More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0926 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  69.75 
 
 
1130 aa  1323    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  48.9 
 
 
1124 aa  922    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  42.56 
 
 
1041 aa  647    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  43.21 
 
 
1144 aa  653    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1088 aa  2111    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  45.21 
 
 
1073 aa  760    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  42.05 
 
 
1128 aa  634  1e-180  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  41.36 
 
 
1108 aa  635  1e-180  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  42.67 
 
 
1162 aa  632  1e-179  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  42.13 
 
 
1128 aa  624  1e-177  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  41.46 
 
 
1150 aa  619  1e-175  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  43.38 
 
 
1091 aa  608  9.999999999999999e-173  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  42.51 
 
 
1192 aa  597  1e-169  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  42.53 
 
 
1091 aa  593  1e-168  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  42.62 
 
 
1091 aa  594  1e-168  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  41.37 
 
 
1111 aa  595  1e-168  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  42.62 
 
 
1091 aa  594  1e-168  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  42.44 
 
 
1120 aa  589  1e-167  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  42.35 
 
 
1162 aa  588  1e-166  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  40.34 
 
 
1111 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  42.16 
 
 
1101 aa  571  1e-161  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  42.38 
 
 
1090 aa  572  1e-161  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  43.64 
 
 
1086 aa  570  1e-161  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  39.64 
 
 
1119 aa  567  1e-160  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  39.37 
 
 
1183 aa  561  1e-158  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  42.62 
 
 
1128 aa  551  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  38.37 
 
 
1103 aa  549  1e-155  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  38.35 
 
 
1167 aa  541  9.999999999999999e-153  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  38.69 
 
 
1164 aa  537  1e-151  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  38.02 
 
 
1176 aa  526  1e-147  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  40.56 
 
 
1106 aa  524  1e-147  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  43.85 
 
 
1228 aa  521  1e-146  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  40.84 
 
 
1136 aa  509  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  43.47 
 
 
1349 aa  479  1e-133  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.56 
 
 
1094 aa  447  1.0000000000000001e-124  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  36.73 
 
 
1119 aa  438  1e-121  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  28.88 
 
 
1343 aa  219  2e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1873  UvrD/REP helicase  27.46 
 
 
786 aa  199  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340872  normal  0.0203553 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.25 
 
 
732 aa  197  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 
840 aa  196  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4586  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.86 
 
 
787 aa  194  7e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.721141 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  27.63 
 
 
787 aa  193  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.26 
 
 
718 aa  192  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0928  DNA helicase II  28.63 
 
 
787 aa  192  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1461  DNA helicase II  28.63 
 
 
787 aa  192  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.564541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0421  DNA helicase II  28.63 
 
 
787 aa  192  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0742  DNA helicase II  28.63 
 
 
787 aa  192  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1670  DNA helicase II  28.5 
 
 
787 aa  192  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1847  DNA helicase II  28.5 
 
 
787 aa  192  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.478149  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0960  UvrD/REP helicase  27.39 
 
 
846 aa  192  4e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1692  DNA helicase II  28.5 
 
 
787 aa  192  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2632  DNA helicase II  28.24 
 
 
787 aa  191  5e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1420  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 
787 aa  191  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732039  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1442  UvrD/REP helicase  27.33 
 
 
787 aa  191  7e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.61 
 
 
729 aa  189  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.71 
 
 
729 aa  188  4e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  28.88 
 
 
790 aa  187  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.35 
 
 
757 aa  187  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  27.77 
 
 
783 aa  186  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0864  ATP-dependent DNA helicase UvrD  28.23 
 
 
786 aa  185  4.0000000000000006e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.6 
 
 
783 aa  185  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.41 
 
 
831 aa  185  5.0000000000000004e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0085  UvrD/REP helicase  20.86 
 
 
1016 aa  184  6e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.60174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  28.04 
 
 
786 aa  184  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.07 
 
 
662 aa  183  1e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.06 
 
 
785 aa  184  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  27.82 
 
 
771 aa  183  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0218  UvrD/REP helicase  27.95 
 
 
728 aa  182  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  28.61 
 
 
829 aa  182  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  26.11 
 
 
1397 aa  182  2.9999999999999997e-44  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  27.78 
 
 
786 aa  182  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.1 
 
 
756 aa  181  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.42 
 
 
765 aa  181  8e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0365  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.97 
 
 
1023 aa  180  1e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.94 
 
 
759 aa  180  2e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.11 
 
 
730 aa  179  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.11 
 
 
730 aa  179  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  26.18 
 
 
696 aa  179  3e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.24 
 
 
833 aa  178  4e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2629  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.85 
 
 
787 aa  177  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0417333  normal  0.559326 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.93 
 
 
713 aa  177  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.17 
 
 
802 aa  177  8e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1212  ATP-dependent DNA helicase UvrD  27.22 
 
 
892 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.771972  normal  0.554 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  23.31 
 
 
731 aa  176  1.9999999999999998e-42  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  27.81 
 
 
817 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  25.52 
 
 
765 aa  176  2.9999999999999996e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.74 
 
 
743 aa  176  2.9999999999999996e-42  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.66 
 
 
737 aa  176  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2777  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.48 
 
 
817 aa  174  5.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.46822  normal  0.929226 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1285  UvrD/REP helicase  24.08 
 
 
714 aa  174  6.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000916129  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 
785 aa  174  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.78 
 
 
785 aa  174  6.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.59 
 
 
773 aa  174  9e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.34 
 
 
741 aa  173  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  24.1 
 
 
689 aa  173  1e-41  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.77 
 
 
817 aa  173  2e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  26.69 
 
 
723 aa  173  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.34 
 
 
838 aa  172  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.41 
 
 
757 aa  171  5e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3642  DNA-dependent helicase II  25.97 
 
 
726 aa  171  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>