More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2808 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  92.33 
 
 		 417 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  92.33 
 
 		 449 aa  775    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  100 
 
 		 417 aa  832    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  70.92 
 
 		 423 aa  614  1e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  69.3 
 
 		 417 aa  605  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  69.3 
 
 		 417 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  61.2 
 
 		 423 aa  474  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  57.52 
 
 		 445 aa  465  9.999999999999999e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  57.52 
 
 		 445 aa  464  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  55.34 
 
 		 453 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  56.93 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  54.96 
 
 		 431 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  57 
 
 		 436 aa  439  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  55.45 
 
 		 431 aa  438  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  57.31 
 
 		 432 aa  436  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  55.83 
 
 		 430 aa  435  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  54.96 
 
 		 436 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  56.25 
 
 		 429 aa  422  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  54.24 
 
 		 429 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  54.83 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  53.03 
 
 		 435 aa  412  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  55.92 
 
 		 435 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  52.52 
 
 		 431 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  53.08 
 
 		 418 aa  411  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  54.11 
 
 		 425 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  54.59 
 
 		 425 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  55.36 
 
 		 415 aa  398  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  52.17 
 
 		 429 aa  394  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  52.07 
 
 		 429 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  52.66 
 
 		 429 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  50.72 
 
 		 411 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  52.63 
 
 		 421 aa  342  7e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 		 410 aa  275  8e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  38.28 
 
 		 393 aa  270  5e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  41.88 
 
 		 384 aa  269  5.9999999999999995e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 385 aa  268  2e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  41.58 
 
 		 399 aa  259  6e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  45.56 
 
 		 481 aa  259  7e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.75 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  43.8 
 
 		 424 aa  257  3e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  42.35 
 
 		 371 aa  257  3e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  38.58 
 
 		 397 aa  256  6e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  46.8 
 
 		 355 aa  255  9e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.71 
 
 		 415 aa  254  1.0000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  43.07 
 
 		 372 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  44.44 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  45.79 
 
 		 420 aa  253  3e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  41.41 
 
 		 408 aa  254  3e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  40.53 
 
 		 359 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  44.33 
 
 		 422 aa  253  6e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  40.53 
 
 		 425 aa  252  8.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 		 426 aa  252  9.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  44.33 
 
 		 430 aa  252  1e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  42.82 
 
 		 430 aa  252  1e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  44.85 
 
 		 385 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  43.52 
 
 		 399 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 408 aa  249  8e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.83 
 
 		 359 aa  248  2e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  41.67 
 
 		 406 aa  246  8e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  45.13 
 
 		 356 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  44.19 
 
 		 418 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  41.64 
 
 		 371 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  44.06 
 
 		 354 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  43.9 
 
 		 402 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  42.3 
 
 		 386 aa  244  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.9 
 
 		 418 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  46.4 
 
 		 352 aa  243  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  46.8 
 
 		 360 aa  243  5e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  43.38 
 
 		 466 aa  242  7e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  41.06 
 
 		 358 aa  242  9e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 412 aa  239  4e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  43.79 
 
 		 378 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  43.24 
 
 		 373 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.9 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  41.24 
 
 		 369 aa  238  2e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  43.18 
 
 		 380 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  44.28 
 
 		 378 aa  236  7e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  46.8 
 
 		 349 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  40.16 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40.16 
 
 		 378 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  42.45 
 
 		 419 aa  234  3e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  46.52 
 
 		 349 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  39.28 
 
 		 413 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  41.43 
 
 		 385 aa  233  6e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.49 
 
 		 409 aa  233  7.000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  43.54 
 
 		 374 aa  232  1e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  44.08 
 
 		 383 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  44.08 
 
 		 361 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  44.08 
 
 		 408 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  42.35 
 
 		 375 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 360 aa  231  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.73 
 
 		 419 aa  229  5e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  43.62 
 
 		 379 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.9 
 
 		 414 aa  229  7e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  37.89 
 
 		 385 aa  229  8e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  41.3 
 
 		 353 aa  229  8e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  43.63 
 
 		 354 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  42.86 
 
 		 360 aa  228  2e-58  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>