More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3530 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  100 
 
 		 421 aa  837    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  54.31 
 
 		 445 aa  392  1e-108  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  54.31 
 
 		 445 aa  394  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  54.31 
 
 		 428 aa  389  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  55.09 
 
 		 430 aa  389  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  54.4 
 
 		 432 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  53.26 
 
 		 431 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  53 
 
 		 453 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  53.23 
 
 		 436 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  53.37 
 
 		 431 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  51.78 
 
 		 435 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  51.79 
 
 		 429 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  53.39 
 
 		 432 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  52.48 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  51.43 
 
 		 431 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  52.3 
 
 		 429 aa  361  1e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  50.78 
 
 		 429 aa  356  5e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  49.74 
 
 		 429 aa  348  7e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  51.04 
 
 		 418 aa  348  1e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  52.63 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  51.84 
 
 		 417 aa  340  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  51.84 
 
 		 449 aa  339  5e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  47.06 
 
 		 436 aa  337  1.9999999999999998e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  48.68 
 
 		 417 aa  335  7e-91  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  51.54 
 
 		 411 aa  330  3e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  51.44 
 
 		 429 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  48.32 
 
 		 425 aa  323  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  48.44 
 
 		 425 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  50.9 
 
 		 435 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  50.27 
 
 		 415 aa  320  3e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  46.89 
 
 		 423 aa  306  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  48.82 
 
 		 417 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  44.92 
 
 		 356 aa  263  4e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  44.9 
 
 		 410 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  38.99 
 
 		 389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  44.21 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  41.8 
 
 		 378 aa  254  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  38.81 
 
 		 393 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  41.11 
 
 		 371 aa  252  7e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  40.88 
 
 		 358 aa  249  7e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  39.82 
 
 		 372 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  44.6 
 
 		 356 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 		 355 aa  245  9e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  41.47 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  40.83 
 
 		 466 aa  244  3e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  39.15 
 
 		 364 aa  243  3.9999999999999997e-63  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.75 
 
 		 363 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  39.94 
 
 		 384 aa  240  4e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  39.66 
 
 		 369 aa  239  9e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  43.05 
 
 		 365 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  43.6 
 
 		 406 aa  239  1e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.82 
 
 		 419 aa  238  2e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.03 
 
 		 354 aa  236  4e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  41.4 
 
 		 364 aa  236  6e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  42.98 
 
 		 399 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  43.27 
 
 		 380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 360 aa  233  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  41.57 
 
 		 419 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  39.11 
 
 		 385 aa  233  5e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  41.47 
 
 		 359 aa  233  7.000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  46.1 
 
 		 373 aa  232  7.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  43.15 
 
 		 409 aa  232  8.000000000000001e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  39.42 
 
 		 408 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  41.14 
 
 		 396 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  38.46 
 
 		 359 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  41.25 
 
 		 373 aa  230  3e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  42.01 
 
 		 481 aa  230  3e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  38.98 
 
 		 371 aa  231  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  41.91 
 
 		 363 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  43.99 
 
 		 348 aa  230  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  42.41 
 
 		 418 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  37.72 
 
 		 359 aa  229  5e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  40.95 
 
 		 399 aa  229  7e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  44.37 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  45.35 
 
 		 422 aa  228  1e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 359 aa  228  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  38.51 
 
 		 425 aa  228  2e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  40.65 
 
 		 375 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  42.48 
 
 		 405 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0619  DNA-directed DNA polymerase  37.57 
 
 		 345 aa  226  4e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.146752  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  41.39 
 
 		 424 aa  226  4e-58  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  42.12 
 
 		 418 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  42.99 
 
 		 418 aa  225  9e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  40.77 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  39.35 
 
 		 357 aa  225  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  41.38 
 
 		 374 aa  224  2e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  41.92 
 
 		 408 aa  224  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  41.42 
 
 		 408 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  41.72 
 
 		 383 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  38.12 
 
 		 385 aa  223  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  41.72 
 
 		 361 aa  224  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  37.07 
 
 		 356 aa  223  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  37.07 
 
 		 356 aa  223  6e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  36.47 
 
 		 354 aa  223  6e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  40.06 
 
 		 357 aa  222  8e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 		 359 aa  222  9e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  36.34 
 
 		 367 aa  222  9e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40.06 
 
 		 378 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  40.94 
 
 		 381 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  39.04 
 
 		 358 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>