50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1788 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1788  O-antigen polymerase  100 
 
 		 446 aa  895    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2459  O-antigen polymerase  38.97 
 
 		 437 aa  274  3e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0297  hypothetical protein  22.81 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.515931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2338  O-antigen polymerase  27.49 
 
 		 425 aa  73.9  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0152  hypothetical protein  26.48 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2455  O-antigen polymerase  22.75 
 
 		 435 aa  70.5  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0818595  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3579  O-antigen polymerase  25.21 
 
 		 501 aa  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2212  O-antigen polymerase  24.38 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0880149  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02223  hypothetical protein  24.8 
 
 		 461 aa  60.5  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4116  O-antigen polymerase  25 
 
 		 540 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0014553  hitchhiker  0.00000561153 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0119  O-antigen polymerase  21.71 
 
 		 466 aa  57  0.0000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2638  O-antigen polymerase  25.14 
 
 		 428 aa  57  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3077  O-antigen polymerase  31.21 
 
 		 504 aa  56.6  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2530  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  23.13 
 
 		 463 aa  56.6  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.0601314 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0677  O-antigen polymerase  22.1 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.857845  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003538  putative membrane protein of ExoQ family involved in exopolysaccharide production  24.21 
 
 		 454 aa  53.9  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1650  hypothetical protein  26.8 
 
 		 404 aa  53.5  0.000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.192586  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3695  hypothetical protein  26.8 
 
 		 404 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1087  O-antigen polymerase  25.35 
 
 		 612 aa  53.1  0.000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0300  O-antigen polymerase  21.92 
 
 		 446 aa  52.8  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0301  O-antigen polymerase  23.34 
 
 		 464 aa  53.1  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3078  O-antigen polymerase  24.9 
 
 		 500 aa  52.8  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3268  wzy family polymerase, exosortase system type 1 associated  22.08 
 
 		 452 aa  52.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.869746  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1614  hypothetical protein  26.29 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.363158  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1496  hypothetical protein  26.29 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.285071  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1468  secreted polysaccharide polymerase  26.29 
 
 		 404 aa  52.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00102355  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2363  hypothetical protein  25.79 
 
 		 431 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1682  hypothetical protein  25.47 
 
 		 404 aa  51.2  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4498  O-antigen polymerase  27.95 
 
 		 447 aa  49.3  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0679  O-antigen polymerase  26.47 
 
 		 437 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1955  O-antigen polymerase  22.55 
 
 		 468 aa  48.5  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0227  hypothetical protein  26.29 
 
 		 460 aa  48.5  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.604472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3094  O-antigen polymerase  24.18 
 
 		 444 aa  48.5  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1764  O-antigen polymerase  22.61 
 
 		 560 aa  48.5  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2516  O-antigen polymerase  23.88 
 
 		 686 aa  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.549504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0287  O-antigen polymerase  27.66 
 
 		 415 aa  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3401  polysaccharide deacetylase  24 
 
 		 464 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.264275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2896  O-antigen polymerase family protein  23.88 
 
 		 686 aa  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1639  hypothetical protein  21.23 
 
 		 447 aa  48.5  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5004  O-antigen polymerase family protein  28.22 
 
 		 436 aa  46.6  0.0008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2018  O-antigen polymerase  22.7 
 
 		 456 aa  46.6  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3061  O-antigen polymerase  25.68 
 
 		 465 aa  44.3  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.433121  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1654  O-antigen polymerase  22.92 
 
 		 754 aa  43.9  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4820  O-antigen polymerase  23.77 
 
 		 487 aa  44.3  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.53889  normal  0.786094 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5482  hypothetical protein  31.78 
 
 		 545 aa  43.9  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.406542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2412  hypothetical protein  21.51 
 
 		 444 aa  43.5  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4434  O-antigen polymerase  28.43 
 
 		 474 aa  43.5  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2960  O-antigen polymerase  20.77 
 
 		 436 aa  43.5  0.007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.12688  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1954  hypothetical protein  25 
 
 		 443 aa  43.1  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2384  O-antigen polymerase  23.02 
 
 		 436 aa  43.1  0.01  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.486663  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>