178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4419 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4419  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 257 aa  519  1e-146  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.446993  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0436  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  77.34 
 
 		 256 aa  388  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7037  endonuclease IV  68.75 
 
 		 256 aa  355  5e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39360  Endonuclease IV  62.02 
 
 		 256 aa  311  4.999999999999999e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.548212 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6413  apurinic endonuclease Apn1  60.08 
 
 		 258 aa  301  6.000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5069  endonuclease IV  58.3 
 
 		 263 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318278 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4557  endonuclease IV  58.3 
 
 		 263 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.110485  normal  0.612685 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4952  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  55.77 
 
 		 256 aa  278  7e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0060  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.85 
 
 		 261 aa  277  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9360  apurinic endonuclease Apn1  56.08 
 
 		 252 aa  271  6e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.480693  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0972  endonuclease IV  56.75 
 
 		 268 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0990  endonuclease IV  56.75 
 
 		 268 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.238948  normal  0.511136 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1000  endonuclease IV  56.75 
 
 		 268 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.445691 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3563  apurinic endonuclease Apn1  58.46 
 
 		 266 aa  268  4e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.587199 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2685  endonuclease IV  54.14 
 
 		 260 aa  261  6e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.656721 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10684  endonuclease IV  55.25 
 
 		 252 aa  261  6.999999999999999e-69  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0188886  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0680  apurinic endonuclease Apn1  53.33 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000161396 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5093  endonuclease IV  54.9 
 
 		 250 aa  258  9e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.254368  normal  0.214987 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1261  endonuclease IV  55.29 
 
 		 259 aa  256  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.645529  normal  0.628172 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5069  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  53.99 
 
 		 270 aa  249  3e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.879949  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4666  endonuclease IV  49.63 
 
 		 269 aa  233  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.343531  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3293  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.88 
 
 		 262 aa  232  5e-60  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0339  endonuclease IV  50.57 
 
 		 262 aa  229  3e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.699481 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3037  apurinic endonuclease Apn1  35.1 
 
 		 286 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0139303  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3316  apurinic endonuclease Apn1  32.45 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.876706  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1331  apurinic endonuclease Apn1  32.57 
 
 		 279 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464999 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0549  apurinic endonuclease Apn1  30.82 
 
 		 289 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2908  apurinic endonuclease Apn1  30.63 
 
 		 287 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.112339  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1782  apurinic endonuclease (APN1)  32.55 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1147  endonuclease IV  31.46 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1956  endonuclease IV  32.23 
 
 		 293 aa  105  9e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2770  Deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  31.95 
 
 		 283 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0614  apurinic endonuclease Apn1  32.7 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.820419  normal  0.0550538 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3254  apurinic endonuclease Apn1  31.3 
 
 		 286 aa  102  8e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.238578 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  33.95 
 
 		 282 aa  101  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000208028  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1968  apurinic endonuclease Apn1  30.8 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.163854 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1685  apurinic endonuclease Apn1  29.89 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0638  apurinic endonuclease Apn1  31.07 
 
 		 282 aa  98.6  8e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.920931  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3481  apurinic endonuclease Apn1  30.92 
 
 		 287 aa  98.6  8e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0239086 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1882  endonuclease IV  32.71 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101436 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3090  endonuclease IV  32.68 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.771432  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2551  apurinic endonuclease Apn1  31.18 
 
 		 286 aa  96.3  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1235  apurinic endonuclease Apn1  33.21 
 
 		 278 aa  95.5  7e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07910  apurinic endonuclease Apn1  28.74 
 
 		 278 aa  95.1  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1356  apurinic endonuclease Apn1  32.77 
 
 		 266 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0191838  normal  0.257421 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0654  apurinic endonuclease Apn1  28.26 
 
 		 281 aa  94.4  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1402  apurinic endonuclease Apn1  28.25 
 
 		 283 aa  94.4  2e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.21791  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0406  apurinic endonuclease Apn1  30.68 
 
