77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_3061 on replicon NC_008741
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008741  Dvul_3061  O-antigen polymerase  100 
 
 
465 aa  915    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0679  O-antigen polymerase  59.68 
 
 
437 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2212  O-antigen polymerase  37.79 
 
 
415 aa  232  1e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0880149  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0301  O-antigen polymerase  26.97 
 
 
464 aa  86.7  8e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  28.57 
 
 
435 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02223  hypothetical protein  30.13 
 
 
461 aa  73.9  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2459  O-antigen polymerase  27.32 
 
 
437 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003538  putative membrane protein of ExoQ family involved in exopolysaccharide production  26.21 
 
 
454 aa  64.7  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0152  hypothetical protein  26.34 
 
 
389 aa  63.2  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5004  O-antigen polymerase family protein  24.24 
 
 
436 aa  61.6  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0024  O-antigen polymerase  31.61 
 
 
456 aa  59.3  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2338  O-antigen polymerase  27.03 
 
 
425 aa  59.3  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3077  O-antigen polymerase  27.54 
 
 
504 aa  58.5  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0845  hypothetical protein  27.42 
 
 
537 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.149779  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1650  hypothetical protein  25.17 
 
 
404 aa  57.8  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.192586  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2813  O-antigen polymerase  21.07 
 
 
773 aa  57.8  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3695  hypothetical protein  25.17 
 
 
404 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2363  hypothetical protein  25.48 
 
 
431 aa  56.6  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3580  O-antigen polymerase  31.07 
 
 
504 aa  55.1  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3094  O-antigen polymerase  30.22 
 
 
444 aa  53.9  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1639  hypothetical protein  26.99 
 
 
447 aa  54.3  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1788  O-antigen polymerase  26.34 
 
 
446 aa  53.9  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2608  O-antigen polymerase  30.77 
 
 
432 aa  53.5  0.000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212106  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1682  hypothetical protein  23.03 
 
 
404 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1496  hypothetical protein  25 
 
 
404 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285071  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1468  secreted polysaccharide polymerase  25 
 
 
404 aa  52.8  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00102355  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1614  hypothetical protein  25 
 
 
404 aa  52.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.363158  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1569  O-antigen polymerase  28.44 
 
 
489 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3579  O-antigen polymerase  28.74 
 
 
501 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  28.79 
 
 
540 aa  51.2  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2960  O-antigen polymerase  30.43 
 
 
436 aa  50.8  0.00004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.12688  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2412  hypothetical protein  29.41 
 
 
444 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0297  hypothetical protein  23.66 
 
 
428 aa  50.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.515931  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2384  O-antigen polymerase  27.65 
 
 
436 aa  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.486663  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1698  O-antigen polymerase  30.84 
 
 
426 aa  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2310  O-antigen polymerase  30.84 
 
 
426 aa  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2034  O-antigen polymerase  30.46 
 
 
592 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3103  O-antigen polymerase  31.25 
 
 
498 aa  49.7  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.313581  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2645  O-antigen polymerase  30.46 
 
 
592 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2674  O-antigen polymerase  30.46 
 
 
592 aa  49.3  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1691  O-antigen polymerase  30.38 
 
 
512 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.121195  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3268  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  25.18 
 
 
452 aa  48.9  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.869746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2333  O-antigen polymerase  30.37 
 
 
426 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0425881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2712  O-antigen polymerase  25.65 
 
 
413 aa  48.5  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0646679  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1511  O-antigen polymerase  22.86 
 
 
436 aa  48.5  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.995807  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1940  O-antigen polymerase  32.58 
 
 
453 aa  48.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  26.56 
 
 
428 aa  47.8  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18850  O-antigen polymerase  29.8 
 
 
393 aa  47.4  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3113  O-antigen polymerase  35.71 
 
 
467 aa  47.4  0.0006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000265772  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2741  O-antigen polymerase  26.86 
 
 
333 aa  47  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.448774  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3078  O-antigen polymerase  28.87 
 
 
500 aa  47  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4434  O-antigen polymerase  34.41 
 
 
474 aa  47  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0270  O-antigen polymerase  28.57 
 
 
425 aa  45.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.143785  normal  0.425516 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3526  O-antigen polymerase  27.62 
 
 
668 aa  45.8  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000131402  normal  0.176407 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4268  O-antigen polymerase  30.32 
 
 
503 aa  45.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.209068 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1077  O-antigen polymerase  26.74 
 
 
433 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.9264  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2006  O-antigen polymerase  29.12 
 
 
426 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.188841  normal  0.439827 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0821  O-antigen polymerase family protein  30.63 
 
 
595 aa  45.1  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0802  O-antigen polymerase  25.81 
 
 
470 aa  45.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0980  O-antigen polymerase family protein  31.25 
 
 
661 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0304  O-antigen polymerase  25.29 
 
 
451 aa  45.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5972  O-antigen polymerase  34.11 
 
 
592 aa  45.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0743128 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  29.82 
 
 
754 aa  45.1  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2679  O-antigen polymerase family protein  30.97 
 
 
595 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0279  O-antigen polymerase family protein  30.97 
 
 
595 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.297863  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3326  O-antigen polymerase  25.74 
 
 
502 aa  44.3  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4110  O-antigen polymerase  29.46 
 
 
930 aa  44.7  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0063  O-antigen polymerase  27.08 
 
 
531 aa  44.7  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0639643 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2397  O-antigen polymerase family protein  30.97 
 
 
595 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.233574  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0817  O-antigen polymerase family protein  30.63 
 
 
595 aa  44.7  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0010  O-antigen polymerase family protein  30.97 
 
 
595 aa  44.3  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0462  polysaccharide polymerase, putative  33.73 
 
 
391 aa  44.7  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.000183254  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3581  O-antigen polymerase  35.19 
 
 
429 aa  44.3  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143797  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0534  O-antigen polymerase  27.37 
 
 
607 aa  44.3  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.462274  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2022  O-antigen polymerase  23.43 
 
 
340 aa  43.9  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1362  O-antigen polymerase  27.91 
 
 
425 aa  43.5  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.185241  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3018  O-antigen polymerase  27.59 
 
 
446 aa  43.5  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>