More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3374 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  100 
 
 		 385 aa  791    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  76.2 
 
 		 363 aa  549  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  73.45 
 
 		 365 aa  529  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  69.35 
 
 		 378 aa  524  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  66.38 
 
 		 354 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  63.82 
 
 		 396 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  64.87 
 
 		 359 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  64.49 
 
 		 373 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  60.61 
 
 		 363 aa  433  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  58.64 
 
 		 359 aa  415  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  59.72 
 
 		 381 aa  416  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  57.63 
 
 		 375 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  57.22 
 
 		 373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  56.46 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  58.21 
 
 		 378 aa  400  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  55.44 
 
 		 380 aa  399  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  56.98 
 
 		 360 aa  391  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  59.65 
 
 		 368 aa  382  1e-105  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  54.57 
 
 		 376 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  53.17 
 
 		 371 aa  363  2e-99  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  53.78 
 
 		 372 aa  353  4e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  55.34 
 
 		 355 aa  348  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  49.07 
 
 		 371 aa  347  2e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  54.26 
 
 		 353 aa  347  3e-94  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  52.09 
 
 		 330 aa  345  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  52.2 
 
 		 358 aa  344  2e-93  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  51.58 
 
 		 356 aa  340  2e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  49.02 
 
 		 378 aa  335  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  49.02 
 
 		 378 aa  335  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 359 aa  332  6e-90  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 369 aa  328  9e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  49.58 
 
 		 357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  49.43 
 
 		 374 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  49 
 
 		 359 aa  318  9e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  72.64 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  51.16 
 
 		 356 aa  310  2.9999999999999997e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  50 
 
 		 359 aa  308  6.999999999999999e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  50.14 
 
 		 369 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  44.06 
 
 		 364 aa  294  2e-78  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  47.79 
 
 		 356 aa  291  1e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  46.2 
 
 		 369 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  46.33 
 
 		 466 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  45.1 
 
 		 357 aa  286  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  45.69 
 
 		 362 aa  286  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  46.65 
 
 		 355 aa  286  5e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  52.16 
 
 		 358 aa  285  9e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  44.93 
 
 		 399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  46.99 
 
 		 389 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  46.35 
 
 		 392 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  46.09 
 
 		 355 aa  284  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  48.25 
 
 		 354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  47.66 
 
 		 354 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  48.25 
 
 		 354 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 357 aa  282  6.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  48.54 
 
 		 354 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  51.83 
 
 		 358 aa  282  7.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  46.09 
 
 		 357 aa  281  1e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  42.69 
 
 		 367 aa  281  1e-74  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  51.5 
 
 		 358 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  51.99 
 
 		 379 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  51.83 
 
 		 358 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 383 aa  279  5e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 408 aa  279  6e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 361 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  51.5 
 
 		 359 aa  278  9e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  47.18 
 
 		 352 aa  276  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  46.3 
 
 		 364 aa  276  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  45.8 
 
 		 429 aa  275  8e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 404 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  49.01 
 
 		 352 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  44.79 
 
 		 405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  46.33 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  44.13 
 
 		 379 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  47.11 
 
 		 358 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  50.5 
 
 		 360 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  45.51 
 
 		 403 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  46.92 
 
 		 354 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  47.18 
 
 		 349 aa  272  7e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  45.43 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  43.85 
 
 		 352 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  45.21 
 
 		 357 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  46.13 
 
 		 364 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  45.43 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 		 426 aa  271  1e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  46.63 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  48.18 
 
 		 352 aa  270  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  45.35 
 
 		 358 aa  270  4e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  49.17 
 
 		 359 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  49.17 
 
 		 359 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  48.36 
 
 		 352 aa  269  5e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  44.51 
 
 		 407 aa  269  5e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  43.54 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 351 aa  269  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  47.67 
 
 		 351 aa  269  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  44.9 
 
 		 355 aa  269  8e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>