More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2507 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
358 aa  738    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  57.06 
 
 
352 aa  408  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  55.33 
 
 
353 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  55.04 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  55.56 
 
 
353 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  55.62 
 
 
354 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  55.14 
 
 
354 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  55.04 
 
 
354 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  55.14 
 
 
354 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  54.13 
 
 
353 aa  387  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  53.93 
 
 
405 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  54.57 
 
 
379 aa  384  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  52.96 
 
 
369 aa  383  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  55.22 
 
 
383 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  54.29 
 
 
408 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  55.22 
 
 
361 aa  382  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  54.29 
 
 
407 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  54.57 
 
 
429 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  54.41 
 
 
359 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  53.43 
 
 
362 aa  374  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  52.84 
 
 
392 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  52.23 
 
 
357 aa  371  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  54.47 
 
 
349 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  56.16 
 
 
357 aa  372  1e-102  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  51.93 
 
 
357 aa  369  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  53.6 
 
 
349 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  52.25 
 
 
359 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  53.59 
 
 
364 aa  361  1e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  53.55 
 
 
352 aa  361  1e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  53.12 
 
 
364 aa  358  9e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  52 
 
 
355 aa  358  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  52.79 
 
 
360 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
404 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  53.25 
 
 
358 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
400 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
403 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
400 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
406 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
400 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  52.27 
 
 
404 aa  355  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  52.96 
 
 
358 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  53.59 
 
 
358 aa  355  7.999999999999999e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  52.66 
 
 
358 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  51.43 
 
 
355 aa  354  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  52.66 
 
 
358 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  50.85 
 
 
355 aa  353  2e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  48.16 
 
 
350 aa  351  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  50.85 
 
 
357 aa  350  3e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  51.03 
 
 
359 aa  346  4e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  51.03 
 
 
359 aa  345  6e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  49.43 
 
 
348 aa  345  8.999999999999999e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  50.73 
 
 
359 aa  344  1e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  50.44 
 
 
352 aa  343  4e-93  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  50.59 
 
 
379 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  50.15 
 
 
352 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  49.72 
 
 
372 aa  336  3.9999999999999995e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  49.56 
 
 
352 aa  334  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  49.86 
 
 
358 aa  335  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  48.3 
 
 
356 aa  331  1e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  48.68 
 
 
356 aa  330  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
352 aa  328  8e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  48.79 
 
 
349 aa  328  9e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  51.03 
 
 
353 aa  325  6e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  49 
 
 
359 aa  323  3e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
351 aa  322  8e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
351 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
351 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
351 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  48.67 
 
 
351 aa  319  5e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  47.21 
 
 
353 aa  319  6e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  45.94 
 
 
360 aa  318  7e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  48.97 
 
 
352 aa  318  9e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
352 aa  317  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
352 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  48.38 
 
 
351 aa  317  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  49.85 
 
 
352 aa  318  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  48.38 
 
 
351 aa  317  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  48.22 
 
 
354 aa  315  6e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  50.14 
 
 
353 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  46.05 
 
 
355 aa  296  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  45.98 
 
 
371 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  49.49 
 
 
304 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  45.48 
 
 
378 aa  285  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  46.15 
 
 
372 aa  281  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  43.58 
 
 
359 aa  277  2e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 
360 aa  276  3e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  44.29 
 
 
373 aa  275  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  43.58 
 
 
375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  43.7 
 
 
359 aa  273  3e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  44.13 
 
 
380 aa  273  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  45.48 
 
 
378 aa  273  4.0000000000000004e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  43.14 
 
 
352 aa  273  5.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  44.74 
 
 
363 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  46.61 
 
 
376 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>