More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1654 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  100 
 
 		 407 aa  796    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1021  DNA polymerase IV  64.74 
 
 		 401 aa  471  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.6656  normal  0.0517924 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  63.28 
 
 		 402 aa  471  1e-132  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  64.41 
 
 		 424 aa  468  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  66 
 
 		 407 aa  454  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  63.25 
 
 		 413 aa  451  1e-125  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  65.75 
 
 		 407 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  65.75 
 
 		 407 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  60.35 
 
 		 419 aa  442  1e-123  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  60 
 
 		 405 aa  438  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0380  DNA-directed DNA polymerase  54.44 
 
 		 358 aa  312  6.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.154021  decreased coverage  0.00759765 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  48.72 
 
 		 421 aa  309  5e-83  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  46.55 
 
 		 428 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  45.48 
 
 		 420 aa  283  4.0000000000000003e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  45.85 
 
 		 430 aa  281  2e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  50.5 
 
 		 419 aa  276  5e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  45.43 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  49.83 
 
 		 419 aa  271  2e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  44.42 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.39 
 
 		 399 aa  262  6.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  44.84 
 
 		 399 aa  259  8e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  42.93 
 
 		 409 aa  257  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  45.26 
 
 		 406 aa  256  5e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  44.81 
 
 		 422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.09 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  40.98 
 
 		 397 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  42.74 
 
 		 415 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  43.08 
 
 		 410 aa  250  3e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.5 
 
 		 418 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  46.21 
 
 		 407 aa  248  1e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.58 
 
 		 418 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.75 
 
 		 418 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  43.81 
 
 		 402 aa  247  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.55 
 
 		 393 aa  248  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  42.29 
 
 		 466 aa  246  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  41.22 
 
 		 431 aa  244  1.9999999999999999e-63  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  42.56 
 
 		 385 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 412 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  39.85 
 
 		 408 aa  243  3.9999999999999997e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.7 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 425 aa  239  8e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  43.47 
 
 		 424 aa  239  9e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  41.54 
 
 		 417 aa  236  6e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 395 aa  236  7e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  37.53 
 
 		 385 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  37.56 
 
 		 426 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.06 
 
 		 380 aa  233  3e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.89 
 
 		 407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 		 408 aa  232  9e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  37.34 
 
 		 431 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  37.22 
 
 		 369 aa  230  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  38.7 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  40.23 
 
 		 375 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  37.22 
 
 		 413 aa  229  7e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.78 
 
 		 378 aa  229  7e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.78 
 
 		 378 aa  229  7e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  34.82 
 
 		 364 aa  229  8e-59  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  38.32 
 
 		 436 aa  229  9e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  39 
 
 		 381 aa  228  1e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  41.64 
 
 		 481 aa  227  3e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  38.82 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 373 aa  227  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 363 aa  227  3e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  36.08 
 
 		 445 aa  227  4e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  35.84 
 
 		 359 aa  226  4e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.64 
 
 		 409 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  35.84 
 
 		 453 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  34.2 
 
 		 359 aa  226  7e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  40.46 
 
 		 834 aa  226  8e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  36.08 
 
 		 445 aa  225  9e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  37.89 
 
 		 423 aa  225  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  35.84 
 
 		 371 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  34.41 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  38.73 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.79 
 
 		 386 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  36.76 
 
 		 429 aa  223  3e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  36.27 
 
 		 384 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  35.16 
 
 		 372 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  39.59 
 
 		 395 aa  220  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  35.66 
 
 		 435 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  36.36 
 
 		 363 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  37.12 
 
 		 425 aa  220  3e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  38.18 
 
 		 413 aa  220  3.9999999999999997e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  37.66 
 
 		 418 aa  220  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.18 
 
 		 374 aa  219  5e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  35.55 
 
 		 431 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  37.03 
 
 		 357 aa  219  1e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  38.72 
 
 		 432 aa  218  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  36.53 
 
 		 429 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  38.24 
 
 		 378 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  37.39 
 
 		 359 aa  217  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  35.34 
 
 		 431 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.34 
 
 		 409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  36.71 
 
 		 385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  38.4 
 
 		 353 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  39.33 
 
 		 354 aa  216  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40 
 
 		 489 aa  216  8e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  38.31 
 
 		 356 aa  215  9.999999999999999e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  37.75 
 
 		 352 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>