More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1058 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 563 aa  1163    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0919  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  60.8 
 
 		 539 aa  648    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.654123  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26350  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  33.89 
 
 		 526 aa  252  1e-65  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.228589 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1196  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  33.33 
 
 		 488 aa  243  5e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.419054  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  33.4 
 
 		 496 aa  233  6e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  33.4 
 
 		 496 aa  233  6e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.32 
 
 		 508 aa  233  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0191  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 495 aa  231  2e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  32.24 
 
 		 494 aa  231  3e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  29.96 
 
 		 493 aa  227  4e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  33.55 
 
 		 495 aa  225  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  31.44 
 
 		 495 aa  223  8e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  32.26 
 
 		 497 aa  222  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  30.62 
 
 		 497 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  30.04 
 
 		 501 aa  218  2.9999999999999998e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  33.56 
 
 		 506 aa  216  9e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  33.12 
 
 		 495 aa  215  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.85 
 
 		 509 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  30.13 
 
 		 508 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 502 aa  212  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 492 aa  209  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  30.57 
 
 		 505 aa  207  3e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  29.16 
 
 		 492 aa  203  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 489 aa  203  7e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 507 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.51 
 
 		 479 aa  196  7e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  28.51 
 
 		 492 aa  196  8.000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 504 aa  195  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 503 aa  195  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.74 
 
 		 507 aa  194  3e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  27.74 
 
 		 499 aa  180  7e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  30.37 
 
 		 510 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 522 aa  162  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 505 aa  162  2e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 512 aa  160  7e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 512 aa  160  7e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  29.71 
 
 		 512 aa  160  7e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.54 
 
 		 510 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 		 515 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  30.67 
 
 		 525 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  30.67 
 
 		 525 aa  156  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.59 
 
 		 535 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.25 
 
 		 520 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 510 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 511 aa  147  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.9 
 
 		 512 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  27.44 
 
 		 509 aa  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 544 aa  144  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 534 aa  144  5e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 515 aa  144  5e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 		 495 aa  144  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1588  extracellular solute-binding protein family 5  26.62 
 
 		 533 aa  143  9e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 536 aa  143  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  24.85 
 
 		 531 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 503 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  25.79 
 
 		 524 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 517 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 528 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 526 aa  142  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.44 
 
 		 503 aa  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.31 
 
 		 505 aa  141  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.32 
 
 		 502 aa  140  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 		 516 aa  138  3.0000000000000003e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 529 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 532 aa  137  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2012  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  24.95 
 
 		 545 aa  136  8e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0538  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.91 
 
 		 525 aa  136  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 533 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  26.39 
 
 		 531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.06 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.83 
 
 		 531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 		 533 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  26.1 
 
 		 503 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0468  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  26.7 
 
 		 525 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  31.06 
 
 		 631 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 529 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 527 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  25.69 
 
 		 538 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  27.29 
 
 		 543 aa  133  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  26.7 
 
 		 525 aa  133  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  25.96 
 
 		 568 aa  133  9e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  28.42 
 
 		 524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.09 
 
 		 516 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  24.46 
 
 		 528 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8313  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.51 
 
 		 516 aa  132  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.291124  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.38 
 
 		 531 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  25.87 
 
 		 529 aa  131  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 		 529 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  26.52 
 
 		 533 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 531 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 533 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 		 501 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 		 517 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  28.77 
 
 		 530 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 531 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 		 542 aa  130  7.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  24.76 
 
 		 538 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 532 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>