More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3857 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  100 
 
 
432 aa  860    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  64.73 
 
 
436 aa  518  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  63.46 
 
 
431 aa  514  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  63.94 
 
 
431 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  61.61 
 
 
431 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  61.86 
 
 
432 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  63.13 
 
 
429 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  62.41 
 
 
430 aa  498  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  61.3 
 
 
445 aa  493  9.999999999999999e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  61.76 
 
 
428 aa  492  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  61.3 
 
 
445 aa  494  9.999999999999999e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  61.2 
 
 
453 aa  490  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  61 
 
 
429 aa  484  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  59.29 
 
 
429 aa  484  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  60.53 
 
 
423 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  59.52 
 
 
435 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  57.89 
 
 
429 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  61.43 
 
 
415 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  59.63 
 
 
429 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  60.52 
 
 
435 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  59.06 
 
 
425 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  58.59 
 
 
425 aa  457  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  57.59 
 
 
436 aa  452  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  57.79 
 
 
417 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  57.31 
 
 
417 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  57.79 
 
 
449 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  54.07 
 
 
423 aa  433  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  53.38 
 
 
418 aa  424  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  53.98 
 
 
417 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  54.92 
 
 
417 aa  411  1e-113  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  54.4 
 
 
421 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  51.43 
 
 
411 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  40.1 
 
 
393 aa  280  5e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 
408 aa  271  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.93 
 
 
415 aa  266  5.999999999999999e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 
425 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  42.44 
 
 
424 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.73 
 
 
399 aa  252  9.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  41.34 
 
 
410 aa  252  1e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  44.77 
 
 
419 aa  249  6e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  44.73 
 
 
385 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  43.7 
 
 
430 aa  249  9e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 
371 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  40.31 
 
 
408 aa  246  4.9999999999999997e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  45.35 
 
 
419 aa  246  6e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  43.81 
 
 
386 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  42.27 
 
 
430 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.71 
 
 
426 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  42.42 
 
 
409 aa  244  3e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  40.68 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  42.3 
 
 
422 aa  242  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  39.01 
 
 
384 aa  241  1e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 
408 aa  242  1e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  34.96 
 
 
389 aa  241  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.61 
 
 
418 aa  239  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.89 
 
 
418 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  43.03 
 
 
481 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  43.7 
 
 
466 aa  237  3e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.64 
 
 
418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  43.26 
 
 
399 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  41.83 
 
 
369 aa  236  7e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  41.72 
 
 
380 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.71 
 
 
414 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  42.05 
 
 
410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 
378 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  40.46 
 
 
354 aa  234  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40.86 
 
 
378 aa  234  3e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.42 
 
 
363 aa  234  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 
358 aa  232  8.000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  42.36 
 
 
406 aa  232  8.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  42.9 
 
 
356 aa  232  9e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  39.41 
 
 
385 aa  232  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  37.46 
 
 
372 aa  231  2e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 
412 aa  231  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  41.47 
 
 
357 aa  230  3e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  42.34 
 
 
402 aa  230  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  42.01 
 
 
378 aa  229  8e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  41.45 
 
 
369 aa  228  1e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  41.18 
 
 
357 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  46.41 
 
 
348 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  39.26 
 
 
395 aa  226  4e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.4 
 
 
407 aa  225  1e-57  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.82 
 
 
413 aa  225  1e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  41.42 
 
 
352 aa  225  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  41.59 
 
 
358 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  42.12 
 
 
355 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.62 
 
 
409 aa  224  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  39.05 
 
 
352 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  40.91 
 
 
420 aa  223  4e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  39.83 
 
 
356 aa  223  4e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  39.05 
 
 
357 aa  223  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  45.27 
 
 
463 aa  223  6e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  41.56 
 
 
407 aa  222  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  39 
 
 
373 aa  222  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  35.77 
 
 
385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  39.59 
 
 
364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  36.69 
 
 
359 aa  219  7e-56  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  42.37 
 
 
362 aa  219  7.999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  38.72 
 
 
407 aa  218  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  42.35 
 
 
405 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>