More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1400 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  100 
 
 		 449 aa  899    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  92.33 
 
 		 417 aa  775    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  100 
 
 		 417 aa  833    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  72.1 
 
 		 423 aa  622  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  70.02 
 
 		 417 aa  607  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  68.11 
 
 		 417 aa  551  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  61.93 
 
 		 423 aa  479  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  56.37 
 
 		 445 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  56.37 
 
 		 445 aa  463  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  55.9 
 
 		 453 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  57.14 
 
 		 436 aa  449  1e-125  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  56.17 
 
 		 436 aa  443  1e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  56.83 
 
 		 428 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  55.29 
 
 		 431 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  54.81 
 
 		 431 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  57.79 
 
 		 432 aa  438  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  55.02 
 
 		 430 aa  437  1e-121  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  54.2 
 
 		 429 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  53.77 
 
 		 435 aa  421  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  56.01 
 
 		 429 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  54.31 
 
 		 432 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  52.94 
 
 		 418 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  53.38 
 
 		 431 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  56.09 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  54.59 
 
 		 425 aa  403  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  55.07 
 
 		 425 aa  403  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  52.43 
 
 		 429 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  55.86 
 
 		 415 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  51.8 
 
 		 429 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  52.04 
 
 		 429 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  50.24 
 
 		 411 aa  367  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  51.84 
 
 		 421 aa  339  5e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 		 410 aa  276  6e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  41.73 
 
 		 384 aa  270  5e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  47.94 
 
 		 355 aa  268  2e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 393 aa  268  2e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  39.38 
 
 		 385 aa  264  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.3 
 
 		 408 aa  262  8e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  42.94 
 
 		 371 aa  262  8e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  43.07 
 
 		 372 aa  260  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  39.37 
 
 		 397 aa  259  6e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.87 
 
 		 426 aa  259  6e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  41.32 
 
 		 425 aa  258  1e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  45.56 
 
 		 481 aa  258  2e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  45.77 
 
 		 420 aa  256  5e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37.01 
 
 		 389 aa  255  9e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  43.27 
 
 		 424 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.79 
 
 		 399 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  44.71 
 
 		 363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  44.3 
 
 		 399 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 369 aa  253  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  44.97 
 
 		 356 aa  253  6e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  41.59 
 
 		 359 aa  252  8.000000000000001e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  41.43 
 
 		 408 aa  252  8.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  41.62 
 
 		 408 aa  252  9.000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 371 aa  252  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  44.64 
 
 		 354 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  42.44 
 
 		 415 aa  249  6e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  43.08 
 
 		 386 aa  249  6e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  46.44 
 
 		 360 aa  249  1e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  45.27 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  41.72 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  45.56 
 
 		 408 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  43.99 
 
 		 373 aa  247  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  45.56 
 
 		 383 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  45.56 
 
 		 361 aa  247  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  45.1 
 
 		 379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  47.91 
 
 		 349 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  42.71 
 
 		 430 aa  246  6e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  44.33 
 
 		 385 aa  246  6e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  42.33 
 
 		 417 aa  246  6e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  45.09 
 
 		 352 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  44.26 
 
 		 466 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  43.27 
 
 		 430 aa  244  3e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  48.42 
 
 		 349 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  43.4 
 
 		 375 aa  243  5e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  41.47 
 
 		 358 aa  243  7e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  43.27 
 
 		 422 aa  242  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.01 
 
 		 418 aa  242  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  43.49 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  42.75 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  43.01 
 
 		 402 aa  241  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  43.2 
 
 		 380 aa  240  4e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  41.71 
 
 		 834 aa  239  6.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  41.24 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  41.24 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  44.81 
 
 		 405 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  45.87 
 
 		 363 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  44.67 
 
 		 378 aa  238  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  41.9 
 
 		 419 aa  238  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.27 
 
 		 409 aa  237  3e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  43.7 
 
 		 392 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 		 406 aa  236  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  44.51 
 
 		 407 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  42.49 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  43.34 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  43.19 
 
 		 359 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  44.51 
 
 		 429 aa  234  3e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  43.36 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>