More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0589 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0589  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 498 aa  1039    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.581304 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2383  cell envelope-related transcriptional attenuator  43.92 
 
 		 389 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0868762  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08570  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  35.45 
 
 		 365 aa  238  2e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.671315  normal  0.595892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2594  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.77 
 
 		 442 aa  219  7e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1167  cell envelope-related protein transcriptional attenuator  36.11 
 
 		 417 aa  209  1e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3844  cell envelope-related protein transcriptional attenuator  40.07 
 
 		 373 aa  207  4e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08580  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  36.83 
 
 		 396 aa  207  5e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.783991  normal  0.393457 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3214  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.12 
 
 		 443 aa  201  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000235319 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1864  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.65 
 
 		 391 aa  199  1.0000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.383316  normal  0.036217 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1166  cell envelope-related protein transcriptional attenuator  37.05 
 
 		 395 aa  195  1e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0784  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.24 
 
 		 400 aa  194  3e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1025  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.18 
 
 		 434 aa  180  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.11457  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0030  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.81 
 
 		 506 aa  177  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3302  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.44 
 
 		 406 aa  176  7e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0160587  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30000  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  32.26 
 
 		 395 aa  171  2e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1026  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.42 
 
 		 402 aa  162  9e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.999724  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3514  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.52 
 
 		 468 aa  161  2e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0728  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.41 
 
 		 618 aa  160  7e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0188197 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7619  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.07 
 
 		 379 aa  152  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9260  Transcriptional regulator-like protein  32.2 
 
 		 481 aa  152  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.969868 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1965  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.09 
 
 		 487 aa  150  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000312518 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2228  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.74 
 
 		 521 aa  150  6e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000756142  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0411  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.67 
 
 		 520 aa  144  4e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.118906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2526  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.56 
 
 		 478 aa  143  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0126  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.18 
 
 		 499 aa  143  9e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2956  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.47 
 
 		 453 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.482149  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00540  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  33.86 
 
 		 357 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.916603  normal  0.105126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7618  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.87 
 
 		 643 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0624  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.18 
 
 		 481 aa  139  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0934  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.68 
 
 		 480 aa  138  3.0000000000000003e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0202033 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4114  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.09 
 
 		 549 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1348  Transcriptional regulator-like protein  30.51 
 
 		 505 aa  130  5.0000000000000004e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.958942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1363  Transcriptional regulator-like protein  28.52 
 
 		 530 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.640186  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.3 
 
 		 497 aa  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4096  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.23 
 
 		 468 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4745  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.79 
 
 		 584 aa  127  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7541  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.07 
 
 		 540 aa  127  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6814  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.34 
 
 		 1336 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3920  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  33.59 
 
 		 734 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4976  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.44 
 
 		 551 aa  120  6e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0717  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.15 
 
 		 504 aa  119  9e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0100935 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.6 
 
 		 509 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4529  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.58 
 
 		 365 aa  113  9e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.25457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5038  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.21 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5126  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.21 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5418  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.87 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0935  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.91 
 
 		 465 aa  108  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0761113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6827  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.8 
 
 		 516 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16350  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.92 
 
 		 307 aa  108  3e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0716913  normal  0.935262 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37600  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  29.66 
 
 		 619 aa  107  4e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760055  normal  0.249296 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3901  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.35 
 
 		 407 aa  107  6e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0120062 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1666  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.82 
 
 		 649 aa  106  9e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10837  hypothetical protein  29.7 
 
 		 684 aa  106  1e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000372154 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0412  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.2 
 
 		 491 aa  105  1e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.245301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4461  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.2 
 
 		 390 aa  105  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2100  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.28 
 
 		 393 aa  105  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0762  transcriptional regulator  26.6 
 
 		 489 aa  104  4e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1142  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.68 
 
 		 409 aa  104  4e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671395  normal  0.110733 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0712  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.74 
 
 		 573 aa  104  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5087  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.69 
 
 		 687 aa  103  5e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0046  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.21 
 
 		 320 aa  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5902  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.54 
 
 		 625 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.32 
 
 		 563 aa  100  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3034  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.95 
 
 		 379 aa  100  6e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.63975 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09330  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  26.4 
 
 		 349 aa  100  8e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3496  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.36 
 
 		 486 aa  99.4  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.625789  normal  0.409021 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4513  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.55 
 
 		 699 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4600  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.55 
 
 		 699 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1248  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.59 
 
 		 512 aa  99  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.375848  normal  0.0192244 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4519  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.57 
 
 		 505 aa  99  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2567  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.56 
 
 		 404 aa  98.6  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4896  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.55 
 
 		 701 aa  99  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1307  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.68 
 
 		 520 aa  98.2  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.386656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0893  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.96 
 
 		 453 aa  97.8  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.301121  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4335  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.85 
 
 		 521 aa  97.8  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0591559  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5903  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.93 
 
 		 508 aa  97.8  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.667474 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1540  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.52 
 
 		 328 aa  97.4  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.112437  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5665  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.04 
 
 		 306 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.0393509 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28900  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  26.59 
 
 		 522 aa  96.3  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.385343 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1996  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.97 
 
 		 527 aa  95.5  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.177975 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1318  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.69 
 
 		 490 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.940107  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2384  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.28 
 
 		 303 aa  95.9  2e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.174416  hitchhiker  0.00797054 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1335  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.69 
 
 		 490 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.962054  normal  0.634397 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1354  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.69 
 
 		 490 aa  95.5  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0429862  normal  0.395159 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08920  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  28.68 
 
 		 381 aa  94.4  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.667016  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0369  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.76 
 
 		 356 aa  94.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.117824  normal  0.3088 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1852  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  28.21 
 
 		 676 aa  94.4  4e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1591  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.85 
 
 		 336 aa  93.6  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230007  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0588  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 432 aa  93.6  8e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.952975 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0711  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.85 
 
 		 526 aa  93.2  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1726  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.71 
 
 		 493 aa  93.2  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4737  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.4 
 
 		 493 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.440107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13519  hypothetical protein  24.85 
 
 		 512 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.100718 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0131  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.49 
 
 		 353 aa  92.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.763008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1558  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.57 
 
 		 545 aa  91.7  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.931439 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20880  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  29.55 
 
 		 296 aa  91.7  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4511  transcription attenuator LytR  27.1 
 
 		 358 aa  91.7  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  24.74 
 
 		 445 aa  91.3  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0136  cell envelope-related transcriptional attenuator  24.01 
 
 		 466 aa  91.3  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1061  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.71 
 
 		 567 aa  90.9  5e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>