More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3500 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  46.43 
 
 		 1106 aa  794    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  42.94 
 
 		 1128 aa  642    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  52.07 
 
 		 1091 aa  956    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  50.04 
 
 		 1090 aa  934    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  42.6 
 
 		 1192 aa  672    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  42.06 
 
 		 1108 aa  699    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1119 aa  2189    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  45.28 
 
 		 1162 aa  769    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  44.97 
 
 		 1144 aa  769    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  50.31 
 
 		 1091 aa  951    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  41.64 
 
 		 1150 aa  667    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  49.72 
 
 		 1349 aa  736    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  51.74 
 
 		 1101 aa  954    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  43.59 
 
 		 1120 aa  671    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  52.38 
 
 		 1091 aa  964    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  42.79 
 
 		 1041 aa  670    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  41.6 
 
 		 1164 aa  684    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  40.39 
 
 		 1128 aa  643    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  56.42 
 
 		 1111 aa  1113    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  52.38 
 
 		 1091 aa  964    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  51.62 
 
 		 1086 aa  899    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  42.7 
 
 		 1128 aa  682    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.79 
 
 		 1111 aa  620  1e-176  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  37.64 
 
 		 1124 aa  606  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  38.48 
 
 		 1183 aa  604  1.0000000000000001e-171  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  36.97 
 
 		 1103 aa  602  1e-170  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  39.32 
 
 		 1167 aa  587  1e-166  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  40.48 
 
 		 1130 aa  579  1e-164  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  39.22 
 
 		 1136 aa  547  1e-154  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  36.76 
 
 		 1073 aa  549  1e-154  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  39.45 
 
 		 1088 aa  539  9.999999999999999e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.06 
 
 		 1176 aa  537  1e-151  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.9 
 
 		 1094 aa  508  9.999999999999999e-143  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  39.41 
 
 		 1228 aa  497  1e-139  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.4 
 
 		 1119 aa  489  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  28.74 
 
 		 1343 aa  237  9e-61  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  51.79 
 
 		 1162 aa  196  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 		 1397 aa  184  9.000000000000001e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.98 
 
 		 756 aa  161  5e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.81 
 
 		 785 aa  159  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.81 
 
 		 785 aa  159  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.46 
 
 		 762 aa  157  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.23 
 
 		 833 aa  156  2.9999999999999998e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.6 
 
 		 858 aa  155  4e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.38 
 
 		 786 aa  154  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.53 
 
 		 741 aa  154  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.6 
 
 		 784 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.15 
 
 		 729 aa  151  7e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  24.54 
 
 		 721 aa  148  4.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  27.36 
 
 		 771 aa  148  5e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  29.47 
 
 		 1074 aa  148  5e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  24.96 
 
 		 721 aa  147  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.59 
 
 		 737 aa  147  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  26.72 
 
 		 768 aa  146  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  27.69 
 
 		 786 aa  147  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  28.61 
 
 		 1044 aa  147  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.3 
 
 		 829 aa  146  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.22 
 
 		 725 aa  145  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 755 aa  145  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.79 
 
 		 715 aa  145  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.93 
 
 		 828 aa  145  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  27.5 
 
 		 786 aa  145  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.75 
 
 		 858 aa  145  5e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10120  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.2 
 
 		 841 aa  145  5e-33  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000454031 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  27.36 
 
 		 829 aa  144  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  25.36 
 
 		 705 aa  144  8e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 1019 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.55 
 
 		 732 aa  143  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 		 743 aa  143  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.25 
 
 		 765 aa  143  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0621  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.33 
 
 		 659 aa  142  3e-32  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.12705  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  27.79 
 
 		 736 aa  142  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.11 
 
 		 794 aa  142  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.97 
 
 		 673 aa  142  3.9999999999999997e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.75 
 
 		 742 aa  142  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.03 
 
 		 831 aa  142  4.999999999999999e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.33 
 
 		 795 aa  141  6e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  24.36 
 
 		 722 aa  141  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  22.61 
 
 		 1016 aa  141  6e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.12 
 
 		 730 aa  141  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.12 
 
 		 730 aa  141  7e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  23.99 
 
 		 713 aa  141  7.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.26 
 
 		 772 aa  141  7.999999999999999e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.09 
 
 		 729 aa  140  8.999999999999999e-32  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  26.3 
 
 		 728 aa  140  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.89 
 
 		 785 aa  140  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  25.89 
 
 		 770 aa  140  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.68 
 
 		 763 aa  140  1e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  24.13 
 
 		 816 aa  140  1e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28 
 
 		 780 aa  140  2e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.56 
 
 		 849 aa  139  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 		 790 aa  139  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1536  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.24 
 
 		 768 aa  139  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305848  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  22.87 
 
 		 714 aa  139  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  25.62 
 
 		 696 aa  139  3.0000000000000003e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.3 
 
 		 797 aa  139  3.0000000000000003e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.18 
 
 		 730 aa  139  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09040  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.08 
 
 		 932 aa  139  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.41 
 
 		 1023 aa  138  5e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  26.55 
 
 		 726 aa  138  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>