More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3545 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  100 
 
 		 393 aa  792    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  78.65 
 
 		 388 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  76.36 
 
 		 384 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  70.57 
 
 		 385 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  63.56 
 
 		 387 aa  481  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  66.39 
 
 		 385 aa  474  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  67.85 
 
 		 396 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  63.11 
 
 		 385 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  61.35 
 
 		 436 aa  438  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  58.49 
 
 		 381 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  57.69 
 
 		 403 aa  437  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  58.35 
 
 		 437 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  59.42 
 
 		 416 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  57.82 
 
 		 432 aa  428  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  56.12 
 
 		 422 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  57.58 
 
 		 431 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  58.16 
 
 		 399 aa  421  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  56.43 
 
 		 413 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  58.05 
 
 		 425 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  37.78 
 
 		 354 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  39.12 
 
 		 378 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  40.38 
 
 		 385 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  38.16 
 
 		 368 aa  216  8e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  39.15 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  38.61 
 
 		 378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  38.61 
 
 		 378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  35.18 
 
 		 426 aa  211  1e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  38.34 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  36.31 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  38.67 
 
 		 378 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  35.16 
 
 		 367 aa  209  9e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  39.07 
 
 		 381 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  35.12 
 
 		 425 aa  207  3e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  37.06 
 
 		 418 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  37.12 
 
 		 365 aa  206  5e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 		 360 aa  205  1e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  36.49 
 
 		 389 aa  204  2e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  36.77 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  36.59 
 
 		 419 aa  202  8e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  36.34 
 
 		 424 aa  202  9e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  37.77 
 
 		 417 aa  202  9e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 384 aa  202  9e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  34.92 
 
 		 408 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  37.86 
 
 		 430 aa  201  1.9999999999999998e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  35.83 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  37.98 
 
 		 406 aa  200  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  38.19 
 
 		 430 aa  200  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.61 
 
 		 415 aa  199  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  35.52 
 
 		 481 aa  199  9e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  34.99 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  37.81 
 
 		 410 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 834 aa  197  2.0000000000000003e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.73 
 
 		 409 aa  197  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  35.97 
 
 		 419 aa  197  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  36.29 
 
 		 376 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  35.64 
 
 		 418 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 		 371 aa  196  5.000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 		 412 aa  196  7e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  35.95 
 
 		 418 aa  195  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  35.89 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  35.23 
 
 		 420 aa  194  2e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  34.04 
 
 		 371 aa  194  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.07 
 
 		 407 aa  194  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  35.64 
 
 		 425 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  36.94 
 
 		 353 aa  194  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  33.61 
 
 		 372 aa  194  3e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  33.93 
 
 		 391 aa  193  4e-48  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  35.87 
 
 		 362 aa  193  5e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  37.2 
 
 		 356 aa  192  9e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  37.06 
 
 		 422 aa  191  1e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  33.87 
 
 		 369 aa  192  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.5 
 
 		 390 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  35.23 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  34.7 
 
 		 399 aa  190  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  33.6 
 
 		 364 aa  190  4e-47  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  35.26 
 
 		 359 aa  189  5e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  31.99 
 
 		 410 aa  189  5.999999999999999e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  33.42 
 
 		 390 aa  189  7e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  34.99 
 
 		 466 aa  188  1e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  34.72 
 
 		 414 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  35.31 
 
 		 395 aa  187  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  33.06 
 
 		 361 aa  187  3e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  34.5 
 
 		 413 aa  186  5e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  34.73 
 
 		 386 aa  186  5e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  35.95 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  35.6 
 
 		 399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  32.05 
 
 		 412 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  32.33 
 
 		 412 aa  184  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  35.33 
 
 		 421 aa  184  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  36.74 
 
 		 463 aa  184  3e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  34.15 
 
 		 359 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  35.09 
 
 		 380 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  33.25 
 
 		 400 aa  183  4.0000000000000006e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  31.77 
 
 		 360 aa  183  4.0000000000000006e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 		 393 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  33.51 
 
 		 359 aa  183  6e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 413 aa  182  8.000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  32.69 
 
 		 397 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  36.1 
 
 		 415 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>