More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3636 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  100 
 
 		 396 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  82.52 
 
 		 354 aa  587  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  65.45 
 
 		 359 aa  482  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  66.29 
 
 		 363 aa  478  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  63.82 
 
 		 385 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  63.79 
 
 		 365 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  59.79 
 
 		 378 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1442  DNA polymerase IV (Pol IV 3)  63.79 
 
 		 330 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  61.73 
 
 		 360 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2097  DNA-directed DNA polymerase  63.56 
 
 		 373 aa  440  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  61.65 
 
 		 359 aa  437  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  60.89 
 
 		 363 aa  428  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  60.95 
 
 		 381 aa  414  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  56.7 
 
 		 375 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  56.78 
 
 		 373 aa  407  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  58.58 
 
 		 380 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  58.58 
 
 		 378 aa  395  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3809  DNA-directed DNA polymerase  88.73 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  54.07 
 
 		 371 aa  359  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  54.71 
 
 		 376 aa  351  1e-95  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  50.73 
 
 		 360 aa  347  2e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  54.09 
 
 		 368 aa  345  8e-94  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  54.87 
 
 		 372 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  52.52 
 
 		 359 aa  341  1e-92  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  54.05 
 
 		 356 aa  337  9.999999999999999e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  52.06 
 
 		 358 aa  332  9e-90  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  51.6 
 
 		 378 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  51.6 
 
 		 378 aa  330  3e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  52.37 
 
 		 353 aa  329  6e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  54.8 
 
 		 355 aa  326  3e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  49.72 
 
 		 369 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  50.15 
 
 		 374 aa  315  8e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  50.14 
 
 		 369 aa  314  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  51.46 
 
 		 356 aa  312  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  47.74 
 
 		 357 aa  311  2e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  49.16 
 
 		 371 aa  310  4e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  43.93 
 
 		 359 aa  301  1e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  45.03 
 
 		 359 aa  294  1e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  40.92 
 
 		 364 aa  280  3e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  44.66 
 
 		 399 aa  278  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  46.65 
 
 		 355 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  45.79 
 
 		 392 aa  272  9e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  45.13 
 
 		 369 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  40.45 
 
 		 367 aa  271  2e-71  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  44.32 
 
 		 352 aa  269  8e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  46.8 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  46.8 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  46.51 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  46.8 
 
 		 358 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  43.42 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  45.29 
 
 		 383 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  45.29 
 
 		 408 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  45.59 
 
 		 361 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  45.92 
 
 		 354 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  43.82 
 
 		 353 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  42.77 
 
 		 389 aa  263  3e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  45.77 
 
 		 359 aa  264  3e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  45.93 
 
 		 358 aa  263  4e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  45.32 
 
 		 405 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  45.35 
 
 		 354 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  46.43 
 
 		 351 aa  261  1e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  43.43 
 
 		 352 aa  261  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  45.32 
 
 		 358 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  46.43 
 
 		 351 aa  261  1e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  46.43 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  42.36 
 
 		 356 aa  261  2e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  45.72 
 
 		 379 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  43.73 
 
 		 355 aa  261  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  46.43 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  46.43 
 
 		 351 aa  261  2e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  43.27 
 
 		 353 aa  260  3e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  44.51 
 
 		 354 aa  260  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  43.45 
 
 		 355 aa  260  4e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  46.43 
 
 		 351 aa  260  4e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  43.47 
 
 		 352 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  45.81 
 
 		 354 aa  259  7e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  45.51 
 
 		 359 aa  258  9e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  46.1 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  45 
 
 		 379 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  44.71 
 
 		 429 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  43.18 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  43.18 
 
 		 351 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  44.06 
 
 		 362 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  45 
 
 		 407 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  44.8 
 
 		 354 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  44.77 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  43.18 
 
 		 351 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  43.32 
 
 		 426 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  43.18 
 
 		 351 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  43.18 
 
 		 351 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  42.98 
 
 		 357 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  42.69 
 
 		 357 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  43.73 
 
 		 372 aa  256  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  45.22 
 
 		 359 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  44.82 
 
 		 354 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  39.83 
 
 		 408 aa  256  6e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  44.94 
 
 		 403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  43.26 
 
 		 353 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  44.66 
 
 		 400 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>