More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3990 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  100 
 
 		 353 aa  727    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  96.31 
 
 		 354 aa  698    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  84.9 
 
 		 353 aa  625  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  82.39 
 
 		 354 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  80.91 
 
 		 354 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  80.63 
 
 		 354 aa  590  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  80.63 
 
 		 354 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  80.11 
 
 		 352 aa  589  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  77.01 
 
 		 349 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  74.43 
 
 		 353 aa  541  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  76.44 
 
 		 349 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  55.33 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  58 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  58 
 
 		 362 aa  389  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  58.86 
 
 		 364 aa  389  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  57.71 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  58.21 
 
 		 369 aa  386  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 408 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 379 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 405 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  55.87 
 
 		 429 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  55.3 
 
 		 392 aa  375  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  54.47 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  55.59 
 
 		 407 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  56.12 
 
 		 355 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 403 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 406 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  56.16 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  54.63 
 
 		 348 aa  362  7.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  53.96 
 
 		 359 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  51.55 
 
 		 358 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  53.25 
 
 		 358 aa  355  5e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  53.67 
 
 		 359 aa  355  5e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  51.62 
 
 		 352 aa  355  5.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  53.37 
 
 		 359 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  51.55 
 
 		 358 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  50.99 
 
 		 358 aa  353  4e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  50.7 
 
 		 358 aa  352  5e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  51.9 
 
 		 364 aa  352  5e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  52.21 
 
 		 359 aa  350  2e-95  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  52.66 
 
 		 357 aa  349  4e-95  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  51.15 
 
 		 360 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  52.37 
 
 		 379 aa  346  3e-94  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  53.24 
 
 		 353 aa  346  4e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  52.23 
 
 		 359 aa  345  5e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  52.21 
 
 		 352 aa  345  8e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  52.68 
 
 		 355 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  51.79 
 
 		 358 aa  343  4e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  51.04 
 
 		 357 aa  339  5e-92  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  47.28 
 
 		 350 aa  338  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  51.62 
 
 		 352 aa  338  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  50.43 
 
 		 356 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  50.6 
 
 		 349 aa  332  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 360 aa  328  7e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  51.03 
 
 		 352 aa  325  5e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  50.44 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  50.44 
 
 		 352 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  50.44 
 
 		 352 aa  323  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  50.44 
 
 		 352 aa  322  6e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  48.29 
 
 		 356 aa  320  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 351 aa  318  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 351 aa  318  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  50.29 
 
 		 351 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  48.82 
 
 		 359 aa  318  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  49.85 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  48.98 
 
 		 352 aa  316  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  49.85 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 351 aa  317  3e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  45.51 
 
 		 353 aa  316  3e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  50 
 
 		 351 aa  315  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  50 
 
 		 351 aa  315  7e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 351 aa  315  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  49.71 
 
 		 354 aa  315  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 351 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  47.71 
 
 		 372 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  49.56 
 
 		 351 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  53.64 
 
 		 353 aa  310  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  47.73 
 
 		 352 aa  302  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  47.65 
 
 		 372 aa  301  2e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  51.53 
 
 		 304 aa  299  5e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  48.68 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1330  DNA-directed DNA polymerase  46.96 
 
 		 359 aa  296  4e-79  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.64899  normal  0.124466 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  46.52 
 
 		 355 aa  289  4e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  46.43 
 
 		 371 aa  287  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  46.18 
 
 		 359 aa  286  5e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5353  DNA polymerase IV  47.62 
 
 		 378 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198836  normal  0.299038 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  45.32 
 
 		 360 aa  282  5.000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  47.18 
 
 		 378 aa  281  9e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1432  DNA-directed DNA polymerase  46.61 
 
 		 374 aa  281  1e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.517371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  47.65 
 
 		 378 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  47.65 
 
 		 378 aa  280  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  0.0000031101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 380 aa  280  2e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.456033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>