More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3597 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 
380 aa  769    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  59.31 
 
 
378 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  60.95 
 
 
359 aa  422  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  59.05 
 
 
375 aa  422  1e-117  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  60.06 
 
 
354 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  57.14 
 
 
363 aa  418  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  58.33 
 
 
373 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  57.42 
 
 
365 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  62.39 
 
 
363 aa  414  1e-114  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  59.27 
 
 
360 aa  409  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  58.89 
 
 
359 aa  410  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  58.58 
 
 
396 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  58.92 
 
 
373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  58.86 
 
 
378 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  55.44 
 
 
385 aa  399  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  60.95 
 
 
376 aa  397  1e-109  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  55.98 
 
 
381 aa  389  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  51.97 
 
 
360 aa  377  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  53.45 
 
 
371 aa  375  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  57.23 
 
 
356 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  51.91 
 
 
358 aa  350  2e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  51.91 
 
 
372 aa  347  2e-94  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  53.39 
 
 
378 aa  343  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  53.39 
 
 
378 aa  343  2e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  51.45 
 
 
369 aa  338  9.999999999999999e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  50.88 
 
 
368 aa  333  3e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  54.47 
 
 
355 aa  333  3e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  50 
 
 
367 aa  332  6e-90  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  50.14 
 
 
359 aa  331  1e-89  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  51.71 
 
 
374 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  47.69 
 
 
364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  45.96 
 
 
359 aa  323  4e-87  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  49.86 
 
 
353 aa  322  5e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  48.22 
 
 
357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  46.3 
 
 
330 aa  319  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  47.35 
 
 
359 aa  310  2e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  50.43 
 
 
356 aa  310  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  50.15 
 
 
371 aa  309  5.9999999999999995e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  49.71 
 
 
369 aa  301  9e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  45.64 
 
 
364 aa  296  3e-79  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  68.32 
 
 
412 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  50.6 
 
 
405 aa  294  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  51.04 
 
 
408 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  51.04 
 
 
361 aa  292  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  51.04 
 
 
383 aa  292  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  49.42 
 
 
357 aa  291  9e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  50 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  50.89 
 
 
392 aa  291  1e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  52.23 
 
 
369 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  49.42 
 
 
357 aa  290  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  45.91 
 
 
399 aa  289  6e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  44.99 
 
 
359 aa  288  8e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  51.5 
 
 
354 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  49.42 
 
 
362 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  49.86 
 
 
429 aa  288  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  48.86 
 
 
407 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  45.19 
 
 
356 aa  286  5e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  50.17 
 
 
354 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  50.17 
 
 
354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  54.49 
 
 
364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  50.5 
 
 
354 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  51.63 
 
 
403 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  47.8 
 
 
466 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  51.18 
 
 
406 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  46.22 
 
 
408 aa  283  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  51.18 
 
 
404 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  51.34 
 
 
400 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  51.34 
 
 
400 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  51.34 
 
 
400 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  47.52 
 
 
386 aa  282  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  51.34 
 
 
404 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  48.7 
 
 
349 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  45.22 
 
 
356 aa  281  9e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  45.22 
 
 
356 aa  281  9e-75  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  50 
 
 
353 aa  280  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  56.32 
 
 
349 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  43.78 
 
 
364 aa  280  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  47.09 
 
 
385 aa  280  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  48.16 
 
 
353 aa  279  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  44.05 
 
 
360 aa  279  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  48.83 
 
 
352 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  42.93 
 
 
358 aa  276  5e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  42.51 
 
 
408 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  45 
 
 
349 aa  274  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  43.24 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  46.96 
 
 
409 aa  273  2.0000000000000002e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  44.13 
 
 
358 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1586  nucleotidyltransferase/DNA polymerase for DNA repair  41.57 
 
 
361 aa  273  3e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  47.26 
 
 
418 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  47.26 
 
 
418 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  43.24 
 
 
359 aa  272  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  49.01 
 
 
354 aa  272  9e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  54.37 
 
 
353 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  46.97 
 
 
418 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  42.97 
 
 
359 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  43.22 
 
 
389 aa  269  5e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  44.97 
 
 
350 aa  269  7e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  45.1 
 
 
426 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  41.97 
 
 
357 aa  267  2e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  46.53 
 
 
355 aa  267  2.9999999999999995e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>