More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3002 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_3002  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 449 aa  875    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2635  DNA-directed DNA polymerase  66.67 
 
 		 466 aa  527  1e-148  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.959569  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11570  DNA polymerase IV  64.85 
 
 		 463 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3642  DNA polymerase IV  65.18 
 
 		 455 aa  504  1e-141  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.370553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3095  DNA polymerase IV  64.27 
 
 		 454 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3155  DNA polymerase IV  64.27 
 
 		 452 aa  498  1e-140  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.945689  normal  0.349155 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3115  DNA polymerase IV  64.25 
 
 		 452 aa  495  1e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.259823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2771  DNA polymerase IV  63.04 
 
 		 453 aa  480  1e-134  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.259095  normal  0.570468 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1444  DNA polymerase IV  43.24 
 
 		 466 aa  293  5e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.754501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13630  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  43.24 
 
 		 458 aa  286  7e-76  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4326  DNA-directed DNA polymerase  44.49 
 
 		 463 aa  276  6e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.49996  normal  0.088504 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5052  DNA-directed DNA polymerase  44.19 
 
 		 448 aa  270  5e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20590  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  44.34 
 
 		 489 aa  267  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2975  DNA polymerase IV  41.42 
 
 		 443 aa  263  4e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.949481  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1646  DNA-directed DNA polymerase  41.78 
 
 		 834 aa  263  6.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.218783 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  45.93 
 
 		 424 aa  259  8e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  44.76 
 
 		 418 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  43.91 
 
 		 418 aa  247  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  43.06 
 
 		 418 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  43.02 
 
 		 359 aa  237  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  41.83 
 
 		 399 aa  236  7e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  42.61 
 
 		 408 aa  236  7e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  42.18 
 
 		 430 aa  234  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  42.9 
 
 		 410 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  43.8 
 
 		 419 aa  231  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  39.24 
 
 		 371 aa  231  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.23 
 
 		 415 aa  229  6e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  44.21 
 
 		 419 aa  229  8e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  44.08 
 
 		 408 aa  229  1e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  44.95 
 
 		 410 aa  228  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 		 393 aa  227  3e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  43.52 
 
 		 378 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  40.88 
 
 		 384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  45.48 
 
 		 422 aa  226  6e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  43.31 
 
 		 420 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  42.49 
 
 		 354 aa  224  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  41.35 
 
 		 399 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  41.91 
 
 		 417 aa  223  4e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1122  DNA polymerase IV  43.44 
 
 		 413 aa  223  7e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.36327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  42.27 
 
 		 365 aa  220  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  40.95 
 
 		 414 aa  219  6e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 		 369 aa  219  7.999999999999999e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5438  DNA polymerase IV  42.17 
 
 		 407 aa  219  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.151264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  40.35 
 
 		 363 aa  219  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  42.24 
 
 		 356 aa  219  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 371 aa  218  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  43.11 
 
 		 356 aa  218  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5685  DNA polymerase IV  42.24 
 
 		 424 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273553 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  44.88 
 
 		 415 aa  217  4e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0076  DNA-directed DNA polymerase  45.11 
 
 		 577 aa  216  4e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13710  DNA polymerase IV involved in DNA repair  42.18 
 
 		 431 aa  216  5.9999999999999996e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  42.48 
 
 		 378 aa  216  7e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2663  DNA-directed DNA polymerase  39.41 
 
 		 358 aa  215  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0579235  normal  0.454418 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  40.81 
 
 		 406 aa  215  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  42.19 
 
 		 369 aa  215  1.9999999999999998e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  38.24 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5059  DNA polymerase IV  41.85 
 
 		 407 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315945  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5147  DNA polymerase IV  41.85 
 
 		 407 aa  214  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  42.01 
 
 		 355 aa  214  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  36.66 
 
 		 385 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  37.39 
 
 		 389 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3374  DNA polymerase IV  40.35 
 
 		 385 aa  213  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  41.62 
 
 		 402 aa  212  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  35.36 
 
 		 360 aa  212  1e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0380  DNA-directed DNA polymerase  42.52 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.158929  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1063  DNA-directed DNA polymerase  42.02 
 
 		 413 aa  211  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.435169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  42.45 
 
 		 360 aa  211  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  38.97 
 
 		 417 aa  211  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  38.97 
 
 		 449 aa  210  5e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.41 
 
 		 380 aa  209  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  41.06 
 
 		 430 aa  209  9e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  42.2 
 
 		 407 aa  209  9e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  37.34 
 
 		 425 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  40.96 
 
 		 417 aa  208  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  40 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  40 
 
 		 378 aa  207  3e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0732  DNA-directed DNA polymerase  40.63 
 
 		 363 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.833353  normal  0.0993965 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  41.72 
 
 		 369 aa  207  4e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3636  DNA polymerase IV  41.45 
 
 		 396 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.892851 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2808  DNA polymerase IV  40.57 
 
 		 417 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.186198 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  39.14 
 
 		 423 aa  206  5e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0756  DNA polymerase IV  41.11 
 
 		 376 aa  206  7e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 		 374 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4788  DNA-directed DNA polymerase  39.6 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.182226  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  35.51 
 
 		 409 aa  202  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  41.71 
 
 		 409 aa  202  9.999999999999999e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  37.13 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  37.39 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2023  DNA-directed DNA polymerase  38.53 
 
 		 421 aa  200  3.9999999999999996e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.137176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  35.09 
 
 		 359 aa  200  3.9999999999999996e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.66 
 
 		 412 aa  200  5e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06310  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  35.68 
 
 		 454 aa  199  6e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  41.94 
 
 		 407 aa  199  9e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3530  DNA polymerase IV  38.82 
 
 		 421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  37.17 
 
 		 425 aa  199  1.0000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4549  DNA polymerase IV  39.01 
 
 		 419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.849423  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2765  DNA polymerase IV  37.43 
 
 		 367 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0953517 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  41.09 
 
 		 386 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  34.68 
 
 		 354 aa  196  8.000000000000001e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  40.28 
 
 		 395 aa  195  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>