More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3703 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  100 
 
 		 362 aa  712    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  58.54 
 
 		 353 aa  396  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2021  DNA polymerase IV  57.47 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  58.09 
 
 		 394 aa  368  1e-101  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3067  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 351 aa  369  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4310  DNA polymerase IV  51.29 
 
 		 357 aa  328  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0489  DNA polymerase IV  53.14 
 
 		 344 aa  322  5e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13073  DNA polymerase IV  49.86 
 
 		 346 aa  318  7e-86  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.498558 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1812  DNA polymerase IV  52.42 
 
 		 355 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1793  DNA polymerase IV  52.42 
 
 		 355 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0624184  normal  0.997558 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1859  DNA polymerase IV  52.42 
 
 		 355 aa  313  1.9999999999999998e-84  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.274046 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2037  DNA polymerase IV  50.42 
 
 		 354 aa  306  3e-82  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279292 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1036  DNA polymerase IV  52.86 
 
 		 353 aa  305  9.000000000000001e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1153  DNA-directed DNA polymerase  46.58 
 
 		 371 aa  274  2.0000000000000002e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0173089  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  40.4 
 
 		 408 aa  212  5.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  37.09 
 
 		 381 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  37.91 
 
 		 385 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  40.67 
 
 		 417 aa  206  5e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 		 410 aa  206  5e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.02 
 
 		 393 aa  204  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  40.46 
 
 		 424 aa  204  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  36.99 
 
 		 385 aa  204  3e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  37.57 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.46 
 
 		 414 aa  202  9e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  40.62 
 
 		 402 aa  201  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.23 
 
 		 419 aa  200  3e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  37.64 
 
 		 408 aa  200  3e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  40.29 
 
 		 422 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  39.27 
 
 		 360 aa  199  7.999999999999999e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  31.4 
 
 		 345 aa  199  7.999999999999999e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  37.9 
 
 		 388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.36 
 
 		 420 aa  195  1e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  34.39 
 
 		 403 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  35.87 
 
 		 393 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  34.89 
 
 		 384 aa  192  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 374 aa  191  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  38.57 
 
 		 410 aa  192  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  36.19 
 
 		 387 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  34.88 
 
 		 367 aa  191  1e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 390 aa  191  1e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  37.83 
 
 		 396 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2961  DNA-directed DNA polymerase  30.42 
 
 		 356 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000066201  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  33.61 
 
 		 391 aa  189  5e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.07 
 
 		 419 aa  189  7e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  34.73 
 
 		 390 aa  189  9e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  36.44 
 
 		 378 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  37.61 
 
 		 354 aa  188  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  35.96 
 
 		 363 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  31.69 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.93 
 
 		 415 aa  186  4e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  35.2 
 
 		 436 aa  186  7e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 		 409 aa  186  8e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  36.72 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  38.9 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 		 418 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  32.77 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  38.57 
 
 		 406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  33.62 
 
 		 410 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  35.33 
 
 		 385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  36.06 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 		 418 aa  183  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  32.99 
 
 		 431 aa  184  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.73 
 
 		 415 aa  182  6e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  35.59 
 
 		 425 aa  182  7e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40.45 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  40.45 
 
 		 378 aa  181  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  39 
 
 		 834 aa  182  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  32.19 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 		 409 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  33.69 
 
 		 416 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  36.73 
 
 		 396 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  34.39 
 
 		 371 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  34.49 
 
 		 369 aa  180  4e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.38 
 
 		 408 aa  179  9e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  33.33 
 
 		 409 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 		 430 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  32.98 
 
 		 432 aa  177  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  34.4 
 
 		 437 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.2 
 
 		 409 aa  176  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  34.69 
 
 		 380 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  32.85 
 
 		 371 aa  176  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  32.02 
 
 		 368 aa  176  5e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  36.55 
 
 		 397 aa  176  6e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  38.08 
 
 		 407 aa  176  7e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.62 
 
 		 409 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  35.43 
 
 		 370 aa  174  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  35.51 
 
 		 413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  33.24 
 
 		 422 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3095  DNA polymerase IV  43.02 
 
 		 454 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  35.28 
 
 		 365 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  35.03 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3155  DNA polymerase IV  43.02 
 
 		 452 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945689  normal  0.349155 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  35.07 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  32.19 
 
 		 395 aa  173  3.9999999999999995e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  31.1 
 
 		 364 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  35.24 
 
 		 407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  32.89 
 
 		 413 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11570  DNA polymerase IV  41.04 
 
 		 463 aa  173  5e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  38.07 
 
 		 466 aa  173  5e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>