More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5871 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 381 aa  783    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  59.26 
 
 		 385 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  59.68 
 
 		 387 aa  462  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  60.8 
 
 		 396 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  58.36 
 
 		 384 aa  444  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  59.61 
 
 		 388 aa  441  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  59.33 
 
 		 385 aa  435  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  58.24 
 
 		 385 aa  436  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  58.49 
 
 		 393 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  57.85 
 
 		 437 aa  433  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  56.99 
 
 		 431 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  54.64 
 
 		 403 aa  421  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  54.12 
 
 		 416 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  57.41 
 
 		 436 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  55.56 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  57.26 
 
 		 425 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  56.03 
 
 		 399 aa  411  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  54.4 
 
 		 422 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  52.39 
 
 		 413 aa  394  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  35.68 
 
 		 425 aa  242  7.999999999999999e-63  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  37.02 
 
 		 354 aa  236  7e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  36.68 
 
 		 384 aa  219  5e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 		 385 aa  219  5e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 372 aa  216  4e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  35.44 
 
 		 426 aa  216  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  35.66 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  35.66 
 
 		 378 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  36.19 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.01 
 
 		 430 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 374 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0076  DNA-directed DNA polymerase  36.62 
 
 		 577 aa  211  1e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  33.7 
 
 		 389 aa  211  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.5 
 
 		 409 aa  211  2e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.66 
 
 		 415 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  33.78 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  33.6 
 
 		 363 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 		 402 aa  210  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  35.95 
 
 		 463 aa  210  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  34.86 
 
 		 368 aa  209  8e-53  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  37.09 
 
 		 362 aa  208  1e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  34.48 
 
 		 419 aa  207  3e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  35.46 
 
 		 412 aa  207  3e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.01 
 
 		 489 aa  206  5e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  36.57 
 
 		 370 aa  206  6e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  34.88 
 
 		 353 aa  205  1e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  32.4 
 
 		 345 aa  204  3e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  36.46 
 
 		 360 aa  203  5e-51  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  35.34 
 
 		 380 aa  203  5e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  35.54 
 
 		 359 aa  202  6e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  35.7 
 
 		 481 aa  202  7e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  33.98 
 
 		 390 aa  202  8e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  34.71 
 
 		 424 aa  202  8e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  34.33 
 
 		 367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  35.51 
 
 		 430 aa  200  3e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  34.33 
 
 		 418 aa  200  3e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  34.34 
 
 		 369 aa  200  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  33.88 
 
 		 466 aa  200  3e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  34.6 
 
 		 418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  34.33 
 
 		 418 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  34.16 
 
 		 397 aa  199  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  35.79 
 
 		 394 aa  199  6e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  33.43 
 
 		 390 aa  199  6e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  36.24 
 
 		 386 aa  199  7.999999999999999e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  34.05 
 
 		 408 aa  199  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  33.42 
 
 		 419 aa  199  9e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 425 aa  198  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  36.02 
 
 		 356 aa  198  2.0000000000000003e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  32.96 
 
 		 371 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  35.26 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  34.73 
 
 		 365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  34.22 
 
 		 393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  34.83 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.6 
 
 		 458 aa  197  3e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  33.52 
 
 		 414 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  33.43 
 
 		 391 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  34.88 
 
 		 395 aa  196  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  34.24 
 
 		 399 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  33.15 
 
 		 378 aa  196  5.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  32.2 
 
 		 355 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  34.74 
 
 		 422 aa  195  9e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  30.18 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 		 413 aa  194  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  34.42 
 
 		 356 aa  194  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  34.16 
 
 		 355 aa  194  3e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  34.88 
 
 		 410 aa  194  3e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  35.33 
 
 		 354 aa  193  5e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  33.85 
 
 		 357 aa  193  5e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  34.66 
 
 		 834 aa  193  5e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  34.25 
 
 		 364 aa  192  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 410 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11570  DNA polymerase IV  36.67 
 
 		 463 aa  192  8e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  33.7 
 
 		 378 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 411 aa  192  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  33.07 
 
 		 363 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  33.06 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  33.89 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  34.99 
 
 		 392 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  33.88 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.05 
 
 		 408 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>