More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0191 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0191  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 495 aa  1024    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1196  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  39.02 
 
 		 488 aa  354  2e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.419054  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1058  extracellular solute-binding protein  31.91 
 
 		 563 aa  245  9.999999999999999e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.271211 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0919  dipeptide ABC transporter periplasmic protein  30.75 
 
 		 539 aa  231  2e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.654123  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  30.29 
 
 		 494 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3152  extracellular solute-binding protein family 5  27.77 
 
 		 506 aa  164  3e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26350  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.58 
 
 		 526 aa  153  7e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.228589 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.28 
 
 		 520 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 		 493 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 492 aa  147  5e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.48 
 
 		 492 aa  146  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.48 
 
 		 479 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  26.62 
 
 		 509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2769  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 507 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12042  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3049  extracellular solute-binding protein family 5  24.45 
 
 		 503 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05920  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.83 
 
 		 507 aa  133  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0728022 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  26.58 
 
 		 508 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  30.71 
 
 		 517 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1933  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 		 505 aa  131  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.22177  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 489 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.16 
 
 		 509 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  28.03 
 
 		 502 aa  129  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 492 aa  127  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 		 511 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 519 aa  124  5e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 510 aa  123  7e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0459  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 504 aa  123  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435025  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.87 
 
 		 505 aa  121  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 		 544 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.51 
 
 		 508 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 536 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  28.71 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.78 
 
 		 534 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  26.74 
 
 		 508 aa  117  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6472  putative oligopeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.26 
 
 		 495 aa  117  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.149439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  28.13 
 
 		 519 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  25.47 
 
 		 526 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132073  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  24.42 
 
 		 531 aa  113  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 515 aa  113  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  25.33 
 
 		 496 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  25.2 
 
 		 515 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.27 
 
 		 535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4296  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 		 531 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  25.33 
 
 		 496 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  28.07 
 
 		 504 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.78 
 
 		 524 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.89 
 
 		 523 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.07 
 
 		 541 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  23.91 
 
 		 501 aa  111  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 510 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4238  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 531 aa  110  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0301487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  26.96 
 
 		 524 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.2 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 524 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 512 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  27.16 
 
 		 544 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 495 aa  108  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1000  glutathione-binding protein GsiB  28.28 
 
 		 512 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5441  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 497 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.876365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0917  glutathione-binding protein GsiB  28.28 
 
 		 512 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0979  glutathione-binding protein GsiB  28.28 
 
 		 512 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0950  glutathione-binding protein GsiB  28.28 
 
 		 512 aa  107  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.981703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1500  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 541 aa  107  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0925  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 536 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  25.72 
 
 		 510 aa  107  6e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 		 495 aa  107  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.74 
 
 		 505 aa  107  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.78 
 
 		 520 aa  106  8e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  25 
 
 		 512 aa  106  9e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 519 aa  106  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  27.95 
 
 		 512 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0391  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 522 aa  106  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1408  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 518 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00741999  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  24 
 
 		 532 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 544 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  29.6 
 
 		 527 aa  105  1e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 		 522 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3988  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 		 540 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1615  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 541 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577375  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1638  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 525 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.547791 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.43 
 
 		 503 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 503 aa  105  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1604  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 525 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2739  extracellular solute-binding protein family 5  26.13 
 
 		 541 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.941667  normal  0.188577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 		 517 aa  105  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3255  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 540 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.433609  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  24.95 
 
 		 497 aa  104  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  24 
 
 		 532 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 495 aa  104  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3028  twin-arginine translocation pathway signal  28.94 
 
 		 562 aa  104  4e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3275  hypothetical protein  29.21 
 
 		 540 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.349389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.83 
 
 		 525 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  28.57 
 
 		 524 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 505 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2552  extracellular solute-binding protein  26.75 
 
 		 541 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0212  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 538 aa  103  7e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0260102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>