More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0588 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0588  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 432 aa  893    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.952975 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0762  transcriptional regulator  46.61 
 
 		 489 aa  382  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1865  cell envelope-related transcriptional attenuator  41.7 
 
 		 434 aa  231  2e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0368682 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08560  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  43.66 
 
 		 434 aa  227  4e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.511519  normal  0.633257 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2595  cell envelope-related transcriptional attenuator  40.49 
 
 		 313 aa  205  1e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2384  cell envelope-related transcriptional attenuator  40.64 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.174416  hitchhiker  0.00797054 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1165  cell envelope-related protein transcriptional attenuator  40.58 
 
 		 363 aa  196  9e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3901  cell envelope-related transcriptional attenuator  39.02 
 
 		 407 aa  174  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0120062 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20880  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  35.96 
 
 		 296 aa  168  2e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2100  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.43 
 
 		 393 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0046  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.97 
 
 		 320 aa  160  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2567  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.56 
 
 		 404 aa  147  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1142  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.23 
 
 		 409 aa  146  9e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671395  normal  0.110733 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5665  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.19 
 
 		 306 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.0393509 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08470  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  37 
 
 		 394 aa  140  3.9999999999999997e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.282031 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0136  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.46 
 
 		 466 aa  140  6e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1808  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.61 
 
 		 424 aa  139  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0292903  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3959  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.28 
 
 		 463 aa  137  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1591  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.04 
 
 		 336 aa  136  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230007  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5038  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.77 
 
 		 311 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5126  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.77 
 
 		 311 aa  133  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5418  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.77 
 
 		 311 aa  133  7.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1395  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.71 
 
 		 404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.330473  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0120  Transcriptional regulator-like protein  33.56 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.224299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16350  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.3 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0716913  normal  0.935262 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0172  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  30.22 
 
 		 307 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.954157  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1438  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 320 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.0000544973  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4461  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.33 
 
 		 390 aa  127  5e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.42 
 
 		 509 aa  124  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1363  Transcriptional regulator-like protein  31.64 
 
 		 530 aa  123  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.640186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0412  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.68 
 
 		 491 aa  122  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.245301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5205  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.91 
 
 		 560 aa  120  7e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0714783  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.17 
 
 		 497 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0728  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.8 
 
 		 618 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0188197 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  29.43 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4114  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.81 
 
 		 549 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3496  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.95 
 
 		 486 aa  113  7.000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.625789  normal  0.409021 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1348  Transcriptional regulator-like protein  27.72 
 
 		 505 aa  113  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.958942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1037  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.11 
 
 		 732 aa  112  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2383  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.51 
 
 		 389 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0868762  hitchhiker  0.00772059 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28900  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  26.76 
 
 		 522 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.385343 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1057  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.9 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0371332  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.12 
 
 		 299 aa  111  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.9 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4335  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.18 
 
 		 521 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0591559  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9260  Transcriptional regulator-like protein  31.63 
 
 		 481 aa  109  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.969868 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1061  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.48 
 
 		 567 aa  109  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06070  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  28.42 
 
 		 514 aa  109  1e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.974325  normal  0.0563121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3514  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.63 
 
 		 468 aa  109  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.2 
 
 		 304 aa  109  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5902  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.2 
 
 		 625 aa  108  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0717  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.18 
 
 		 504 aa  108  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0100935 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.08 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5020  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.88 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.417569  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1248  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.53 
 
 		 512 aa  106  8e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.375848  normal  0.0192244 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.76 
 
 		 303 aa  106  9e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.76 
 
 		 303 aa  106  9e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.1 
 
 		 563 aa  105  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.3 
 
 		 304 aa  106  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6349  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.66 
 
 		 410 aa  106  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.3 
 
 		 304 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1157  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 334 aa  105  2e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000000266671  hitchhiker  6.72858e-19 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37600  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  31.14 
 
 		 619 aa  104  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.760055  normal  0.249296 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4510  transcription attenuator LytR  30.66 
 
 		 420 aa  103  8e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2956  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.57 
 
 		 453 aa  102  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.482149  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1852  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  29.06 
 
 		 676 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.34 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4096  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.07 
 
 		 468 aa  102  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  29.61 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0712  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.4 
 
 		 573 aa  101  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2526  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.84 
 
 		 478 aa  99.4  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.96 
 
 		 302 aa  99.4  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0368  hypothetical protein  26.32 
 
 		 435 aa  97.4  5e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1851  transcriptional regulator  31.16 
 
 		 392 aa  97.1  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1726  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.57 
 
 		 493 aa  97.4  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0332  transcriptional regulator  33.01 
 
 		 386 aa  97.1  6e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0934  cell envelope-related transcriptional attenuator  24.62 
 
 		 480 aa  96.7  8e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0202033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1307  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.24 
 
 		 520 aa  96.3  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.386656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2257  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.38 
 
 		 362 aa  96.3  9e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.518809 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.66 
 
 		 383 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1540  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.56 
 
 		 328 aa  96.3  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.112437  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1715  transcriptional regulator  30.23 
 
 		 374 aa  95.9  1e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00565214 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  35.15 
 
 		 375 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0174  transcriptional regulator  31.61 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0565386  hitchhiker  0.0000000000000158467 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  33.94 
 
 		 375 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 375 aa  94.7  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 375 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  33.94 
 
 		 375 aa  94.7  3e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  26.13 
 
 		 310 aa  94.7  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  33.33 
 
 		 377 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  33.33 
 
 		 377 aa  94.4  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0589  putative transcriptional regulator  27.35 
 
 		 498 aa  94  4e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.581304 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4212  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.89 
 
 		 496 aa  94  4e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.134321 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0126  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.78 
 
 		 499 aa  94  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1558  cell envelope-related transcriptional attenuator  24.82 
 
 		 545 aa  94  5e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.931439 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  31.34 
 
 		 372 aa  93.6  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30000  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  33.33 
 
 		 395 aa  93.6  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  31.34 
 
 		 374 aa  93.2  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  26.81 
 
 		 408 aa  93.2  9e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6827  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.45 
 
 		 516 aa  93.2  9e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>