More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0937 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 436 aa  865    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  64.9 
 
 		 396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  56.22 
 
 		 437 aa  454  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  56.25 
 
 		 413 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  62.11 
 
 		 388 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  63 
 
 		 384 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  58.22 
 
 		 432 aa  448  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  59.21 
 
 		 425 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  56.92 
 
 		 422 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  58.31 
 
 		 403 aa  447  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  56.88 
 
 		 416 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  59.15 
 
 		 387 aa  439  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  60.81 
 
 		 385 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  61.35 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  60.37 
 
 		 385 aa  436  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  56.57 
 
 		 385 aa  429  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  52.05 
 
 		 431 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  58.58 
 
 		 399 aa  422  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  57.41 
 
 		 381 aa  419  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.78 
 
 		 425 aa  242  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  38.74 
 
 		 354 aa  242  9e-63  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  40.86 
 
 		 466 aa  237  3e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  39.1 
 
 		 426 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  39.63 
 
 		 834 aa  228  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  38.27 
 
 		 409 aa  227  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 408 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  40.72 
 
 		 370 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 		 385 aa  224  3e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 		 430 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  41.42 
 
 		 410 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 		 397 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.92 
 
 		 393 aa  219  7.999999999999999e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  39.51 
 
 		 481 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  39.67 
 
 		 386 aa  216  5e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 420 aa  215  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  37.6 
 
 		 368 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.34 
 
 		 415 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  42.12 
 
 		 406 aa  215  1.9999999999999998e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  38.25 
 
 		 419 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  40.54 
 
 		 418 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  34.06 
 
 		 389 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.49 
 
 		 409 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  40.27 
 
 		 418 aa  213  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  42.62 
 
 		 448 aa  212  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  38.34 
 
 		 376 aa  212  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  36.46 
 
 		 378 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  36.46 
 
 		 378 aa  212  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  36.59 
 
 		 367 aa  211  2e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 		 430 aa  211  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 		 424 aa  210  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.13 
 
 		 399 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  41.16 
 
 		 422 aa  211  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 355 aa  211  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.08 
 
 		 412 aa  210  5e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  32.97 
 
 		 385 aa  210  5e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.15 
 
 		 415 aa  209  8e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  37.32 
 
 		 421 aa  208  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  38.02 
 
 		 419 aa  208  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  35.23 
 
 		 372 aa  207  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  36.46 
 
 		 408 aa  207  4e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  40.71 
 
 		 360 aa  206  5e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.91 
 
 		 413 aa  206  5e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 418 aa  206  7e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  36.89 
 
 		 380 aa  205  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  35.15 
 
 		 390 aa  204  2e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  39.57 
 
 		 399 aa  205  2e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.22 
 
 		 425 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  35.22 
 
 		 409 aa  204  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  34.6 
 
 		 391 aa  204  4e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  38.96 
 
 		 402 aa  203  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  38.42 
 
 		 432 aa  202  8e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  34.88 
 
 		 378 aa  202  8e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 369 aa  202  9e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.05 
 
 		 390 aa  202  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  38.34 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  34.52 
 
 		 380 aa  201  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  39.78 
 
 		 417 aa  201  3e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  34.42 
 
 		 364 aa  200  3.9999999999999996e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  38.23 
 
 		 353 aa  200  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  36.12 
 
 		 410 aa  199  6e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  35.81 
 
 		 429 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  36.41 
 
 		 354 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  34.82 
 
 		 385 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  34.37 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  35.95 
 
 		 413 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  36.1 
 
 		 410 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  35.15 
 
 		 363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 		 463 aa  198  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  37.23 
 
 		 429 aa  197  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  36.61 
 
 		 374 aa  197  3e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  34.44 
 
 		 414 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  37.6 
 
 		 407 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  33.96 
 
 		 371 aa  196  6e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  38.19 
 
 		 385 aa  196  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  38.96 
 
 		 356 aa  196  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 384 aa  196  9e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  35.6 
 
 		 365 aa  196  1e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  39.81 
 
 		 348 aa  195  2e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  32.17 
 
 		 410 aa  195  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  34.41 
 
 		 411 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>