 		 291 aa  92  8e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0163374  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1704  endonuclease IV  30.34 
 
 		 283 aa  92  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1814  apurinic endonuclease Apn1  27.61 
 
 		 287 aa  92  8e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.602458  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0154  apurinic endonuclease Apn1  26.32 
 
 		 284 aa  92  8e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.342426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21620  apurinic endonuclease APN1  29.21 
 
 		 280 aa  92  9e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.483925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0064  apurinic endonuclease Apn1  27.76 
 
 		 279 aa  91.7  9e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.751168 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1179  deoxyribonuclease IV (phage-T(4)-induced)  28.26 
 
 		 286 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0947  apurinic endonuclease Apn1  27.55 
 
 		 292 aa  89.4  5e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00857924  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2406  endonuclease IV  29.41 
 
 		 298 aa  89.4  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.794114  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1981  endonuclease IV  28.14 
 
 		 284 aa  89  7e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0570  apurinic endonuclease Apn1  28.2 
 
 		 287 aa  88.2  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0835  apurinic endonuclease Apn1  29.2 
 
 		 277 aa  88.2  1e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.995182  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1083  apurinic endonuclease Apn1  28.16 
 
 		 283 aa  87.4  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0228384  normal  0.0872132 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0528  endonuclease IV  29.81 
 
 		 282 aa  86.3  4e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.00000000000858771  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1735  endonuclease IV  28.47 
 
 		 296 aa  85.9  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.652839 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0165  endonuclease IV  29.04 
 
 		 299 aa  85.9  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0185  apurinic endonuclease Apn1  30.57 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.635232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1487  endonuclease IV  29.26 
 
 		 283 aa  85.1  9e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.000253859  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0226  endonuclease IV  28.15 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2421  endonuclease IV  27.17 
 
 		 283 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0985  endonuclease IV  30.77 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3605  apurinic endonuclease Apn1  29.43 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.637243 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0453  apurinic endonuclease Apn1  29.12 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00920847  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1017  apurinic endonuclease Apn1  28.92 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1835  endonuclease IV  28.41 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0147738  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30161  predicted protein  27.72 
 
 		 379 aa  83.2  0.000000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  29.01 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1615  endonuclease IV  26.87 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.264651  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1649  endonuclease IV  26.87 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.013206  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2326  endonuclease IV  29.12 
 
 		 288 aa  83.2  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1668  endonuclease IV  30.8 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2402  apurinic endonuclease Apn1  30.6 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.683524  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0969  apurinic endonuclease Apn1  28.37 
 
 		 295 aa  82  0.000000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2033  apurinic endonuclease Apn1  32.02 
 
 		 282 aa  82  0.000000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2282  endonuclease IV  29.7 
 
 		 280 aa  81.3  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000448343  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1286  apurinic endonuclease Apn1  30.08 
 
 		 283 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.218784  normal  0.414124 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1123  endonuclease IV  27.99 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.212537  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0245  endonuclease IV  27.14 
 
 		 282 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1687  apurinic endonuclease Apn1  27.69 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01100  apurinic endonuclease APN1  26.92 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1274  apurinic endonuclease Apn1  27.2 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0659  apurinic endonuclease Apn1  29.96 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0556  apurinic endonuclease Apn1  26.79 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00064756  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3914  apurinic endonuclease Apn1  27.08 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2988  apurinic endonuclease Apn1  27.56 
 
 		 289 aa  79  0.00000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4186  endonuclease IV  27.74 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000147247  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4508  endonuclease IV  27.74 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000301022  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1050  endonuclease IV  28.64 
 
 		 275 aa  79  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3227  endonuclease IV  27.65 
 
 		 279 aa  79  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476079 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4024  endonuclease IV  28.1 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.98136e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4034  endonuclease IV  28.1 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000210603  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0264  apurinic endonuclease Apn1  28.2 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4418  endonuclease IV  28.1 
 
 		 298 aa  78.6  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000572024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>