More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_10 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  91.03 
 
 		 390 aa  736    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  100 
 
 		 391 aa  804    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  90.51 
 
 		 390 aa  732    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  43.72 
 
 		 425 aa  302  8.000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  42.41 
 
 		 425 aa  300  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 		 426 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  42.31 
 
 		 386 aa  294  2e-78  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  42.55 
 
 		 385 aa  276  3e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  39.31 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  40.32 
 
 		 410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  42.6 
 
 		 409 aa  270  4e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  37.31 
 
 		 393 aa  269  5.9999999999999995e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  40.79 
 
 		 408 aa  268  8e-71  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  40.53 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  39.58 
 
 		 380 aa  265  8.999999999999999e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  40.37 
 
 		 420 aa  264  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 		 404 aa  263  4e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40 
 
 		 415 aa  263  4e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 419 aa  262  8e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.1 
 
 		 385 aa  261  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  41.69 
 
 		 399 aa  260  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.93 
 
 		 414 aa  261  2e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 406 aa  259  8e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  40.9 
 
 		 419 aa  256  4e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  38.52 
 
 		 430 aa  256  4e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  41.43 
 
 		 418 aa  256  7e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  39.95 
 
 		 415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  37.85 
 
 		 408 aa  253  3e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  37.63 
 
 		 397 aa  253  3e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  40.36 
 
 		 385 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 		 418 aa  252  7e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.44 
 
 		 454 aa  252  8.000000000000001e-66  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  39.68 
 
 		 422 aa  251  1e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  37.2 
 
 		 395 aa  250  2e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  40.86 
 
 		 418 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.14 
 
 		 410 aa  249  6e-65  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  40.91 
 
 		 356 aa  249  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  37.05 
 
 		 430 aa  248  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  40.06 
 
 		 481 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  37.7 
 
 		 384 aa  245  6.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  42.11 
 
 		 466 aa  245  9.999999999999999e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  40.71 
 
 		 378 aa  244  3e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  38.62 
 
 		 402 aa  242  7.999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.3 
 
 		 407 aa  242  1e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.11 
 
 		 354 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  39.04 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 		 413 aa  241  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36 
 
 		 433 aa  240  2.9999999999999997e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  39.89 
 
 		 360 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.34 
 
 		 363 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 416 aa  240  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  38.28 
 
 		 424 aa  239  5e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  39.42 
 
 		 407 aa  238  1e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  39.24 
 
 		 373 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  36.13 
 
 		 409 aa  237  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  37.82 
 
 		 354 aa  238  2e-61  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.82 
 
 		 374 aa  238  2e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  40.79 
 
 		 369 aa  236  3e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  39.48 
 
 		 418 aa  237  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  37.68 
 
 		 359 aa  236  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  41.18 
 
 		 380 aa  236  6e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  39.3 
 
 		 355 aa  236  7e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  36.22 
 
 		 417 aa  236  7e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 375 aa  235  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0687  DNA-directed DNA polymerase  36.72 
 
 		 444 aa  235  8e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000344848  hitchhiker  0.00527115 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  38.51 
 
 		 378 aa  235  9e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  38.51 
 
 		 378 aa  235  9e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3247  DNA-directed DNA polymerase  37.96 
 
 		 459 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  39.36 
 
 		 378 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37 
 
 		 389 aa  233  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  40 
 
 		 376 aa  232  7.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 		 385 aa  232  9e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  36.9 
 
 		 399 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  37.65 
 
 		 408 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  37.65 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  38.89 
 
 		 396 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  37.65 
 
 		 383 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.14 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  34.97 
 
 		 423 aa  228  9e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  36.75 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  36 
 
 		 393 aa  228  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  37.94 
 
 		 405 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  38.34 
 
 		 369 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  37.12 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  36.36 
 
 		 400 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  35.92 
 
 		 399 aa  227  3e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  37.57 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  35.58 
 
 		 410 aa  227  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  37.97 
 
 		 362 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  38.37 
 
 		 365 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  37.76 
 
 		 392 aa  226  6e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  36.36 
 
 		 408 aa  226  6e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  35.6 
 
 		 431 aa  226  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  34.63 
 
 		 409 aa  226  7e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  36.98 
 
 		 359 aa  225  8e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  37.61 
 
 		 385 aa  225  9e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  38.92 
 
 		 360 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  35.73 
 
 		 394 aa  224  2e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  41.71 
 
 		 443 aa  224  2e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  37.35 
 
 		 379 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>