206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1896 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_1896  putative DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 520 aa  1004    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.582074  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3467  DNA-repair protein  42.88 
 
 		 528 aa  299  6e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  normal  0.0126488 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3156  UMUC domain protein DNA-repair protein  40.71 
 
 		 510 aa  289  7e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000974062  hitchhiker  0.000679979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2945  Nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  38.55 
 
 		 505 aa  288  2e-76  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000000598538  decreased coverage  0.00000434939 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2288  DNA-repair protein  38.81 
 
 		 562 aa  285  1.0000000000000001e-75  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3240  hypothetical protein  44.24 
 
 		 524 aa  283  5.000000000000001e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.488053  normal  0.13213 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0923  hypothetical protein  38.76 
 
 		 527 aa  275  1.0000000000000001e-72  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1747  hypothetical protein  38.31 
 
 		 536 aa  272  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1175  hypothetical protein  40.82 
 
 		 532 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.24995  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1192  hypothetical protein  40.82 
 
 		 529 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1202  hypothetical protein  40.82 
 
 		 529 aa  265  2e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.344019  normal  0.0467691 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13428  hypothetical protein  38.85 
 
 		 527 aa  258  2e-67  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.0000000191065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1523  hypothetical protein  40 
 
 		 522 aa  255  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0994  hypothetical protein  37.59 
 
 		 527 aa  250  5e-65  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4898  hypothetical protein  39.37 
 
 		 531 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.834206  normal  0.0834013 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2039  hypothetical protein  35.86 
 
 		 581 aa  241  2e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.566112  normal  0.522751 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5241  hypothetical protein  37.38 
 
 		 535 aa  231  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0112063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21280  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  36.33 
 
 		 553 aa  228  2e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00165363  normal  0.165468 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15750  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  33.68 
 
 		 589 aa  207  3e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0334276  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1440  hypothetical protein  40.93 
 
 		 549 aa  205  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1186  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  29.52 
 
 		 549 aa  186  7e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00000707508  normal  0.0119021 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  28.05 
 
 		 410 aa  72.8  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  24.74 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  25.26 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1612  putative DNA-directed DNA polymerase  29.12 
 
 		 517 aa  63.9  0.000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  30.77 
 
 		 408 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  30.77 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3264  hypothetical protein  27.56 
 
 		 477 aa  63.9  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  27.54 
 
 		 414 aa  63.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  29.05 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  30.77 
 
 		 361 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3146  hypothetical protein  29.75 
 
 		 507 aa  63.5  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.41691  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2295  hypothetical protein  30.58 
 
 		 472 aa  62.4  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  26.02 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  29.53 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  27.04 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  30.77 
 
 		 420 aa  61.2  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  29.12 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  27.93 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4497  hypothetical protein  30.45 
 
 		 472 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0330891 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 403 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 406 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 400 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  29.67 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  27.93 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  25.51 
 
 		 408 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  26.82 
 
 		 429 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0809  hypothetical protein  28.3 
 
 		 507 aa  58.2  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2399  cytosolic protein  23.59 
 
 		 500 aa  57  0.0000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.843761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0473  DNA-directed DNA polymerase  27.14 
 
 		 375 aa  57  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  27.75 
 
 		 426 aa  57  0.0000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3381  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  23.49 
 
 		 499 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.130693  normal  0.720575 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  24.36 
 
 		 354 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  31.63 
 
 		 417 aa  56.2  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  24.58 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  29.32 
 
 		 369 aa  56.6  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  21.56 
 
 		 364 aa  56.2  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1400  DNA polymerase IV  31.35 
 
 		 449 aa  55.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.193285  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  26.67 
 
 		 407 aa  55.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1745  DNA polymerase IV  26.83 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5604  hypothetical protein  31.34 
 
 		 503 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000770787 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3293  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  29.25 
 
 		 522 aa  55.5  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247641  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3022  hypothetical protein  28.69 
 
 		 471 aa  56.2  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.302557 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1469  DNA-directed DNA polymerase  24.5 
 
 		 368 aa  55.1  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  30.39 
 
 		 353 aa  55.1  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0068  DNA polymerase IV  31.35 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.91502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4948  nucleotidyltransferase/DNA polymerase involved in DNA repair-like protein  26.4 
 
 		 519 aa  55.1  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.777522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1344  DNA polymerase IV  25.66 
 
 		 436 aa  54.7  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.363596  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  25 
 
 		 364 aa  53.5  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4054  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase-like protein  24.62 
 
 		 526 aa  53.1  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0963  DNA polymerase IV  26.39 
 
 		 395 aa  53.5  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  24.73 
 
 		 353 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5156  hypothetical protein  29.22 
 
 		 472 aa  53.5  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249554  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2779  hypothetical protein  28.52 
 
 		 545 aa  52.8  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.989391 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  28.81 
 
 		 422 aa  52.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  27.18 
 
 		 408 aa  53.1  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2986  putative DNA-directed DNA polymerase  24.63 
 
 		 529 aa  53.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.579616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  30.29 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  20.78 
 
 		 354 aa  52.4  0.00002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3159  DNA-directed DNA polymerase  25.19 
 
 		 431 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.382923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  23.79 
 
 		 410 aa  52.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1621  DNA polymerase IV  24.6 
 
 		 367 aa  52  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2424  DNA-directed DNA polymerase  26.52 
 
 		 415 aa  51.6  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0565493 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  24.48 
 
 		 390 aa  51.2  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4251  hypothetical protein  35.52 
 
 		 395 aa  51.6  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.380401 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  21.76 
 
 		 371 aa  51.2  0.00004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2344  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.27 
 
 		 499 aa  51.2  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0116755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  25.24 
 
 		 352 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13520  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  26.53 
 
 		 433 aa  51.2  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0923  DNA polymerase IV  29.41 
 
 		 430 aa  51.2  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  27.84 
 
 		 362 aa  51.2  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0127  DNA polymerase IV  27.57 
 
 		 423 aa  50.8  0.00005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  22.53 
 
 		 393 aa  50.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  23.89 
 
 		 410 aa  51.2  0.00005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  27.49 
 
 		 378 aa  51.2  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>