
 
 
404 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  36.97 
 
 
413 aa  216  5e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.32 
 
 
409 aa  216  5.9999999999999996e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  41.45 
 
 
374 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  42.41 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  40.28 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  40 
 
 
392 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  42.41 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  37.85 
 
 
361 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  42.41 
 
 
400 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>