More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0963 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  100 
 
 		 395 aa  813    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 393 aa  280  5e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  37.43 
 
 		 419 aa  264  2e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 385 aa  262  8.999999999999999e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  37.34 
 
 		 419 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  36.5 
 
 		 406 aa  259  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  38.18 
 
 		 418 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.05 
 
 		 399 aa  257  3e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  39.95 
 
 		 389 aa  256  4e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  38.18 
 
 		 418 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 		 425 aa  253  5.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.12 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  37.4 
 
 		 410 aa  250  2e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  35.14 
 
 		 410 aa  249  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  36.87 
 
 		 408 aa  249  5e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  36.96 
 
 		 399 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  36.06 
 
 		 397 aa  247  3e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  34.78 
 
 		 407 aa  247  3e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 		 412 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.14 
 
 		 426 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  35.4 
 
 		 420 aa  244  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  35.58 
 
 		 402 aa  243  6e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 408 aa  242  6e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  34.28 
 
 		 424 aa  242  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  36.25 
 
 		 402 aa  240  2.9999999999999997e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  35.22 
 
 		 417 aa  240  4e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  40.06 
 
 		 365 aa  239  8e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  38.64 
 
 		 378 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  38.64 
 
 		 378 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.82 
 
 		 386 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  38.87 
 
 		 834 aa  236  4e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  35.06 
 
 		 408 aa  236  4e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  33.33 
 
 		 407 aa  236  7e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.13 
 
 		 433 aa  235  9e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  35.86 
 
 		 409 aa  233  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  37.03 
 
 		 356 aa  234  3e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.37 
 
 		 371 aa  232  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  35.71 
 
 		 466 aa  232  1e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.35 
 
 		 409 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  32.64 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 		 430 aa  230  3e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 		 430 aa  229  6e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  34.09 
 
 		 355 aa  229  8e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0687  DNA-directed DNA polymerase  39.61 
 
 		 444 aa  229  9e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000344848  hitchhiker  0.00527115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 385 aa  229  9e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  34.87 
 
 		 384 aa  228  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  38.35 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 		 374 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  33.77 
 
 		 417 aa  228  2e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  35.55 
 
 		 425 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  39.24 
 
 		 356 aa  226  6e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  39.24 
 
 		 356 aa  226  6e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  34.72 
 
 		 407 aa  226  6e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  34.19 
 
 		 422 aa  225  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 380 aa  224  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  36.67 
 
 		 363 aa  224  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  39.93 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 421 aa  223  4e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.05 
 
 		 414 aa  223  7e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  37.09 
 
 		 385 aa  222  9e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  37.08 
 
 		 390 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  35.83 
 
 		 408 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  37.75 
 
 		 385 aa  222  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  34.44 
 
 		 413 aa  221  9.999999999999999e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  37.08 
 
 		 391 aa  222  9.999999999999999e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  36.06 
 
 		 359 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  35.78 
 
 		 368 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  36.03 
 
 		 390 aa  219  8.999999999999998e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  34.41 
 
 		 424 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1555  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 422 aa  217  2e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558973  normal  0.0210398 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  35.93 
 
 		 376 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.49 
 
 		 454 aa  218  2e-55  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  36.5 
 
 		 449 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  36.5 
 
 		 417 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  34.63 
 
 		 407 aa  216  5e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  38.61 
 
 		 368 aa  216  5.9999999999999996e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3609  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 		 405 aa  216  8e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.448364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  39.34 
 
 		 404 aa  216  8e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  33.77 
 
 		 423 aa  216  8e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  36.67 
 
 		 407 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  36.67 
 
 		 407 aa  215  9e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  36.31 
 
 		 356 aa  213  2.9999999999999995e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  34.27 
 
 		 359 aa  213  2.9999999999999995e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  36.18 
 
 		 378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  33.25 
 
 		 409 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3810  DNA polymerase IV  35.01 
 
 		 428 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0803828  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  35.73 
 
 		 359 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  37.1 
 
 		 359 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.76 
 
 		 409 aa  212  9e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  35.67 
 
 		 413 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  36.95 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  35.22 
 
 		 385 aa  210  3e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  35.78 
 
 		 481 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  36.49 
 
 		 443 aa  211  3e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  35.43 
 
 		 381 aa  210  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 373 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  36.9 
 
 		 365 aa  210  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  34.82 
 
 		 361 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>