More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0687 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0687  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 444 aa  919    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.0000000344848  hitchhiker  0.00527115 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  50.12 
 
 		 454 aa  411  1e-113  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1555  DNA-directed DNA polymerase  51.22 
 
 		 422 aa  392  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.558973  normal  0.0210398 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  48.33 
 
 		 433 aa  391  1e-107  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.8 
 
 		 425 aa  251  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  36.06 
 
 		 425 aa  245  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  42.9 
 
 		 399 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 		 390 aa  241  2e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  37.66 
 
 		 385 aa  239  6.999999999999999e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  37.56 
 
 		 399 aa  238  2e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  41.48 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  41.19 
 
 		 418 aa  236  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  42.05 
 
 		 384 aa  236  9e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  36.72 
 
 		 391 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  35.79 
 
 		 393 aa  235  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  40.62 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  40.18 
 
 		 364 aa  234  3e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  37.23 
 
 		 412 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  39.88 
 
 		 419 aa  231  1e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  38.83 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  35.64 
 
 		 390 aa  230  3e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.73 
 
 		 378 aa  231  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  39.35 
 
 		 466 aa  231  3e-59  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.73 
 
 		 378 aa  231  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 		 426 aa  229  6e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  39.32 
 
 		 419 aa  229  8e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  39.61 
 
 		 395 aa  229  1e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  38.76 
 
 		 378 aa  226  5.0000000000000005e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  38.48 
 
 		 372 aa  224  2e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0622  DNA-directed DNA polymerase  39.55 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  37.66 
 
 		 386 aa  224  3e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  39.14 
 
 		 378 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 408 aa  223  7e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  37.86 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  39.71 
 
 		 374 aa  221  3e-56  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  39.47 
 
 		 389 aa  219  5e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3681  DNA polymerase IV  35.12 
 
 		 453 aa  220  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96872  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  37.54 
 
 		 424 aa  219  8.999999999999998e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  34.66 
 
 		 397 aa  218  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  34.75 
 
 		 409 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  37.92 
 
 		 407 aa  216  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  41.09 
 
 		 458 aa  216  5e-55  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0579  DNA polymerase IV  35.54 
 
 		 445 aa  216  9e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  39.3 
 
 		 356 aa  215  9.999999999999999e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  38.07 
 
 		 834 aa  215  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  37.56 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  37.53 
 
 		 385 aa  215  9.999999999999999e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1494  DNA polymerase IV  34.33 
 
 		 418 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129133 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  36.66 
 
 		 410 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  38.66 
 
 		 363 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  37.72 
 
 		 420 aa  214  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0615  DNA polymerase IV  35.54 
 
 		 445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  38.42 
 
 		 408 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 481 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  38.11 
 
 		 410 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  37.87 
 
 		 358 aa  213  5.999999999999999e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  33.99 
 
 		 436 aa  213  5.999999999999999e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  35.13 
 
 		 415 aa  213  5.999999999999999e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  37.14 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  36.54 
 
 		 380 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  38.17 
 
 		 409 aa  211  3e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  35.21 
 
 		 408 aa  210  4e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  36.99 
 
 		 409 aa  210  5e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  37.93 
 
 		 381 aa  210  5e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  39.94 
 
 		 443 aa  210  5e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  37.36 
 
 		 428 aa  209  6e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  35.62 
 
 		 371 aa  209  8e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  35.63 
 
 		 409 aa  209  1e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  35.85 
 
 		 368 aa  208  1e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  38.28 
 
 		 376 aa  209  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1377  DNA polymerase IV  35.18 
 
 		 431 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.560308 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 		 417 aa  209  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  33.66 
 
 		 385 aa  209  1e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  37.39 
 
 		 353 aa  207  4e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  34.24 
 
 		 410 aa  207  4e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  35.85 
 
 		 435 aa  206  5e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  35.45 
 
 		 417 aa  206  5e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  38.44 
 
 		 360 aa  206  9e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 		 411 aa  206  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1285  DNA polymerase IV  33.9 
 
 		 431 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.25949  normal  0.0407739 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  38.26 
 
 		 354 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  36.16 
 
 		 354 aa  204  2e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  32.71 
 
 		 413 aa  204  2e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  34.48 
 
 		 423 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  35.19 
 
 		 429 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  33.92 
 
 		 431 aa  204  3e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  33.5 
 
 		 430 aa  203  4e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  37.78 
 
 		 367 aa  204  4e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  32.84 
 
 		 404 aa  203  4e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 		 448 aa  203  6e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.89 
 
 		 415 aa  202  7e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  35.73 
 
 		 367 aa  202  7e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 		 422 aa  202  8e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  36.8 
 
 		 435 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  33.5 
 
 		 395 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  33.74 
 
 		 430 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  34.2 
 
 		 419 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  37.14 
 
 		 359 aa  201  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  37.76 
 
 		 360 aa  200  3e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>