More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1745 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  76.07 
 
 		 430 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  100 
 
 		 428 aa  874    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  77.1 
 
 		 431 aa  691    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  77.34 
 
 		 431 aa  692    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  73.38 
 
 		 445 aa  632  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  73.14 
 
 		 445 aa  629  1e-179  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  72.53 
 
 		 453 aa  618  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  71.16 
 
 		 436 aa  605  9.999999999999999e-173  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2809  DNA polymerase IV  63.75 
 
 		 423 aa  514  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.436092 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  61.76 
 
 		 432 aa  499  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  59.81 
 
 		 436 aa  480  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  58.22 
 
 		 429 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  58.18 
 
 		 432 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  57.52 
 
 		 431 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  57.87 
 
 		 435 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  57.63 
 
 		 425 aa  455  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  56.93 
 
 		 417 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  56.83 
 
 		 449 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  57.18 
 
 		 417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  55.24 
 
 		 423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  57.63 
 
 		 425 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  57.58 
 
 		 429 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  58.08 
 
 		 429 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  58.44 
 
 		 415 aa  444  1e-123  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  55.48 
 
 		 429 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  55.76 
 
 		 435 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1429  DNA polymerase IV  55.5 
 
 		 429 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.587123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  54 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0385  DNA polymerase IV  56.45 
 
 		 417 aa  432  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.434794  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  51.46 
 
 		 418 aa  410  1e-113  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  53.79 
 
 		 421 aa  390  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  51.09 
 
 		 411 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  38.85 
 
 		 408 aa  273  5.000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 384 aa  264  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  40.27 
 
 		 410 aa  262  8.999999999999999e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 		 425 aa  257  2e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  43.2 
 
 		 419 aa  252  8.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.93 
 
 		 426 aa  249  6e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 393 aa  247  2e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  42.6 
 
 		 419 aa  246  6e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 371 aa  246  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  40.27 
 
 		 430 aa  245  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.64 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  35.94 
 
 		 385 aa  243  3e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.68 
 
 		 399 aa  244  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.66 
 
 		 418 aa  242  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.66 
 
 		 418 aa  242  9e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 372 aa  242  1e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  40.11 
 
 		 481 aa  242  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  36.75 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  36.48 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 422 aa  241  2e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 386 aa  241  2e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  39.63 
 
 		 424 aa  238  2e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  33.25 
 
 		 389 aa  238  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  43.36 
 
 		 418 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  36.75 
 
 		 391 aa  237  4e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  39.12 
 
 		 409 aa  236  6e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  38.93 
 
 		 408 aa  236  8e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  38.56 
 
 		 406 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 385 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  41.04 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  36.62 
 
 		 430 aa  231  2e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 		 363 aa  230  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 		 420 aa  230  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  41.16 
 
 		 466 aa  230  4e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  40.22 
 
 		 355 aa  229  5e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  40.64 
 
 		 356 aa  229  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  38.79 
 
 		 399 aa  229  9e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.35 
 
 		 358 aa  228  1e-58  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.47 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  38.71 
 
 		 358 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  35.41 
 
 		 397 aa  227  3e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  38.68 
 
 		 402 aa  225  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 425 aa  225  1e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  37.91 
 
 		 408 aa  225  1e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  39.55 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  39 
 
 		 369 aa  224  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.88 
 
 		 409 aa  223  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  37.5 
 
 		 417 aa  223  3e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  39.26 
 
 		 407 aa  223  4.9999999999999996e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  39.31 
 
 		 364 aa  222  8e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  40.06 
 
 		 357 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  33.93 
 
 		 409 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  39.76 
 
 		 379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  39.05 
 
 		 405 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  38.98 
 
 		 415 aa  221  1.9999999999999999e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.29 
 
 		 380 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  37.25 
 
 		 369 aa  220  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  38.3 
 
 		 364 aa  220  3.9999999999999997e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  38.87 
 
 		 383 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  38.87 
 
 		 408 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  38.87 
 
 		 361 aa  220  5e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 385 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.21 
 
 		 409 aa  219  6e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  41.16 
 
 		 362 aa  219  7e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  41.02 
 
 		 378 aa  219  7e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  40.36 
 
 		 374 aa  219  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  35.88 
 
 		 359 aa  218  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  34.7 
 
 		 408 aa  219  1e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>