More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2975 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  100 
 
 		 443 aa  867    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  55.83 
 
 		 466 aa  449  1e-125  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  60.63 
 
 		 448 aa  436  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  59.77 
 
 		 463 aa  412  1e-114  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  54.92 
 
 		 458 aa  400  9.999999999999999e-111  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  54.74 
 
 		 834 aa  350  2e-95  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  48.25 
 
 		 378 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  48.25 
 
 		 378 aa  298  1e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11570  DNA polymerase IV  44.93 
 
 		 463 aa  286  7e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  48.1 
 
 		 374 aa  278  2e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  49.57 
 
 		 419 aa  277  3e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2635  DNA-directed DNA polymerase  44.24 
 
 		 466 aa  275  8e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.959569  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  50.15 
 
 		 419 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3642  DNA polymerase IV  44.83 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.370553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  49.27 
 
 		 415 aa  272  1e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3115  DNA polymerase IV  44.11 
 
 		 452 aa  270  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.259823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  45.64 
 
 		 380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  39.83 
 
 		 389 aa  270  4e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  42.44 
 
 		 430 aa  270  4e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  41.58 
 
 		 426 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3095  DNA polymerase IV  43.78 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3155  DNA polymerase IV  43.78 
 
 		 452 aa  266  5.999999999999999e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945689  normal  0.349155 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.07 
 
 		 489 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  46.46 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2771  DNA polymerase IV  46.17 
 
 		 453 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.259095  normal  0.570468 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  41.67 
 
 		 358 aa  264  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  41.4 
 
 		 372 aa  265  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1433  DNA polymerase IV  41.81 
 
 		 356 aa  264  3e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  47.84 
 
 		 418 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  46.52 
 
 		 386 aa  263  4e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1185  DNA-directed DNA polymerase  44.87 
 
 		 381 aa  262  8e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.129375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  43.86 
 
 		 378 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  47.37 
 
 		 418 aa  260  3e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  41.26 
 
 		 367 aa  260  3e-68  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  42.69 
 
 		 363 aa  259  7e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  40.47 
 
 		 360 aa  259  7e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  47.08 
 
 		 418 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  47.81 
 
 		 355 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3002  DNA-directed DNA polymerase  40.91 
 
 		 449 aa  257  2e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  46.48 
 
 		 424 aa  256  7e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  44.03 
 
 		 359 aa  256  8e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0076  DNA-directed DNA polymerase  49.86 
 
 		 577 aa  256  8e-67  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  38.57 
 
 		 364 aa  254  2.0000000000000002e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  42.25 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  44.01 
 
 		 410 aa  254  2.0000000000000002e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1949  DNA polymerase IV  40.86 
 
 		 356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.259115  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1983  DNA polymerase IV  40.86 
 
 		 356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.858676  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  42.82 
 
 		 385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  43.68 
 
 		 412 aa  253  6e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  45.11 
 
 		 363 aa  253  6e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  45.59 
 
 		 481 aa  252  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  43.8 
 
 		 354 aa  252  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  43.77 
 
 		 425 aa  251  1e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  42.37 
 
 		 385 aa  249  6e-65  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.09 
 
 		 371 aa  249  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  44.48 
 
 		 449 aa  248  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  46.96 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  39.66 
 
 		 359 aa  248  1e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  40.94 
 
 		 365 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  44.48 
 
 		 417 aa  248  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3544  DNA polymerase IV  39.17 
 
 		 431 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  43.27 
 
 		 359 aa  247  3e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2445  DNA polymerase IV  42 
 
 		 429 aa  247  3e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.255034  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  46.78 
 
 		 402 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  42.9 
 
 		 384 aa  247  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  40.51 
 
 		 409 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  46.82 
 
 		 410 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4749  DNA polymerase IV  41.4 
 
 		 435 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.676615  normal  0.525378 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  42.57 
 
 		 378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  41.71 
 
 		 391 aa  243  5e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  43.47 
 
 		 417 aa  243  6e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2410  DNA polymerase IV  42.44 
 
 		 429 aa  243  6e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.18017 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  41.04 
 
 		 371 aa  243  6e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  41.14 
 
 		 429 aa  243  7e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  39.77 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1274  DNA polymerase IV  39.7 
 
 		 436 aa  240  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0719979  normal  0.0370886 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  38.95 
 
 		 357 aa  240  4e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  40.11 
 
 		 359 aa  239  5e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  38.78 
 
 		 409 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  44.38 
 
 		 420 aa  238  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  41.03 
 
 		 425 aa  238  1e-61  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  39.06 
 
 		 390 aa  238  1e-61  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  44.19 
 
 		 408 aa  238  2e-61  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  40.12 
 
 		 359 aa  237  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3857  DNA polymerase IV  42.54 
 
 		 432 aa  237  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3311  DNA polymerase IV  41.74 
 
 		 432 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0786451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  43.02 
 
 		 376 aa  236  7e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  44.79 
 
 		 356 aa  236  8e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  39.34 
 
 		 390 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  43.41 
 
 		 417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  41.43 
 
 		 417 aa  235  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  42.17 
 
 		 408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  39.25 
 
 		 408 aa  235  1.0000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  44.73 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  38.62 
 
 		 364 aa  234  3e-60  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0662  DNA-directed DNA polymerase  39.45 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  44.19 
 
 		 360 aa  232  9e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  41.32 
 
 		 369 aa  232  1e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.4 
 
 		 433 aa  232  1e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  42.05 
 
 		 423 aa  232  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>