More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A1234 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A1234  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 396 aa  787    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2067  DNA-directed DNA polymerase  67.02 
 
 		 388 aa  491  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0860005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3123  DNA-directed DNA polymerase  66.76 
 
 		 384 aa  487  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.401966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  61.93 
 
 		 431 aa  485  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0937  DNA-directed DNA polymerase  64.9 
 
 		 436 aa  479  1e-134  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2649  DNA-directed DNA polymerase  62.6 
 
 		 403 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1964  DNA-directed DNA polymerase  61.98 
 
 		 425 aa  479  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.560205  normal  0.0220335 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1323  DNA-directed DNA polymerase  61.01 
 
 		 416 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.308192  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0274  DNA-directed DNA polymerase  63.71 
 
 		 385 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3545  UMUC-like DNA-repair protein  67.85 
 
 		 393 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5287  DNA-directed DNA polymerase  58.75 
 
 		 437 aa  472  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2353  DNA-directed DNA polymerase  58.31 
 
 		 413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.48043  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3696  DNA-directed DNA polymerase  59.85 
 
 		 422 aa  471  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0931583  normal  0.897611 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5871  DNA-directed DNA polymerase  60.8 
 
 		 381 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.937041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0949  DNA-directed DNA polymerase  64.67 
 
 		 385 aa  465  9.999999999999999e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.868276  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3296  DNA-directed DNA polymerase  63.13 
 
 		 399 aa  464  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2123  UMUC-like DNA-repair protein  60.21 
 
 		 387 aa  464  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.48636  hitchhiker  0.00329078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1647  DNA-directed DNA polymerase  59.95 
 
 		 432 aa  460  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0008  DNA-directed DNA polymerase  61.9 
 
 		 385 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  38.92 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  36.87 
 
 		 425 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  37.37 
 
 		 409 aa  223  4e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.84 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3476  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 370 aa  219  6e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0765318  normal  0.0172319 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.2 
 
 		 426 aa  217  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  37.77 
 
 		 466 aa  216  7e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  37.6 
 
 		 418 aa  211  2e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 406 aa  209  5e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  39.74 
 
 		 355 aa  209  7e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  38.27 
 
 		 415 aa  208  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 410 aa  208  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  34.02 
 
 		 393 aa  208  1e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  37.14 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 		 378 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  38.74 
 
 		 419 aa  207  2e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  39.62 
 
 		 380 aa  207  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.82 
 
 		 430 aa  207  2e-52  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  35.48 
 
 		 397 aa  207  2e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  38.64 
 
 		 421 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  34.47 
 
 		 371 aa  206  5e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  37.84 
 
 		 419 aa  205  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 		 481 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  35.23 
 
 		 378 aa  204  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.89 
 
 		 414 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  33.78 
 
 		 389 aa  203  3e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  37.3 
 
 		 424 aa  204  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  34.85 
 
 		 367 aa  203  4e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  37.05 
 
 		 410 aa  203  4e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  35.66 
 
 		 412 aa  203  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  36.39 
 
 		 402 aa  203  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  35.19 
 
 		 368 aa  203  5e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  39.14 
 
 		 376 aa  203  5e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  32.61 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  35.47 
 
 		 407 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  34.94 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  35.56 
 
 		 408 aa  200  3e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  36.04 
 
 		 399 aa  200  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 360 aa  200  3e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  35.42 
 
 		 408 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  38.03 
 
 		 395 aa  200  3.9999999999999996e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  37.36 
 
 		 430 aa  200  3.9999999999999996e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3703  DNA polymerase IV  37.83 
 
 		 362 aa  199  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.260929  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  34.21 
 
 		 363 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  38.38 
 
 		 422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  36.22 
 
 		 834 aa  198  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  37.56 
 
 		 407 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  36.7 
 
 		 381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  36.58 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1686  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  33.82 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  36.96 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  36.32 
 
 		 430 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  34.51 
 
 		 384 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  38.01 
 
 		 418 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  37.74 
 
 		 418 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  32.28 
 
 		 410 aa  197  3e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5822  DNA polymerase IV  38.9 
 
 		 353 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.127311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  32.71 
 
 		 372 aa  197  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 		 418 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  35.2 
 
 		 453 aa  196  8.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  36.22 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3489  DNA-directed DNA polymerase  40.1 
 
 		 394 aa  192  6e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  36.04 
 
 		 359 aa  193  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  38.56 
 
 		 448 aa  192  1e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  33.51 
 
 		 391 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  34.86 
 
 		 429 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  36 
 
 		 429 aa  191  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  32.83 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  35.77 
 
 		 378 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  37.74 
 
 		 410 aa  190  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  37.57 
 
 		 432 aa  189  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  37.17 
 
 		 360 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  34.61 
 
 		 413 aa  189  8e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  34.93 
 
 		 445 aa  189  9e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  36.46 
 
 		 354 aa  189  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  32.99 
 
 		 390 aa  189  9e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  33.7 
 
 		 414 aa  188  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  32.81 
 
 		 369 aa  188  1e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  36.92 
 
 		 423 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>