More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1153 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0954  superfamily I DNA and RNA helicase  40.35 
 
 		 1343 aa  940    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1153  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1397 aa  2889    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.546412 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1775  UvrD/REP helicase  25.12 
 
 		 1164 aa  257  1.0000000000000001e-66  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.579512 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.77 
 
 		 1094 aa  212  4e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27640  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.39 
 
 		 1111 aa  212  4e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0910071  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  25.42 
 
 		 1162 aa  200  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  26.86 
 
 		 1073 aa  197  9e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  26.25 
 
 		 1120 aa  197  1e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7807  UvrD/REP helicase  26.78 
 
 		 1124 aa  191  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0851  UvrD/REP helicase  25.81 
 
 		 1349 aa  187  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  25.14 
 
 		 1128 aa  187  2.0000000000000003e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  25.79 
 
 		 1167 aa  183  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2901  UvrD/REP helicase  25.45 
 
 		 1136 aa  183  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0570587  normal  0.095819 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 1183 aa  183  2e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  28.21 
 
 		 1162 aa  177  9e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15090  DNA/RNA helicase, superfamily I  28.67 
 
 		 1176 aa  177  9.999999999999999e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 		 1041 aa  176  3.9999999999999995e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  25.31 
 
 		 1228 aa  174  7.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3500  UvrD/REP helicase  28.84 
 
 		 1119 aa  174  7.999999999999999e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.516923  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  24.67 
 
 		 1150 aa  173  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06810  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.14 
 
 		 1090 aa  170  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.289217  normal  0.25894 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  23.91 
 
 		 1128 aa  169  4e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  27.35 
 
 		 1103 aa  165  6e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  28.88 
 
 		 1128 aa  153  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1404  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 1091 aa  152  3e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1422  UvrD/REP helicase  27.94 
 
 		 1091 aa  152  3e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.93 
 
 		 1119 aa  148  6e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1458  UvrD/REP helicase  28.16 
 
 		 1091 aa  146  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.901245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0524  putative DNA helicase  25.35 
 
 		 1108 aa  145  7e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.98499  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13224  ATP-dependent DNA helicase  27.19 
 
 		 1101 aa  141  1e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1132  UvrD/REP helicase  24.96 
 
 		 1111 aa  136  3e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.378694  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3799  UvrD/REP helicase  24.91 
 
 		 1130 aa  134  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0121759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4665  UvrD/REP helicase  25.09 
 
 		 1091 aa  134  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.6139  normal  0.718694 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 1192 aa  130  1.0000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0926  UvrD/REP helicase  26.32 
 
 		 1088 aa  126  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2144  UvrD/REP helicase  31.17 
 
 		 1106 aa  124  9e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.101146  hitchhiker  0.00462342 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  30.54 
 
 		 1144 aa  124  9.999999999999999e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.18 
 
 		 781 aa  121  7.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.02 
 
 		 765 aa  121  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.71 
 
 		 781 aa  117  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5987  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.38 
 
 		 851 aa  117  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0573497  normal  0.0186357 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.65 
 
 		 831 aa  115  8.000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.38 
 
 		 795 aa  114  1.0000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1802  UvrD/REP helicase  24.33 
 
 		 1086 aa  114  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103668  normal  0.0746176 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.32 
 
 		 817 aa  112  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3593  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.72 
 
 		 797 aa  112  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.420917  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.24 
 
 		 794 aa  112  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  25.9 
 
 		 762 aa  111  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4330  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.81 
 
 		 785 aa  111  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.82343  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4416  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.81 
 
 		 785 aa  111  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.464468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4710  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.62 
 
 		 784 aa  110  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.08 
 
 		 670 aa  107  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4873  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.81 
 
 		 775 aa  105  6e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.222415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  22.56 
 
 		 1251 aa  104  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.21 
 
 		 838 aa  103  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  23.12 
 
 		 1184 aa  102  6e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  23.29 
 
 		 657 aa  102  6e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.91 
 
 		 1217 aa  102  6e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1861  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 780 aa  102  7e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.213031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  22.87 
 
 		 783 aa  101  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  23.98 
 
 		 705 aa  100  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3138  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 689 aa  99.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.527942  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.6 
 
 		 858 aa  99  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3865  UvrD/REP helicase  25.35 
 
 		 689 aa  99.4  5e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.322714 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.49 
 
 		 768 aa  98.6  7e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.51 
 
 		 762 aa  97.8  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.44 
 
 		 833 aa  97.8  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.01 
 
 		 763 aa  97.8  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  28.53 
 
 		 771 aa  96.7  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.14 
 
 		 806 aa  96.3  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0382  UvrD/REP helicase  21.74 
 
 		 812 aa  95.9  4e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.264262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.72 
 
 		 896 aa  95.9  4e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.04 
 
 		 754 aa  95.1  9e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.05 
 
 		 743 aa  94.4  1e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  22.34 
 
 		 772 aa  94.4  1e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.66 
 
 		 718 aa  93.6  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.44 
 
 		 802 aa  93.2  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.53 
 
 		 858 aa  92.8  4e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.87 
 
 		 829 aa  92.8  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  23.57 
 
 		 786 aa  92.4  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.36 
 
 		 773 aa  92  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  23.99 
 
 		 829 aa  91.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  23.99 
 
 		 786 aa  91.3  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0047  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.91 
 
 		 849 aa  91.3  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.760315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.58 
 
 		 671 aa  91.3  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.08 
 
 		 725 aa  90.1  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  21.72 
 
 		 1147 aa  90.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.96 
 
 		 825 aa  90.5  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  21.44 
 
 		 765 aa  89.7  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.05 
 
 		 737 aa  89.4  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0652  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.58 
 
 		 786 aa  89  6e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.782155  normal  0.523807 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.47 
 
 		 814 aa  88.6  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.46 
 
 		 671 aa  88.6  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1339  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.96 
 
 		 828 aa  88.6  8e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.574982  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  21.52 
 
 		 666 aa  88.6  8e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2797  UvrD/REP helicase  25.13 
 
 		 783 aa  88.6  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265943  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1363  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 787 aa  87.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.485952 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1322  UvrD/REP helicase  23.23 
 
 		 840 aa  88.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1337  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.73 
 
 		 783 aa  87.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  21.73 
 
 		 816 aa  87.4  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>