More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0961 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  100 
 
 		 359 aa  734    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  79.17 
 
 		 360 aa  587  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  77.62 
 
 		 364 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1185  DNA polymerase IV  79.35 
 
 		 358 aa  557  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000335845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3355  DNA polymerase IV  74.51 
 
 		 358 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0935  DNA polymerase IV  74.79 
 
 		 358 aa  548  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  74.93 
 
 		 358 aa  548  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2871  DNA polymerase IV  74.65 
 
 		 359 aa  551  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3552  DNA polymerase IV  74.51 
 
 		 358 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3427  DNA polymerase IV  74.23 
 
 		 358 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0951  DNA polymerase IV  72.83 
 
 		 379 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126406  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0947  DNA polymerase IV  72.42 
 
 		 359 aa  534  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0985  DNA polymerase IV  72.14 
 
 		 359 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0949  DNA polymerase IV  72.7 
 
 		 359 aa  534  1e-150  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1114  DNA polymerase IV  72.67 
 
 		 357 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2527  DNA polymerase IV  68.97 
 
 		 355 aa  490  1e-137  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  62.94 
 
 		 352 aa  423  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  61.76 
 
 		 352 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0460  DNA polymerase IV  61.36 
 
 		 356 aa  414  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  60.93 
 
 		 352 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  65.35 
 
 		 353 aa  401  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  60.57 
 
 		 352 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  60.93 
 
 		 352 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0894  DNA polymerase IV  58.6 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  58.02 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  59.59 
 
 		 352 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1876  DNA polymerase IV  58.58 
 
 		 360 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0354  DNA polymerase IV  58.31 
 
 		 351 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000360383 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0347  DNA polymerase IV  58.02 
 
 		 351 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0285  DNA polymerase IV  58.24 
 
 		 351 aa  391  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.32449 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00753  DNA polymerase IV  58.68 
 
 		 349 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.111866  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0362  DNA polymerase IV  58.02 
 
 		 351 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.933253  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00226  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3376  DNA-directed DNA polymerase  57.94 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0276  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.820662 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0343  DNA polymerase IV  57.73 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.663031 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0265  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  389  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00229  hypothetical protein  57.94 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0260  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  388  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0965  DNA polymerase IV  56.25 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0352  DNA polymerase IV  57.73 
 
 		 351 aa  391  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.990512 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3349  DNA polymerase IV  57.94 
 
 		 351 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03264  DNA polymerase IV  57.69 
 
 		 372 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0228  DNA polymerase IV  57.69 
 
 		 354 aa  385  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.190428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002716  DNA polymerase IV  56.21 
 
 		 356 aa  385  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2507  DNA-directed DNA polymerase  54.41 
 
 		 358 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000247622  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1040  DNA polymerase IV  56.8 
 
 		 352 aa  368  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0931  DNA polymerase IV  54.09 
 
 		 353 aa  368  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.643762  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1342  DNA polymerase IV  52.94 
 
 		 359 aa  371  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0614  DNA polymerase IV  54.01 
 
 		 355 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0597  DNA polymerase IV  53.71 
 
 		 355 aa  363  2e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0957  DNA polymerase IV  59.06 
 
 		 304 aa  356  3.9999999999999996e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  52.21 
 
 		 357 aa  352  5e-96  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1963  DNA polymerase IV  52.23 
 
 		 357 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.148262  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3990  DNA polymerase IV  52.21 
 
 		 353 aa  350  2e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1635  DNA polymerase IV  51.93 
 
 		 357 aa  349  4e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.107243  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1726  DNA polymerase IV  51.33 
 
 		 352 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000164893  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4012  DNA polymerase IV  50.59 
 
 		 354 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.333158  normal  0.93726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1195  DNA polymerase IV  51.03 
 
 		 353 aa  344  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662024 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1397  DNA polymerase IV  50.88 
 
 		 354 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  50.15 
 
 		 379 aa  342  5e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1203  DNA polymerase IV  49.71 
 
 		 354 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1232  DNA polymerase IV  49.71 
 
 		 354 aa  338  8e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.46587  normal  0.838167 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4215  DNA polymerase IV  49.12 
 
 		 354 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1587  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 362 aa  335  5.999999999999999e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.937216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  49.55 
 
 		 383 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  49.55 
 
 		 408 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  49.55 
 
 		 361 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  48.96 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  49.85 
 
 		 369 aa  329  5.0000000000000004e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52310  DNA polymerase IV  51.45 
 
 		 349 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.88026 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3394  DNA polymerase IV  50.59 
 
 		 364 aa  325  7e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.320161  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4587  DNA polymerase IV  51.18 
 
 		 349 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.099232  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  48.5 
 
 		 392 aa  323  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  48.22 
 
 		 353 aa  322  9.000000000000001e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1128  DNA polymerase IV  48.68 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456598  normal  0.41428 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2052  DNA polymerase IV  48.96 
 
 		 407 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2071  DNA-directed DNA polymerase  46.35 
 
 		 348 aa  317  1e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.485173  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3784  DNA-directed DNA polymerase  45.68 
 
 		 352 aa  312  6.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.466948  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1727  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3083  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2675  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 406 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2751  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 404 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2236  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.783166  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1508  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 400 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2619  DNA polymerase IV  47.6 
 
 		 403 aa  306  3e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  48.97 
 
 		 372 aa  303  2.0000000000000002e-81  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2332  DNA-directed DNA polymerase  49.26 
 
 		 353 aa  300  3e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.353166  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  46.01 
 
 		 357 aa  295  7e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  48.44 
 
 		 363 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1563  DNA-directed DNA polymerase  44.47 
 
 		 371 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.233621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  42.13 
 
 		 359 aa  288  1e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0455  DNA polymerase IV  51.17 
 
 		 356 aa  287  2e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  46.2 
 
 		 371 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  48.2 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  47.94 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1640  DNA-directed DNA polymerase  46.09 
 
 		 360 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.582821 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 		 369 aa  281  9e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  45.38 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6078  DNA polymerase IV  47.38 
 
 		 365 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>